HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	63						
#k	The	average	behavior	for	136	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0.31	0	0	0.31	0	A	0.223	0.022	0	0
	2	0	0.72	0	0	0.41	0	L	0.192	0.022	0	0
	3	0	0.72	0	0	0	0	E	0.182	0.022	0	0
	4	0	0.84	0	0	0.12	0	K	0.235	0.034	0	0
	5	0	1.46	0	0	0.62	0	L	0.254	0.034	0	0
	6	0	1.57	0	0	0.12	0	V	0.204	0.046	0	0
	7	0	1.57	0.22	0	0	0.22	V	0.204	0.046	0.377	-0.377
	8	0	1.69	0.22	0	0.12	0	L	0.226	0.036	0	0
	9	0	2	0.22	0	0.31	0	H	0.214	0.048	0	0
	10	0	2.22	0.22	0	0.22	0	A	0.195	0.07	0	0
	11	0	2.22	0.22	0	0	0	A	0.233	0.082	0	0
	12	0	2.53	0.22	0	0.31	0	S	0.277	0.082	0	0
	13	0	3.06	0.34	0	0.53	0.12	A	0.246	0.082	0.234	-0.234
	14	0	3.37	0.34	0	0.31	0	A	0.193	0.082	0	0
	15	0	3.49	0.46	0	0.12	0.12	N	0.162	0.082	0.234	-0.234
	16	0	3.6	0.46	0	0.12	0	C	0.181	0.07	0	0
	17	0	3.82	0.57	0	0.22	0.12	H	0.191	0.082	0.234	-0.234
	18	0	3.82	0.69	0	0	0.12	G	0.19	0.102	0.234	-0.234
	19	0	3.94	0.91	0	0.12	0.22	L	0.202	0.09	0.377	-0.377
	20	0	4.54	1.03	0	0.6	0.12	L	0.212	0.068	0	0
	21	0	4.98	1.03	0	0.44	0	Y	0.152	0.056	0	0
	22	0	4.98	1.03	0	0	0	F	0.108	0.091	0	0
	23	0	4.98	1.15	0	0	0.12	A	0.12	0.091	0.234	-0.234
	24	0	4.98	1.15	0	0	0	I	0.142	0.091	0	0
	25	0	5.29	1.15	0	0.31	0	F	0.165	0.091	0	0
	26	0	5.51	1.26	0	0.22	0.12	F	0.146	0.091	0.234	-0.234
	27	0	5.71	1.59	0	0.21	0.32	V	0.168	0.114	0.377	-0.377
	28	0	5.83	1.59	0	0.12	0	A	0.147	0.082	0	0
	29	0	6.05	1.59	0	0.22	0	A	0.147	0.082	0	0
	30	0	6.05	1.59	0	0	0	W	0.159	0.093	0	0
	31	0	6.05	1.94	0	0	0.35	H	0.21	0.105	0.562	-0.562
	32	0	6.17	1.94	0	0.12	0	I	0.241	0.119	0	0
	33	0	6.39	2.06	0	0.22	0.12	R	0.251	0.119	0.234	-0.234
	34	0	6.62	2.06	0	0.23	0	G	0.241	0.119	0	0
	35	0	6.74	2.06	0	0.12	0	R	0.256	0.119	0	0
	36	0	7.18	2.41	0	0.44	0.35	V	0.282	0.119	0.562	-0.562
	37	0	7.18	2.41	0	0	0	V	0.25	0.084	0	0
	38	0	7.29	2.41	0	0.12	0	P	0.284	0.084	0	0
	39	0	7.63	2.52	0	0.34	0.11	L	0.272	0.084	0	0
	40	0	8.15	2.64	0	0.51	0.12	T	0.278	0.122	0.234	-0.234
	41	0	8.46	3.12	0	0.31	0.49	T	0.258	0.11	0.662	-0.662
	42	0	8.68	3.12	0	0.22	0	Y	0.239	0.073	0	0
	43	0	8.79	3.24	0	0.12	0.12	C	0.229	0.073	0.234	-0.234
	44	0	9.18	3.24	0	0.38	0	L	0.267	0.061	0	0
	45	0	9.56	3.24	0	0.38	0	T	0.251	0.073	0	0
	46	0	9.68	3.24	0	0.12	0	G	0.24	0.09	0	0
	47	0	10.01	3.24	0	0.34	0	L	0.228	0.133	0	0
	48	0	10.01	3.24	0	0	0	W	0.225	0.133	0	0
	49	0	10.42	3.73	0	0.4	0.49	P	0.237	0.133	0.621	-0.621
	50	0	10.73	3.73	0	0.31	0	F	0.228	0.096	0	0
	51	0	10.85	3.85	0	0.12	0.12	C	0.197	0.096	0.234	-0.234
	52	0	10.96	3.85	0	0.12	0	L	0.197	0.084	0	0
	53	0	11.46	3.85	0	0.5	0	L	0.216	0.084	0	0
	54	0	11.68	3.96	0	0.22	0.12	L	0.215	0.084	0.234	-0.234
	55	0	11.95	4.14	0	0.27	0.17	M	0.214444444	0.08	0.234	-0.234
	56	0	11.95	4.56	0	0	0.43	A	0.2075	0.06875	0.377	-0.377
	57	0	12.26	4.56	0	0.31	0	L	0.237142857	0.017142857	0	0
	58	0	12.38	4.56	0	0.12	0	P	0.225	0.02	0	0
	59	0	12.69	4.68	0	0.31	0.12	R	0.246	0.024	0.234	-0.234
	60	0	12.69	4.68	0	0	0	Q	0.23	0	0	0
	61	0	12.81	4.68	0	0.12	0	A	0.306666667	0	0	0
	62	0	13.11	4.68	0	0.31	0	Y	0.4	0	0	0
	63	0	13.61	4.68	0	0.49	0	A	0.49	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov