HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	63						
#k	The	average	behavior	for	3916	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0.09	0.07	0	0.09	0.07	A	0.221	0.031	0.169	-0.169
	2	0	0.65	0.1	0	0.57	0.03	L	0.234	0.028	0.062	-0.062
	3	0	0.82	0.12	0	0.17	0.02	E	0.201	0.027	0.062	-0.062
	4	0	0.91	0.17	0	0.09	0.04	N	0.193	0.044	0.123	-0.123
	5	0	1.41	0.17	0	0.5	0	L	0.206	0.042	0	0
	6	0	1.5	0.17	0	0.09	0	V	0.175	0.052	0	0
	7	0	1.54	0.28	0	0.04	0.11	I	0.185	0.089	0.244	-0.244
	8	0	1.61	0.3	0	0.07	0.02	L	0.208	0.082	0.062	-0.062
	9	0	1.87	0.3	0	0.27	0	N	0.216	0.082	0	0
	10	0	2.19	0.32	0	0.32	0.02	A	0.23	0.126	0.062	-0.062
	11	0	2.42	0.36	0	0.22	0.04	P	0.209	0.128	0.123	-0.123
	12	0	2.65	0.39	0	0.24	0.02	S	0.202	0.133	0.062	-0.062
	13	0	2.74	0.57	0	0.09	0.19	V	0.195	0.133	0.363	-0.363
	14	0	2.97	0.6	0	0.22	0.02	A	0.201	0.118	0.062	-0.062
	15	0	3.16	0.7	0	0.19	0.1	G	0.186	0.118	0.23	-0.23
	16	0	3.35	1.07	0	0.19	0.37	R	0.184	0.108	0.72	-0.72
	17	0	3.61	1.11	0	0.27	0.04	H	0.187	0.071	0.123	-0.123
	18	0	3.76	1.14	0	0.15	0.02	G	0.185	0.067	0.062	-0.062
	19	0	4.17	1.58	0	0.41	0.44	V	0.224	0.065	0.867	-0.867
	20	0	4.28	1.62	0	0.11	0.04	L	0.2	0.021	0.062	-0.062
	21	0	4.43	1.71	0	0.15	0.09	S	0.189	0.017	0.209	-0.209
	22	0	4.59	1.73	0	0.17	0.02	F	0.191	0.012	0.062	-0.062
	23	0	4.74	1.78	0	0.15	0.04	L	0.212	0.012	0.123	-0.123
	24	0	4.81	1.8	0	0.07	0.02	V	0.233	0.01	0.062	-0.062
	25	0	4.97	1.8	0	0.17	0	F	0.246	0.008	0	0
	26	0	5.19	1.8	0	0.22	0	F	0.236	0.053	0	0
	27	0	5.44	1.8	0	0.25	0	C	0.223	0.053	0	0
	28	0	5.98	1.8	0	0.54	0	A	0.209	0.062	0	0
	29	0	6.15	1.8	0	0.17	0	A	0.188	0.062	0	0
	30	0	6.15	1.8	0	0	0	W	0.191	0.066	0	0
	31	0	6.31	1.85	0	0.17	0.04	Y	0.198	0.073	0.108	-0.108
	32	0	6.69	1.87	0	0.38	0.02	I	0.208	0.073	0.062	-0.062
	33	0	7.05	1.89	0	0.36	0.02	K	0.206	0.071	0.062	-0.062
	34	0	7.26	1.89	0	0.2	0	G	0.202	0.071	0	0
	35	0	7.32	2.34	0	0.07	0.45	K	0.222	0.13	0.662	-0.662
	36	0	7.41	2.34	0	0.09	0	L	0.257	0.085	0	0
	37	0	7.52	2.43	0	0.11	0.09	V	0.255	0.089	0.209	-0.209
	38	0	7.85	2.43	0	0.33	0	P	0.268	0.084	0	0
	39	0	8.05	2.47	0	0.2	0.04	G	0.235	0.086	0.108	-0.108
	40	0	8.12	2.54	0	0.07	0.07	A	0.224	0.082	0.147	-0.147
	41	0	8.38	2.59	0	0.27	0.04	A	0.257	0.075	0.123	-0.123
	42	0	8.75	2.59	0	0.36	0	Y	0.247	0.075	0	0
	43	0	9.07	2.61	0	0.32	0.02	A	0.235	0.079	0.062	-0.062
	44	0	9.47	3.2	0	0.4	0.59	L	0.214	0.079	0.922	-0.922
	45	0	9.89	3.2	0	0.42	0	Y	0.207	0.02	0	0
	46	0	9.95	3.24	0	0.07	0.04	G	0.203	0.023	0.108	-0.108
	47	0	10.19	3.29	0	0.24	0.04	V	0.235	0.034	0.108	-0.108
	48	0	10.19	3.31	0	0	0.02	W	0.255	0.03	0.062	-0.062
	49	0	10.27	3.31	0	0.09	0	P	0.275	0.03	0	0
	50	0	10.67	3.31	0	0.4	0	L	0.278	0.042	0	0
	51	0	10.84	3.36	0	0.17	0.04	L	0.274	0.046	0.108	-0.108
	52	0	11.08	3.4	0	0.24	0.04	L	0.32	0.044	0.108	-0.108
	53	0	11.19	3.42	0	0.11	0.02	L	0.313	0.044	0.062	-0.062
	54	0	11.52	3.43	0	0.33	0	L	0.322	0.042	0	0
	55	0	11.89	3.45	0	0.38	0.03	L	0.321111111	0.046666667	0.062	-0.062
	56	0	12.29	3.6	0	0.39	0.15	A	0.31375	0.04875	0.383	-0.383
	57	0	12.72	3.6	0	0.44	0	L	0.302857143	0.034285714	0	0
	58	0	12.93	3.62	0	0.2	0.02	P	0.28	0.04	0.062	-0.062
	59	0	13.05	3.75	0	0.12	0.12	P	0.296	0.044	0.291	-0.291
	60	0.02	13.41	3.79	0.02	0.36	0.04	-	0.34	0.025	0.184	-0.184
	61	0.02	14.04	3.81	0	0.63	0.02	A	0.333333333	0.02	0.062	-0.062
	62	0.02	14.2	3.86	0	0.17	0.04	Y	0.185	0.02	0.108	-0.108
	63	0.02	14.4	3.86	0	0.2	0	A	0.2	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov