HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	64						
#k	The	average	behavior	for	5460	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.3	0.06	0	0.3	0.06	A	0.321	0.086	0.148	-0.148
	2	0	1.01	0.08	0	0.71	0.03	L	0.329	0.084	0.054	-0.054
	3	0	1.19	0.1	0	0.17	0.02	E	0.28	0.101	0.054	-0.054
	4	0	1.27	0.23	0	0.09	0.13	K	0.282	0.139	0.272	-0.272
	5	0	1.9	0.26	0	0.63	0.03	L	0.3	0.13	0	0
	6	0	2.16	0.29	0	0.26	0.03	V	0.269	0.149	0.054	-0.054
	7	0	2.43	0.63	0	0.26	0.34	I	0.271	0.2	0.589	-0.589
	8	0	2.59	0.74	0	0.16	0.11	L	0.276	0.184	0.054	-0.054
	9	0	2.84	0.83	0	0.25	0.09	H	0.286	0.175	0.191	-0.191
	10	0	3.22	0.85	0	0.38	0.02	A	0.306	0.218	0.054	-0.054
	11	0	3.6	0.89	0	0.38	0.04	A	0.297	0.246	0.108	-0.108
	12	0	3.82	1.09	0	0.22	0.2	S	0.278	0.26	0.054	-0.054
	13	0	4.01	1.49	0	0.19	0.4	A	0.27	0.244	0.692	-0.692
	14	0	4.28	1.53	0	0.27	0.04	A	0.284	0.22	0.094	-0.094
	15	0	4.6	1.74	0	0.32	0.22	S	0.268	0.236	0.391	-0.391
	16	0	4.88	2.29	0	0.28	0.54	S	0.253	0.214	0.982	-0.982
	17	0	5.2	2.46	0	0.31	0.18	N	0.248	0.16	0.391	-0.391
	18	0	5.46	2.48	0	0.26	0.02	G	0.25	0.166	0.054	-0.054
	19	0	5.91	3	0	0.45	0.52	I	0.277	0.193	1.035	-1.035
	20	0	6.2	3.3	0	0.29	0.3	I	0.261	0.141	0.562	-0.562
	21	0	6.39	3.48	0	0.19	0.18	C	0.232	0.111	0.404	-0.404
	22	0	6.53	3.52	0	0.14	0.04	F	0.24	0.106	0.094	-0.094
	23	0	6.86	3.69	0	0.33	0.16	I	0.265	0.127	0.338	-0.338
	24	0	6.96	3.88	0	0.11	0.2	I	0.265	0.113	0.312	-0.312
	25	0	7.14	3.88	0	0.17	0	F	0.289	0.093	0	0
	26	0	7.37	3.88	0	0.23	0	F	0.272	0.093	0	0
	27	0	7.71	4.13	0	0.33	0.24	I	0.272	0.139	0.191	-0.191
	28	0	8.24	4.41	0	0.53	0.29	A	0.253	0.153	0.298	-0.298
	29	0	8.53	4.41	0	0.29	0	A	0.223	0.135	0	0
	30	0	8.53	4.41	0	0	0	W	0.236	0.135	0	0
	31	0	8.8	4.54	0	0.27	0.13	H	0.266	0.157	0.285	-0.285
	32	0	9.19	4.8	0	0.39	0.25	I	0.257	0.155	0.345	-0.345
	33	0	9.52	4.82	0	0.33	0.02	K	0.262	0.143	0.054	-0.054
	34	0	9.87	4.82	0	0.35	0	G	0.273	0.141	0	0
	35	1	9.87	4.82	1	0	0	-	0.283	0.156	0.054	-0.054
	36	1	10.11	5.28	0	0.23	0.46	R	0.319	0.225	0.657	-0.657
	37	1	10.25	5.66	0	0.14	0.38	A	0.344	0.197	0.512	-0.512
	38	1	10.48	5.77	0	0.23	0.11	A	0.351	0.163	0.245	-0.245
	39	1	10.89	5.77	0	0.42	0	P	0.359	0.186	0	0
	40	1	11.19	5.99	0	0.3	0.22	L	0.317	0.188	0.285	-0.285
	41	1	11.37	6.1	0	0.18	0.11	A	0.316	0.175	0.215	-0.215
	42	1	11.81	6.23	0	0.44	0.13	A	0.348	0.174	0.285	-0.285
	43	1	12.25	6.23	0	0.44	0	Y	0.318	0.183	0	0
	44	1	12.7	6.37	0	0.45	0.15	S	0.303	0.188	0.325	-0.325
	45	1	13.07	7.06	0	0.36	0.69	Y	0.277	0.175	1.128	-1.128
	46	1	13.54	7.24	0	0.48	0.18	L	0.28	0.107	0.191	-0.191
	47	1	13.75	7.28	0	0.21	0.04	G	0.275	0.092	0.094	-0.094
	48	1	14.06	7.62	0	0.31	0.34	L	0.293	0.1	0.601	-0.601
	49	1	14.06	7.64	0	0	0.02	W	0.317	0.074	0.054	-0.054
	50	1	14.35	7.73	0	0.29	0.09	S	0.355	0.074	0.191	-0.191
	51	1	14.85	7.83	0	0.5	0.1	F	0.345	0.097	0.191	-0.191
	52	1	14.99	8.05	0	0.14	0.22	S	0.339	0.099	0.285	-0.285
	53	1	15.28	8.1	0	0.29	0.05	L	0.389	0.079	0.094	-0.094
	54	1	15.47	8.12	0	0.19	0.02	L	0.379	0.078	0.054	-0.054
	55	1	15.86	8.13	0	0.39	0.01	L	0.39	0.076	0	0
	56	1	16.29	8.16	0	0.43	0.03	L	0.39	0.083333333	0.054	-0.054
	57	1.04	16.68	8.28	0.04	0.39	0.12	A	0.385	0.09	0.391	-0.391
	58	1.08	17.24	8.36	0.04	0.55	0.08	L	0.384285714	0.085714286	0.094	-0.094
	59	1.11	17.61	8.38	0.04	0.38	0.02	P	0.356666667	0.086666667	0.148	-0.148
	60	1.15	17.81	8.7	0.04	0.19	0.32	Q	0.352	0.1	0.696	-0.696
	61	1.21	18.25	8.83	0.06	0.44	0.12	Q	0.3925	0.045	0.418	-0.418
	62	1.25	18.89	8.85	0.04	0.64	0.02	A	0.376666667	0.02	0.148	-0.148
	63	1.28	19.08	8.88	0.04	0.19	0.04	Y	0.245	0.02	0.188	-0.188
	64	1.32	19.37	8.88	0.04	0.3	0	A	0.3	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov