HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	262						
#k	The	average	behavior	for	28	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	A	0.068	0.025	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.068	0.025	0	0
	3	0	0.43	0	0	0.43	0	R	0.111	0.025	0	0
	4	0	0.43	0	0	0	0	A	0.068	0.025	0	0
	5	0	0.43	0	0	0	0	A	0.111	0.025	0	0
	6	0	0.43	0	0	0	0	L	0.111	0.025	0	0
	7	0	0.68	0.25	0	0.25	0.25	I	0.111	0.025	0.377	-0.377
	8	0	0.68	0.25	0	0	0	E	0.129	0	0	0
	9	0	0.68	0.25	0	0	0	E	0.154	0.025	0	0
	10	0	0.68	0.25	0	0	0	G	0.154	0.025	0	0
	11	0	0.68	0.25	0	0	0	Q	0.179	0.025	0	0
	12	0	1.11	0.25	0	0.43	0	R	0.204	0.025	0	0
	13	0	1.11	0.25	0	0	0	I	0.186	0.025	0	0
	14	0	1.54	0.25	0	0.43	0	A	0.186	0.025	0	0
	15	0	1.54	0.25	0	0	0	E	0.168	0.025	0	0
	16	0	1.54	0.25	0	0	0	M	0.193	0.025	0	0
	17	0	1.96	0.25	0	0.43	0	L	0.193	0.025	0	0
	18	0	2.21	0.5	0	0.25	0.25	K	0.175	0.025	0	0
	19	0	2.21	0.5	0	0	0	S	0.204	0	0	0
	20	0	2.46	0.5	0	0.25	0	K	0.261	0	0	0
	21	0	2.71	0.5	0	0.25	0	I	0.261	0	0	0
	22	0	2.96	0.5	0	0.25	0	Q	0.29	0	0	0
	23	0	2.96	0.5	0	0	0	G	0.326	0	0	0
	24	0	3.21	0.5	0	0.25	0	L	0.362	0.025	0	0
	25	0	3.46	0.5	0	0.25	0	L	0.38	0.025	0	0
	26	0	3.46	0.5	0	0	0	Q	0.355	0.025	0	0
	27	0	3.71	0.5	0	0.25	0	Q	0.355	0.025	0	0
	28	0	4.25	0.5	0	0.54	0	A	0.33	0.025	0	0
	29	0	4.82	0.5	0	0.57	0	S	0.276	0.05	0	0
	30	0	5.07	0.5	0	0.25	0	K	0.219	0.071	0	0
	31	0	5.61	0.5	0	0.54	0	Q	0.219	0.071	0	0
	32	0	6.21	0.5	0	0.61	0	A	0.19	0.071	0	0
	33	0	6.57	0.75	0	0.36	0.25	Q	0.154	0.071	0.377	-0.377
	34	0	7	0.75	0	0.43	0	D	0.118	0.046	0	0
	35	0	7	0.75	0	0	0	I	0.075	0.046	0	0
	36	0	7	0.75	0	0	0	Q	0.118	0.071	0	0
	37	0	7	0.75	0	0	0	P	0.172	0.071	0	0
	38	0	7	1	0	0	0.25	A	0.215	0.071	0.377	-0.377
	39	0	7	1.21	0	0	0.21	M	0.215	0.046	0.377	-0.377
	40	0	7.25	1.21	0	0.25	0	Q	0.258	0.025	0	0
	41	0	7.5	1.21	0	0.25	0	A	0.233	0.025	0	0
	42	0	7.75	1.21	0	0.25	0	S	0.208	0.025	0	0
	43	0	7.75	1.21	0	0	0	W	0.208	0.05	0	0
	44	0	7.75	1.21	0	0	0	P	0.208	0.05	0	0
	45	0	8.18	1.46	0	0.43	0.25	K	0.208	0.05	0	0
	46	0	8.71	1.46	0	0.54	0	V	0.165	0.025	0	0
	47	0	9.14	1.46	0	0.43	0	E	0.111	0.025	0	0
	48	0	9.14	1.46	0	0	0	Q	0.068	0.025	0	0
	49	0	9.57	1.46	0	0.43	0	F	0.122	0.025	0	0
	50	0	9.57	1.46	0	0	0	W	0.104	0.025	0	0
	51	0	9.57	1.46	0	0	0	A	0.104	0.025	0	0
	52	0	9.82	1.71	0	0.25	0.25	R	0.161	0.025	0	0
	53	0	9.82	1.71	0	0	0	H	0.161	0	0	0
	54	0	9.82	1.71	0	0	0	M	0.204	0	0	0
	55	0	9.82	1.71	0	0	0	W	0.204	0	0	0
	56	0	9.82	1.71	0	0	0	N	0.247	0	0	0
	57	0	9.82	1.71	0	0	0	F	0.247	0	0	0
	58	0	10.36	1.71	0	0.54	0	I	0.326	0	0	0
	59	0	10.61	1.71	0	0.25	0	S	0.272	0	0	0
	60	0	10.61	1.71	0	0	0	G	0.268	0	0	0
	61	0	11.18	1.71	0	0.57	0	I	0.293	0	0	0
	62	0	11.43	1.71	0	0.25	0	Q	0.236	0	0	0
	63	0	11.86	1.71	0	0.43	0	Y	0.236	0	0	0
	64	0	11.86	1.71	0	0	0	L	0.193	0	0	0
	65	0	12.29	1.71	0	0.43	0	A	0.236	0	0	0
	66	0	12.29	1.71	0	0	0	G	0.239	0	0	0
	67	0	13.07	1.71	0	0.79	0	L	0.293	0	0	0
	68	0	13.07	1.71	0	0	0	S	0.214	0	0	0
	69	0	13.29	1.71	0	0.21	0	T	0.214	0	0	0
	70	0	13.54	1.71	0	0.25	0	L	0.193	0	0	0
	71	0	13.54	1.71	0	0	0	P	0.168	0	0	0
	72	0	13.79	1.71	0	0.25	0	G	0.211	0	0	0
	73	0	13.79	1.71	0	0	0	N	0.186	0	0	0
	74	0	14.21	1.71	0	0.43	0	P	0.186	0	0	0
	75	0	14.68	1.71	0	0.46	0	A	0.143	0	0	0
	76	0	15.21	1.71	0	0.54	0	V	0.097	0	0	0
	77	0	15.21	1.71	0	0	0	A	0.068	0	0	0
	78	0	15.21	1.71	0	0	0	S	0.068	0	0	0
	79	0	15.21	1.71	0	0	0	M	0.111	0	0	0
	80	0	15.21	1.71	0	0	0	M	0.136	0	0	0
	81	0	15.64	1.71	0	0.43	0	A	0.179	0	0	0
	82	0	15.64	1.71	0	0	0	F	0.193	0	0	0
	83	0	15.64	1.71	0	0	0	S	0.239	0	0	0
	84	0	15.64	1.71	0	0	0	A	0.264	0	0	0
	85	0	15.64	1.71	0	0	0	A	0.264	0	0	0
	86	0	15.89	1.71	0	0.25	0	L	0.289	0	0	0
	87	0	15.89	1.71	0	0	0	T	0.264	0	0	0
	88	0	16.32	1.71	0	0.43	0	S	0.289	0	0	0
	89	0	16.57	1.71	0	0.25	0	P	0.271	0	0	0
	90	0	17	1.71	0	0.43	0	L	0.246	0	0	0
	91	0	17.57	1.71	0	0.57	0	S	0.271	0	0	0
	92	0	18.04	1.71	0	0.46	0	T	0.232	0.021	0	0
	93	0	18.29	1.71	0	0.25	0	S	0.24	0.021	0	0
	94	0	18.29	1.71	0	0	0	T	0.215	0.021	0	0
	95	0	18.54	1.71	0	0.25	0	T	0.215	0.021	0	0
	96	0	18.54	1.71	0	0	0	I	0.272	0.021	0	0
	97	0	18.79	1.71	0	0.25	0	L	0.315	0.021	0	0
	98	0	19.04	1.71	0	0.25	0	L	0.29	0.021	0	0
	99	0	19.04	1.71	0	0	0	N	0.29	0.021	0	0
	100	0	19.71	1.71	0	0.68	0	I	0.347	0.021	0	0
	101	0	19.89	1.93	0	0.18	0.21	M	0.322	0.021	0	0
	102	0	20.43	1.93	0	0.54	0	G	0.365	0	0	0
	103	0	20.43	1.93	0	0	0	G	0.311	0	0	0
	104	0	20.43	1.93	0	0	0	W	0.336	0	0	0
	105	0	21.25	1.93	0	0.82	0	L	0.336	0	0	0
	106	0	21.68	1.93	0	0.43	0	A	0.279	0	0	0
	107	0	21.68	1.93	0	0	0	S	0.29	0	0	0
	108	0	21.93	1.93	0	0.25	0	Q	0.29	0	0	0
	109	0	22.5	1.93	0	0.57	0	I	0.29	0	0	0
	110	0	22.93	1.93	0	0.43	0	A	0.258	0	0	0
	111	0	23.54	1.93	0	0.61	0	P	0.215	0	0	0
	112	0	23.54	1.93	0	0	0	P	0.154	0	0	0
	113	0	23.79	1.93	0	0.25	0	A	0.154	0	0	0
	114	0	23.79	1.93	0	0	0	G	0.172	0	0	0
	115	0	24.04	1.93	0	0.25	0	A	0.172	0	0	0
	116	0	24.57	1.93	0	0.54	0	T	0.172	0	0	0
	117	0	24.57	1.93	0	0	0	G	0.143	0	0	0
	118	0	24.82	1.93	0	0.25	0	F	0.168	0	0	0
	119	0	25.07	1.93	0	0.25	0	V	0.168	0	0	0
	120	0	25.07	1.93	0	0	0	V	0.143	0	0	0
	121	0	25.07	1.93	0	0	0	S	0.168	0	0	0
	122	0	25.07	1.93	0	0	0	G	0.193	0.025	0	0
	123	0	25.5	1.93	0	0.43	0	L	0.193	0.025	0	0
	124	0	25.5	1.93	0	0	0	V	0.232	0.025	0	0
	125	0	25.75	1.93	0	0.25	0	G	0.257	0.025	0	0
	126	0	26	1.93	0	0.25	0	A	0.232	0.025	0	0
	127	0	26.25	1.93	0	0.25	0	A	0.207	0.025	0	0
	128	0	26.5	1.93	0	0.25	0	V	0.207	0.025	0	0
	129	0	26.5	1.93	0	0	0	G	0.182	0.025	0	0
	130	0	26.75	1.93	0	0.25	0	S	0.225	0.025	0	0
	131	0	27	2.18	0	0.25	0.25	I	0.2	0.025	0	0
	132	0	27	2.18	0	0	0	G	0.2	0	0	0
	133	0	27.82	2.18	0	0.82	0	L	0.225	0	0	0
	134	0	28.07	2.18	0	0.25	0	G	0.168	0	0	0
	135	0	28.07	2.18	0	0	0	K	0.168	0	0	0
	136	0	28.07	2.18	0	0	0	V	0.193	0	0	0
	137	0	28.32	2.18	0	0.25	0	L	0.193	0	0	0
	138	0	28.32	2.18	0	0	0	V	0.168	0	0	0
	139	0	28.75	2.18	0	0.43	0	D	0.168	0	0	0
	140	0	28.75	2.18	0	0	0	I	0.125	0	0	0
	141	0	29	2.18	0	0.25	0	L	0.125	0	0	0
	142	0	29.25	2.18	0	0.25	0	A	0.154	0	0	0
	143	0	29.5	2.18	0	0.25	0	G	0.129	0	0	0
	144	0	29.75	2.18	0	0.25	0	Y	0.129	0	0	0
	145	0	30	2.18	0	0.25	0	G	0.104	0	0	0
	146	0	30	2.18	0	0	0	A	0.104	0	0	0
	147	0	30	2.18	0	0	0	G	0.104	0	0	0
	148	0	30	2.18	0	0	0	I	0.104	0.025	0	0
	149	0	30	2.18	0	0	0	S	0.104	0.025	0	0
	150	0	30	2.18	0	0	0	G	0.104	0.025	0	0
	151	0	30.54	2.18	0	0.54	0	A	0.104	0.025	0	0
	152	0	30.54	2.18	0	0	0	L	0.05	0.025	0	0
	153	0	30.79	2.18	0	0.25	0	V	0.05	0.025	0	0
	154	0	30.79	2.18	0	0	0	A	0.025	0.025	0	0
	155	0	31.04	2.18	0	0.25	0	F	0.05	0.025	0	0
	156	0	31.04	2.18	0	0	0	K	0.025	0.025	0	0
	157	0	31.04	2.43	0	0	0.25	I	0.079	0.025	0	0
	158	0	31.04	2.43	0	0	0	M	0.104	0	0	0
	159	0	31.04	2.43	0	0	0	S	0.129	0	0	0
	160	0	31.04	2.43	0	0	0	G	0.129	0	0	0
	161	0	31.04	2.43	0	0	0	E	0.129	0.043	0	0
	162	0	31.04	2.43	0	0	0	K	0.154	0.043	0	0
	163	0	31.04	2.43	0	0	0	P	0.197	0.043	0	0
	164	0	31.29	2.43	0	0.25	0	S	0.197	0.043	0	0
	165	0	31.29	2.43	0	0	0	M	0.197	0.043	0	0
	166	0	31.82	2.43	0	0.54	0	E	0.24	0.043	0	0
	167	0	32.07	2.43	0	0.25	0	D	0.229	0.043	0	0
	168	0	32.32	2.43	0	0.25	0	V	0.247	0.043	0	0
	169	1	32.32	2.43	1	0	0	-	0.222	0.043	0	0
	170	1	32.32	2.86	0	0	0.43	I	0.222	0.043	0	0
	171	1	32.57	2.86	0	0.25	0	N	0.283	0	0	0
	172	1	33	2.86	0	0.43	0	L	0.258	0	0	0
	173	1	33	2.86	0	0	0	L	0.24	0	0	0
	174	1	33.25	2.86	0	0.25	0	P	0.294	0	0	0
	175	1	33.68	2.86	0	0.43	0	G	0.269	0	0	0
	176	1	34.11	2.86	0	0.43	0	I	0.251	0	0	0
	177	1	34.54	2.86	0	0.43	0	L	0.208	0	0	0
	178	1	34.54	2.86	0	0	0	S	0.165	0	0	0
	179	1	34.54	2.86	0	0	0	P	0.19	0	0	0
	180	1	35.14	2.86	0	0.61	0	G	0.19	0	0	0
	181	1	35.14	2.86	0	0	0	A	0.129	0	0	0
	182	1	35.39	2.86	0	0.25	0	L	0.186	0	0	0
	183	1	35.93	2.86	0	0.54	0	V	0.161	0	0	0
	184	1	35.93	2.86	0	0	0	V	0.107	0	0	0
	185	1	36.18	2.86	0	0.25	0	G	0.15	0	0	0
	186	1	36.18	2.86	0	0	0	V	0.125	0	0	0
	187	1	36.18	2.86	0	0	0	I	0.125	0	0	0
	188	1	36.43	2.86	0	0.25	0	C	0.193	0	0	0
	189	1	36.43	2.86	0	0	0	A	0.168	0	0	0
	190	1	36.43	2.86	0	0	0	A	0.168	0	0	0
	191	1	37	2.86	0	0.57	0	I	0.222	0	0	0
	192	1	37	2.86	0	0	0	L	0.165	0	0	0
	193	1	37	2.86	0	0	0	R	0.211	0	0	0
	194	1	37.43	2.86	0	0.43	0	R	0.236	0	0	0
	195	1	37.43	2.86	0	0	0	H	0.218	0	0	0
	196	1	37.43	2.86	0	0	0	V	0.218	0	0	0
	197	1	38.11	2.86	0	0.68	0	G	0.218	0	0	0
	198	1	38.11	2.86	0	0	0	P	0.204	0	0	0
	199	1	38.11	2.86	0	0	0	G	0.229	0	0	0
	200	1	38.64	2.86	0	0.54	0	E	0.272	0	0	0
	201	1	38.64	2.86	0	0	0	G	0.218	0	0	0
	202	1	39.11	2.86	0	0.46	0	A	0.218	0	0	0
	203	1	39.36	2.86	0	0.25	0	V	0.229	0	0	0
	204	1	39.61	2.86	0	0.25	0	Q	0.204	0	0	0
	205	1	39.61	2.86	0	0	0	W	0.179	0	0	0
	206	1	39.61	2.86	0	0	0	M	0.179	0	0	0
	207	1	40.14	2.86	0	0.54	0	N	0.179	0	0	0
	208	1	40.39	2.86	0	0.25	0	R	0.15	0	0	0
	209	1	40.82	2.86	0	0.43	0	L	0.125	0	0	0
	210	1	40.82	2.86	0	0	0	I	0.107	0	0	0
	211	1	40.82	2.86	0	0	0	A	0.107	0	0	0
	212	1	41.39	2.86	0	0.57	0	F	0.161	0	0	0
	213	1	41.39	2.86	0	0	0	A	0.129	0	0	0
	214	1	41.39	2.86	0	0	0	S	0.154	0	0	0
	215	1	41.39	2.86	0	0	0	R	0.154	0	0	0
	216	1	41.39	2.86	0	0	0	G	0.154	0	0	0
	217	1	41.64	2.86	0	0.25	0	N	0.154	0	0	0
	218	1	41.64	2.86	0	0	0	H	0.154	0	0	0
	219	1	41.89	2.86	0	0.25	0	V	0.154	0	0	0
	220	1	41.89	2.86	0	0	0	A	0.129	0	0	0
	221	1	42.43	2.86	0	0.54	0	P	0.129	0	0	0
	222	1	42.68	2.86	0	0.25	0	T	0.075	0	0	0
	223	1	42.93	2.86	0	0.25	0	H	0.05	0	0	0
	224	1	42.93	2.86	0	0	0	Y	0.05	0	0	0
	225	1	42.93	2.86	0	0	0	V	0.05	0	0	0
	226	1	42.93	2.86	0	0	0	T	0.05	0	0	0
	227	1	43.18	2.86	0	0.25	0	E	0.075	0	0	0
	228	1	43.18	2.86	0	0	0	S	0.104	0	0	0
	229	1	43.18	2.86	0	0	0	D	0.104	0	0	0
	230	1	43.18	2.86	0	0	0	A	0.129	0	0	0
	231	1	43.18	2.86	0	0	0	S	0.172	0	0	0
	232	1	43.18	2.86	0	0	0	Q	0.172	0	0	0
	233	1	43.43	2.86	0	0.25	0	R	0.229	0	0	0
	234	1	43.43	2.86	0	0	0	V	0.204	0	0	0
	235	1	43.43	2.86	0	0	0	T	0.258	0	0	0
	236	1	43.68	2.86	0	0.25	0	Q	0.258	0	0	0
	237	1	44.21	2.86	0	0.54	0	L	0.287	0	0	0
	238	1	44.21	2.86	0	0	0	L	0.233	0	0	0
	239	1	44.46	2.86	0	0.25	0	G	0.276	0	0	0
	240	1	44.89	2.86	0	0.43	0	S	0.251	0	0	0
	241	1	44.89	2.86	0	0	0	L	0.208	0	0	0
	242	1	45.46	2.86	0	0.57	0	T	0.251	0	0	0
	243	1	45.46	2.86	0	0	0	I	0.251	0	0	0
	244	1	46	2.86	0	0.54	0	T	0.251	0	0	0
	245	1	46	2.86	0	0	0	S	0.222	0	0	0
	246	1	46.54	2.86	0	0.54	0	L	0.222	0	0	0
	247	1	46.54	2.86	0	0	0	L	0.211	0	0	0
	248	1	46.96	2.86	0	0.43	0	R	0.211	0	0	0
	249	1	46.96	2.86	0	0	0	R	0.168	0	0	0
	250	1	46.96	2.86	0	0	0	L	0.193	0	0	0
	251	1	47.39	2.86	0	0.43	0	H	0.218	0	0	0
	252	1	47.96	2.86	0	0.57	0	N	0.175	0	0	0
	253	1	47.96	2.86	0	0	0	W	0.118	0	0	0
	254	1	48.21	2.86	0	0.25	0	I	0.131111111	0	0	0
	255	1	48.21	2.86	0	0	0	T	0.11625	0	0	0
	256	1	48.64	2.86	0	0.43	0	E	0.132857143	0	0	0
	257	1	48.64	2.86	0	0	0	D	0.083333333	0	0	0
	258	1	48.64	2.86	0	0	0	C	0.1	0	0	0
	259	1	48.89	2.86	0	0.25	0	P	0.125	0	0	0
	260	1	49.14	2.86	0	0.25	0	I	0.083333333	0	0	0
	261	1	49.14	2.86	0	0	0	P	0	0	0	0
	262	1	49.14	2.86	0	0	0	C	0	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov