HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	262						
#k	The	average	behavior	for	3655	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.41	0.15	0	0.41	0.15	A	0.272	0.083	0.049	-0.049
	2	0	0.83	0.52	0	0.42	0.37	A	0.231	0.073	0	0
	3	0	0.91	0.61	0	0.09	0.09	H	0.202	0.065	0	0
	4	0	1.24	0.75	0	0.32	0.13	I	0.208	0.061	0.049	-0.049
	5	0	1.61	0.75	0	0.37	0	P	0.195	0.048	0	0
	6	0	1.68	0.75	0	0.07	0	Y	0.181	0.055	0.049	-0.049
	7	0	1.72	0.81	0	0.05	0.07	L	0.211	0.057	0.049	-0.049
	8	0	2.09	0.81	0	0.36	0	E	0.208	0.05	0	0
	9	0	2.36	0.84	0	0.28	0.02	Q	0.218	0.055	0	0
	10	0	2.71	0.84	0	0.35	0	G	0.199	0.053	0.049	-0.049
	11	0	2.71	0.88	0	0	0.05	M	0.196	0.055	0	0
	12	0	2.84	1.17	0	0.13	0.29	H	0.23	0.05	0.049	-0.049
	13	0	2.99	1.22	0	0.15	0.05	L	0.226	0.028	0.049	-0.049
	14	0	3.18	1.22	0	0.19	0	A	0.231	0.025	0.049	-0.049
	15	0	3.41	1.29	0	0.23	0.07	E	0.24	0.035	0	0
	16	0	3.78	1.31	0	0.37	0.02	Q	0.252	0.029	0	0
	17	0	3.8	1.31	0	0.02	0	F	0.246	0.027	0	0
	18	0	4.26	1.36	0	0.46	0.05	K	0.274	0.049	0	0
	19	0	4.35	1.36	0	0.09	0	Q	0.257	0.044	0.384	-0.384
	20	0	4.67	1.38	0	0.32	0.02	K	0.266	0.065	0	0
	21	0	5.02	1.38	0	0.34	0	A	0.255	0.095	0	0
	22	0	5.11	1.45	0	0.09	0.07	L	0.24	0.097	0.327	-0.327
	23	0	5.3	1.47	0	0.2	0.02	G	0.256	0.09	0	0
	24	0	5.58	1.58	0	0.28	0.1	L	0.243	0.088	0.097	-0.097
	25	0	5.94	1.59	0	0.35	0.01	L	0.243	0.1	0	0
	26	0	6.24	1.59	0	0.31	0	Q	0.236	0.129	0.049	-0.049
	27	0	6.54	1.81	0	0.3	0.22	T	0.231	0.145	0	0
	28	0	6.83	1.81	0	0.29	0	A	0.214	0.123	0	0
	29	0	7.01	2.01	0	0.18	0.21	S	0.207	0.155	0.312	-0.312
	30	0	7.22	2.33	0	0.21	0.32	K	0.212	0.136	0.403	-0.403
	31	0	7.41	2.36	0	0.19	0.02	Q	0.222	0.125	0	0
	32	0	7.66	2.36	0	0.25	0	A	0.212	0.14	0.145	-0.145
	33	0	7.73	2.36	0	0.07	0	E	0.211	0.162	0.049	-0.049
	34	0	8.01	2.57	0	0.28	0.22	T	0.204	0.162	0.778	-0.778
	35	0	8.29	2.88	0	0.28	0.3	I	0.218	0.171	0.049	-0.049
	36	0	8.55	3.03	0	0.26	0.16	T	0.202	0.203	0.118	-0.118
	37	0	8.68	3.03	0	0.13	0	P	0.222	0.189	0.82	-0.82
	38	0	8.9	3.35	0	0.22	0.32	A	0.23	0.189	0.592	-0.592
	39	0	9.13	3.38	0	0.23	0.02	V	0.24	0.225	0	0
	40	0	9.44	3.59	0	0.31	0.21	H	0.241	0.223	0.049	-0.049
	41	0	9.53	3.76	0	0.09	0.17	T	0.21	0.202	0.049	-0.049
	42	0	9.77	3.98	0	0.24	0.22	N	0.236	0.19	0.097	-0.097
	43	0	9.77	3.98	0	0	0	W	0.221	0.17	0.392	-0.392
	44	0	10.18	4.29	0	0.42	0.31	Q	0.238	0.172	0	0
	45	0	10.3	4.91	0	0.12	0.62	K	0.196	0.141	0.049	-0.049
	46	0	10.76	4.93	0	0.46	0.02	L	0.184	0.081	0.729	-0.729
	47	0	10.97	4.93	0	0.21	0	E	0.188	0.081	0.36	-0.36
	48	0	11.29	5.61	0	0.32	0.68	S	0.169	0.081	0	0
	49	0	11.53	5.61	0	0.24	0	F	0.15	0.018	0	0
	50	0	11.53	5.61	0	0	0	W	0.141	0.018	0	0
	51	0	11.88	5.66	0	0.35	0.05	A	0.148	0.018	0	0
	52	0	11.97	5.68	0	0.09	0.02	K	0.114	0.023	0	0
	53	0	12.14	5.71	0	0.17	0.02	H	0.133	0.021	0.097	-0.097
	54	0	12.14	5.71	0	0	0	M	0.144	0.019	0.049	-0.049
	55	0	12.14	5.73	0	0	0.02	W	0.208	0.019	0	0
	56	0	12.64	5.75	0	0.5	0.02	N	0.227	0.017	0	0
	57	0	12.66	5.75	0	0.02	0	F	0.179	0.017	0	0
	58	0	12.79	5.8	0	0.13	0.05	V	0.246	0.017	0	0
	59	0	12.94	5.8	0	0.15	0	S	0.248	0.012	0	0
	60	0	13.01	5.8	0	0.07	0	G	0.276	0.012	0	0
	61	0	13.02	5.9	0	0.01	0.1	I	0.291	0.012	0	0
	62	0	13.3	5.9	0	0.28	0	Q	0.303	0.004	0	0
	63	0	13.57	5.9	0	0.28	0	Y	0.316	0.004	0	0
	64	0	14.21	5.9	0	0.64	0	L	0.305	0.004	0	0
	65	0	14.4	5.9	0	0.19	0	A	0.248	0.006	0	0
	66	0	14.43	5.92	0	0.02	0.02	G	0.283	0.006	0	0
	67	0	15.11	5.92	0	0.69	0	L	0.292	0.006	0	0
	68	0	15.26	5.92	0	0.15	0	S	0.236	0.013	0	0
	69	0	15.69	5.92	0	0.43	0	T	0.234	0.013	0	0
	70	0	15.91	5.92	0	0.22	0	L	0.24	0.016	0	0
	71	0	16.04	5.95	0	0.13	0.02	P	0.218	0.016	0	0
	72	0	16.45	5.95	0	0.41	0	G	0.226	0.023	0	0
	73	0	16.62	5.95	0	0.17	0	N	0.217	0.023	0	0
	74	0	16.69	5.97	0	0.07	0.02	P	0.209	0.023	0	0
	75	0	17.23	5.97	0	0.54	0	A	0.226	0.023	0	0
	76	0	17.34	5.99	0	0.11	0.02	I	0.214	0.038	0	0
	77	0	17.48	6.06	0	0.13	0.07	A	0.22	0.07	0	0
	78	0	17.61	6.06	0	0.13	0	S	0.232	0.063	0	0
	79	0	18.1	6.09	0	0.49	0.03	L	0.232	0.063	0	0
	80	0	18.1	6.09	0	0	0	M	0.202	0.06	0	0
	81	0	18.31	6.18	0	0.21	0.09	S	0.225	0.062	0	0
	82	0	18.63	6.18	0	0.32	0	F	0.213	0.058	0	0
	83	0	18.72	6.18	0	0.09	0	T	0.196	0.06	0	0
	84	0	18.96	6.2	0	0.24	0.02	A	0.209	0.089	0	0
	85	0	19.38	6.35	0	0.42	0.15	A	0.217	0.2	0	0
	86	0	19.56	6.69	0	0.17	0.34	V	0.18	0.185	0	0
	87	0	19.8	6.69	0	0.25	0	T	0.174	0.153	0	0
	88	0	19.94	6.69	0	0.13	0	S	0.213	0.164	0	0
	89	0	20.13	6.69	0	0.19	0	P	0.236	0.166	0	0
	90	0	20.36	6.72	0	0.23	0.02	L	0.224	0.168	0	0
	91	0	20.45	6.76	0	0.09	0.05	T	0.21	0.166	0	0
	92	0	20.6	6.79	0	0.15	0.02	T	0.227	0.166	0	0
	93	0	20.82	7.08	0	0.22	0.29	Q	0.229	0.164	0	0
	94	0	21.13	8.21	0	0.32	1.13	Q	0.242	0.135	0	0
	95	0	21.18	8.21	0	0.05	0	T	0.21	0.022	0	0
	96	0	21.29	8.23	0	0.11	0.02	L	0.222	0.024	0	0
	97	0	21.94	8.34	0	0.64	0.11	L	0.261	0.022	0	0
	98	0	22.29	8.36	0	0.36	0.02	F	0.223	0.011	0	0
	99	0	22.36	8.38	0	0.07	0.02	N	0.209	0.009	0	0
	100	0	22.45	8.38	0	0.09	0	I	0.219	0.012	0	0
	101	0	22.71	8.43	0	0.26	0.05	L	0.263	0.014	0	0
	102	0	22.88	8.43	0	0.17	0	G	0.261	0.024	0	0
	103	0	23.23	8.43	0	0.35	0	G	0.259	0.026	0	0
	104	0	23.23	8.43	0	0	0	W	0.261	0.048	0	0
	105	0	23.41	8.45	0	0.17	0.02	V	0.297	0.048	0	0
	106	0	23.9	8.45	0	0.5	0	A	0.311	0.051	0	0
	107	0	24.16	8.45	0	0.26	0	A	0.323	0.068	0	0
	108	0	24.38	8.45	0	0.22	0	Q	0.335	0.068	0	0
	109	0	24.56	8.5	0	0.17	0.05	L	0.355	0.068	0	0
	110	0	25.09	8.52	0	0.53	0.02	A	0.377	0.063	0	0
	111	0	25.34	8.68	0	0.24	0.15	A	0.333	0.061	0	0
	112	0	25.49	8.7	0	0.15	0.02	P	0.333	0.048	0	0
	113	0	25.86	8.92	0	0.37	0.22	A	0.339	0.046	0	0
	114	0	26.22	8.92	0	0.36	0	A	0.351	0.046	0	0
	115	0	26.53	8.96	0	0.31	0.05	A	0.364	0.066	0	0
	116	0	27.15	9.14	0	0.62	0.17	T	0.387	0.063	0	0
	117	0	27.53	9.14	0	0.38	0	A	0.357	0.046	0	0
	118	0	27.95	9.14	0	0.42	0	F	0.361	0.051	0	0
	119	0	28.34	9.14	0	0.39	0	V	0.344	0.076	0	0
	120	0	28.43	9.14	0	0.09	0	G	0.312	0.078	0	0
	121	0	28.67	9.16	0	0.24	0.02	A	0.324	0.085	0	0
	122	0	28.88	9.16	0	0.21	0	G	0.316	0.107	0	0
	123	0	29.38	9.38	0	0.49	0.22	I	0.327	0.107	0	0
	124	0.02	29.87	9.58	0.02	0.49	0.2	T	0.311	0.09	0	0
	125	0.05	30.41	9.6	0.02	0.54	0.02	G	0.267	0.07	0	0
	126	0.07	30.72	9.6	0.02	0.32	0	A	0.218	0.073	0	0
	127	0.07	31.15	9.65	0	0.42	0.05	V	0.209	0.073	0	0
	128	0.07	31.4	9.89	0	0.25	0.25	I	0.202	0.075	0	0
	129	0.07	31.46	9.92	0	0.07	0.02	G	0.191	0.053	0	0
	130	0.07	31.67	9.99	0	0.21	0.07	S	0.189	0.053	0	0
	131	0.07	31.84	10.23	0	0.16	0.24	V	0.212	0.053	0	0
	132	0.07	32.16	10.23	0	0.32	0	G	0.243	0.035	0	0
	133	0.07	32.49	10.27	0	0.33	0.05	L	0.241	0.035	0	0
	134	0.07	32.53	10.27	0	0.05	0	G	0.269	0.03	0	0
	135	0.07	32.58	10.32	0	0.05	0.05	K	0.275	0.03	0	0
	136	0.07	32.81	10.32	0	0.23	0	V	0.327	0.025	0	0
	137	0.07	33.17	10.39	0	0.35	0.07	L	0.354	0.025	0	0
	138	0.07	33.31	10.42	0	0.14	0.03	V	0.353	0.018	0	0
	139	0.07	33.35	10.44	0	0.05	0.02	D	0.348	0.015	0	0
	140	0.07	33.79	10.51	0	0.44	0.07	I	0.412	0.013	0	0
	141	0.07	34.26	10.57	0	0.47	0.06	L	0.397	0.006	0	0
	142	0.07	34.56	10.57	0	0.3	0	A	0.402	0	0	0
	143	0.07	35.17	10.57	0	0.61	0	G	0.395	0	0	0
	144	0.07	35.28	10.57	0	0.11	0	Y	0.372	0	0	0
	145	0.07	35.85	10.57	0	0.57	0	G	0.406	0	0	0
	146	0.07	36.35	10.57	0	0.5	0	A	0.381	0	0	0
	147	0.07	36.69	10.57	0	0.34	0	G	0.35	0	0	0
	148	0.07	36.78	10.57	0	0.09	0	V	0.318	0.048	0	0
	149	0.07	37.47	10.57	0	0.69	0	A	0.309	0.048	0	0
	150	0.07	37.77	10.57	0	0.29	0	G	0.272	0.048	0	0
	151	0.07	38.28	10.57	0	0.52	0	A	0.268	0.048	0	0
	152	0.07	38.51	10.57	0	0.23	0	L	0.23	0.069	0	0
	153	0.07	38.89	10.57	0	0.38	0	V	0.22	0.165	0	0
	154	0.07	39.34	10.57	0	0.45	0	A	0.197	0.165	0	0
	155	0.07	39.66	10.57	0	0.32	0	F	0.165	0.172	0	0
	156	0.07	39.85	10.57	0	0.19	0	K	0.18	0.2	0	0
	157	0.07	39.88	11.05	0	0.02	0.48	I	0.163	0.2	0	0
	158	0.07	39.88	11.05	0	0	0	M	0.187	0.154	0	0
	159	0.07	40.2	11.05	0	0.32	0	S	0.213	0.172	0	0
	160	0.07	40.44	11.05	0	0.25	0	G	0.181	0.172	0	0
	161	0.07	40.58	11.26	0	0.14	0.21	E	0.205	0.185	0	0
	162	0.07	40.71	12.23	0	0.13	0.96	A	0.241	0.164	0	0
	163	0.07	40.86	12.23	0	0.15	0	P	0.304	0.075	0	0
	164	0.07	41	12.3	0	0.13	0.07	T	0.317	0.081	0	0
	165	0.07	41.47	12.58	0	0.47	0.28	A	0.325	0.079	0	0
	166	0.07	41.49	12.58	0	0.02	0	E	0.285	0.051	0	0
	167	0.07	41.75	12.6	0	0.26	0.02	D	0.288	0.053	0	0
	168	0.07	42.01	12.78	0	0.26	0.18	L	0.273	0.053	0	0
	169	1.07	42.01	12.78	1	0	0	-	0.284	0.035	0	0
	170	1.07	42.49	12.92	0	0.49	0.13	V	0.33	0.035	0	0
	171	1.07	43	12.92	0	0.5	0	N	0.34	0.022	0	0
	172	1.07	43.76	12.99	0	0.76	0.07	L	0.297	0.022	0	0
	173	1.07	44.04	13.04	0	0.28	0.06	L	0.262	0.016	0	0
	174	1.07	44.25	13.09	0	0.21	0.05	P	0.274	0.012	0	0
	175	1.07	44.32	13.09	0	0.07	0	A	0.262	0.007	0	0
	176	1.07	44.37	13.11	0	0.05	0.02	I	0.286	0.007	0	0
	177	1.07	44.48	13.14	0	0.11	0.02	L	0.321	0.012	0	0
	178	1.07	44.85	13.14	0	0.37	0	S	0.33	0.01	0	0
	179	1.07	45.32	13.14	0	0.46	0	P	0.321	0.012	0	0
	180	1.07	45.9	13.14	0	0.59	0	G	0.29	0.012	0	0
	181	1.07	45.97	13.14	0	0.07	0	A	0.24	0.017	0	0
	182	1.07	46.38	13.15	0	0.41	0.01	L	0.242	0.019	0	0
	183	1.07	46.78	13.17	0	0.4	0.02	V	0.216	0.02	0	0
	184	1.07	46.87	13.17	0	0.09	0	V	0.215	0.018	0	0
	185	1.07	47.18	13.17	0	0.31	0	G	0.239	0.02	0	0
	186	1.07	47.58	13.24	0	0.4	0.07	V	0.256	0.022	0	0
	187	1.07	47.78	13.24	0	0.2	0	V	0.227	0.015	0	0
	188	1.07	48.05	13.26	0	0.28	0.02	C	0.218	0.015	0	0
	189	1.07	48.21	13.26	0	0.15	0	A	0.24	0.013	0	0
	190	1.07	48.3	13.31	0	0.09	0.05	A	0.277	0.013	0	0
	191	1.07	48.38	13.33	0	0.09	0.02	I	0.279	0.008	0	0
	192	1.07	48.54	13.36	0	0.15	0.02	L	0.287	0.006	0	0
	193	1.07	48.93	13.36	0	0.39	0	R	0.301	0.004	0	0
	194	1.07	49.26	13.38	0	0.33	0.02	R	0.275	0.004	0	0
	195	1.07	49.74	13.4	0	0.48	0.02	H	0.257	0.004	0	0
	196	1.07	49.86	13.4	0	0.11	0	V	0.209	0.002	0	0
	197	1.07	49.97	13.4	0	0.11	0	G	0.198	0.004	0	0
	198	1.07	50.47	13.4	0	0.5	0	P	0.189	0.004	0	0
	199	1.07	50.99	13.4	0	0.52	0	G	0.141	0.004	0	0
	200	1.07	51.1	13.4	0	0.11	0	E	0.103	0.004	0	0
	201	1.07	51.28	13.4	0	0.17	0	G	0.094	0.004	0	0
	202	1.07	51.57	13.4	0	0.29	0	A	0.094	0.004	0	0
	203	1.07	51.7	13.4	0	0.13	0	V	0.076	0.004	0	0
	204	1.07	51.85	13.43	0	0.15	0.02	Q	0.107	0.004	0	0
	205	1.07	51.85	13.43	0	0	0	W	0.12	0.005	0	0
	206	1.07	51.85	13.45	0	0	0.02	M	0.127	0.01	0	0
	207	1.07	51.88	13.45	0	0.02	0	N	0.156	0.008	0	0
	208	1.07	51.9	13.45	0	0.02	0	R	0.163	0.008	0	0
	209	1.07	52.03	13.45	0	0.14	0	L	0.204	0.008	0	0
	210	1.07	52.06	13.45	0	0.02	0	I	0.233	0.01	0	0
	211	1.07	52.23	13.45	0	0.17	0	A	0.231	0.01	0	0
	212	1.07	52.34	13.45	0	0.11	0	F	0.223	0.01	0	0
	213	1.07	52.78	13.45	0	0.44	0	A	0.221	0.015	0	0
	214	1.07	53.06	13.48	0	0.28	0.03	S	0.192	0.015	0	0
	215	1.07	53.13	13.53	0	0.07	0.05	R	0.197	0.012	0	0
	216	1.07	53.42	13.53	0	0.29	0	G	0.19	0.007	0	0
	217	1.07	53.51	13.53	0	0.09	0	N	0.196	0.007	0	0
	218	1.07	53.94	13.53	0	0.43	0	H	0.211	0.007	0	0
	219	1.07	54.37	13.55	0	0.43	0.02	V	0.173	0.009	0	0
	220	1.07	54.37	13.55	0	0	0	S	0.145	0.009	0	0
	221	1.07	54.46	13.55	0	0.09	0	P	0.205	0.011	0	0
	222	1.07	54.55	13.6	0	0.09	0.05	T	0.232	0.016	0	0
	223	1.07	54.7	13.6	0	0.15	0	H	0.262	0.04	0	0
	224	1.07	55.03	13.6	0	0.33	0	Y	0.272	0.042	0	0
	225	1.07	55.03	13.6	0	0	0	V	0.289	0.042	0	0
	226	1.07	55.38	13.6	0	0.35	0	P	0.34	0.042	0	0
	227	1.07	55.62	13.6	0	0.24	0	E	0.328	0.074	0	0
	228	1.07	55.67	13.62	0	0.05	0.02	S	0.324	0.079	0	0
	229	1.07	55.82	13.65	0	0.15	0.02	D	0.33	0.077	0	0
	230	1.07	56.42	13.67	0	0.6	0.02	A	0.33	0.101	0	0
	231	1.07	56.78	13.72	0	0.36	0.05	S	0.275	0.121	0	0
	232	1.07	57.17	14.01	0	0.39	0.29	V	0.272	0.116	0	0
	233	1.07	57.41	14.03	0	0.25	0.02	R	0.25	0.087	0	0
	234	1.07	57.92	14.03	0	0.5	0	V	0.238	0.106	0	0
	235	1.07	58.43	14.03	0	0.51	0	T	0.225	0.106	0	0
	236	1.07	58.66	14.35	0	0.23	0.32	H	0.189	0.106	0	0
	237	1.07	58.85	14.4	0	0.2	0.05	I	0.203	0.078	0	0
	238	1.07	58.96	14.4	0	0.11	0	L	0.237	0.073	0	0
	239	1.07	59.11	14.66	0	0.15	0.26	T	0.241	0.092	0	0
	240	1.07	59.16	14.88	0	0.05	0.22	S	0.258	0.068	0	0
	241	1.07	59.5	14.88	0	0.33	0	L	0.311	0.05	0	0
	242	1.07	59.67	14.88	0	0.17	0	T	0.302	0.05	0	0
	243	1.07	59.8	15.09	0	0.13	0.21	V	0.296	0.064	0	0
	244	1.07	60.17	15.09	0	0.37	0	T	0.283	0.043	0	0
	245	1.07	60.32	15.09	0	0.15	0	Q	0.299	0.05	0	0
	246	1.07	60.69	15.13	0	0.37	0.04	L	0.31	0.065	0	0
	247	1.07	61.23	15.13	0	0.54	0	L	0.292	0.091	0	0
	248	1.07	61.38	15.32	0	0.15	0.19	K	0.246	0.102	0	0
	249	1.07	61.7	15.34	0	0.32	0.02	R	0.248	0.088	0	0
	250	1.07	62.28	15.38	0	0.58	0.04	L	0.225	0.103	0	0
	251	1.07	62.52	15.38	0	0.24	0	H	0.2	0.104	0	0
	252	1.07	62.63	15.52	0	0.11	0.14	V	0.213	0.104	0	0
	253	1.07	62.63	15.52	0	0	0	W	0.23	0.09	0	0
	254	1.07	63.17	15.59	0	0.53	0.07	I	0.255555556	0.1	0	0
	255	1.07	63.43	15.74	0	0.26	0.15	S	0.22125	0.10375	0	0
	256	1.07	63.62	16.04	0	0.19	0.3	S	0.215714286	0.097142857	0	0
	257	1.07	63.7	16.15	0	0.08	0.11	D	0.22	0.063333333	0	0
	258	1.07	63.87	16.2	0	0.17	0.05	C	0.248	0.054	0	0
	259	1.07	63.96	16.37	0	0.09	0.17	T	0.2675	0.055	0	0
	260	1.07	64.29	16.42	0	0.33	0.05	A	0.326666667	0.016666667	0	0
	261	1.07	64.65	16.42	0	0.37	0	P	0.325	0	0	0
	262	1.07	64.93	16.42	0	0.28	0	C	0.28	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov