HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	54						
#k	The	average	behavior	for	5886	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.1	0.02	0	0.1	0.02	S	0.283	0.008	0.052	-0.052
	2	0	0.36	0.02	0	0.26	0	T	0.294	0.006	0	0
	3	0	0.36	0.02	0	0	0	W	0.295	0.006	0	0
	4	0.02	0.45	0.02	0.02	0.09	0	V	0.322	0.008	0.052	-0.052
	5	0.02	1.06	0.02	0	0.61	0	L	0.322	0.01	0	0
	6	0.02	1.45	0.04	0	0.39	0.02	V	0.304	0.01	0.052	-0.052
	7	0.02	1.59	0.06	0	0.14	0.02	G	0.314	0.008	0.052	-0.052
	8	0.02	2.13	0.06	0	0.55	0	G	0.31	0.006	0	0
	9	0.02	2.3	0.06	0	0.17	0	V	0.306	0.006	0	0
	10	0.02	2.82	0.08	0	0.52	0.02	L	0.301	0.01	0.052	-0.052
	11	0.02	3.03	0.08	0	0.21	0	A	0.29	0.008	0	0
	12	0.02	3.31	0.08	0	0.27	0	A	0.276	0.008	0	0
	13	0.02	3.58	0.09	0	0.27	0.02	L	0.276	0.015	0.052	-0.052
	14	0.02	3.67	0.11	0	0.09	0.02	A	0.254	0.013	0.052	-0.052
	15	0.02	4.09	0.11	0	0.43	0	A	0.26	0.016	0	0
	16	0.02	4.59	0.11	0	0.49	0	Y	0.243	0.016	0	0
	17	0.02	4.69	0.11	0	0.1	0	C	0.204	0.019	0	0
	18	0.02	5.2	0.12	0	0.51	0	L	0.232	0.019	0	0
	19	0.02	5.32	0.15	0	0.12	0.04	T	0.196	0.021	0.104	-0.104
	20	0.02	5.73	0.15	0	0.41	0	T	0.199	0.026	0	0
	21	0.02	5.8	0.15	0	0.07	0	G	0.17	0.04	0	0
	22	0.02	6.07	0.22	0	0.27	0.07	S	0.197	0.042	0.157	-0.157
	23	0.02	6.12	0.22	0	0.05	0	V	0.196	0.041	0	0
	24	0.02	6.28	0.28	0	0.15	0.05	V	0.219	0.044	0.052	-0.052
	25	0.02	6.53	0.28	0	0.26	0	I	0.216	0.093	0	0
	26	0.02	6.63	0.31	0	0.1	0.03	V	0.21	0.097	0.052	-0.052
	27	0.02	7.02	0.31	0	0.38	0	G	0.249	0.099	0	0
	28	0.02	7.17	0.33	0	0.15	0.02	R	0.262	0.156	0	0
	29	0.02	7.33	0.42	0	0.15	0.09	I	0.269	0.193	0.235	-0.235
	30	0.02	7.45	0.56	0	0.12	0.14	I	0.281	0.184	0.265	-0.265
	31	0.02	7.78	0.57	0	0.34	0.02	L	0.294	0.172	0	0
	32	0.02	8.05	0.63	0	0.26	0.06	S	0.277	0.172	0.052	-0.052
	33	0.02	8.33	0.66	0	0.28	0.03	G	0.271	0.17	0.052	-0.052
	34	0.02	8.46	1.19	0	0.12	0.54	K	0.29	0.186	0.052	-0.052
	35	0.02	8.66	1.23	0	0.2	0.04	P	0.304	0.134	0.052	-0.052
	36	0.02	9.14	1.28	0	0.49	0.05	A	0.301	0.132	0.126	-0.126
	37	0.02	9.66	1.86	0	0.51	0.57	V	0.277	0.18	0.813	-0.813
	38	0.02	9.87	2.25	0	0.22	0.39	V	0.231	0.14	0.609	-0.609
	39	0.02	10.15	2.25	0	0.27	0	P	0.219	0.101	0	0
	40	0.02	10.4	2.27	0	0.25	0.02	D	0.207	0.101	0	0
	41	0.02	10.57	2.29	0	0.17	0.02	R	0.232	0.099	0	0
	42	0.02	10.76	2.33	0	0.2	0.04	E	0.215	0.097	0.104	-0.104
	43	0.02	11.23	2.52	0	0.47	0.19	V	0.23	0.093	0.419	-0.419
	44	0.02	11.49	2.54	0	0.26	0.02	L	0.188	0.078	0	0
	45	0.02	11.66	2.56	0	0.17	0.02	Y	0.196	0.078	0	0
	46	0.02	11.91	3.09	0	0.25	0.53	Q	0.198888889	0.084444444	0.736	-0.736
	47	0.02	11.96	3.26	0	0.05	0.17	E	0.1925	0.02875	0.385	-0.385
	48	0.02	12.06	3.26	0	0.1	0	F	0.212857143	0.008571429	0	0
	49	0.02	12.21	3.26	0	0.15	0	D	0.231666667	0.01	0	0
	50	0.02	12.72	3.26	0	0.5	0	E	0.248	0.012	0	0
	51	0.02	12.72	3.26	0	0	0	M	0.185	0.015	0	0
	52	0.02	13.06	3.26	0	0.35	0	E	0.246666667	0.02	0	0
	53	0.02	13.12	3.29	0	0.05	0.04	E	0.195	0.03	0.104	-0.104
	54	0.02	13.45	3.31	0	0.34	0.02	C	0.34	0.02	0.052	-0.052



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov