HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	54						
#k	The	average	behavior	for	7021	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.13	0.02	0	0.13	0.02	S	0.317	0.009	0.049	-0.049
	2	0	0.4	0.02	0	0.28	0	T	0.338	0.007	0	0
	3	0	0.4	0.02	0	0	0	W	0.335	0.01	0	0
	4	0.02	0.49	0.02	0.02	0.08	0	V	0.37	0.012	0.049	-0.049
	5	0.02	1.16	0.03	0	0.67	0.01	L	0.37	0.014	0	0
	6	0.02	1.62	0.04	0	0.47	0.02	V	0.346	0.013	0.049	-0.049
	7	0.02	1.75	0.06	0	0.13	0.02	G	0.348	0.011	0.049	-0.049
	8	0.02	2.36	0.06	0	0.61	0	G	0.345	0.009	0	0
	9	0.02	2.57	0.06	0	0.21	0	V	0.336	0.009	0	0
	10	0.02	3.16	0.08	0	0.59	0.02	L	0.337	0.028	0.049	-0.049
	11	0.02	3.49	0.08	0	0.34	0	A	0.317	0.026	0	0
	12	0.02	3.75	0.11	0	0.25	0.03	A	0.29	0.026	0.049	-0.049
	13	0.02	4.09	0.13	0	0.35	0.02	L	0.291	0.041	0.049	-0.049
	14	0.02	4.17	0.14	0	0.08	0.02	A	0.263	0.039	0.049	-0.049
	15	0.02	4.61	0.14	0	0.43	0	A	0.269	0.042	0	0
	16	0.02	5.09	0.14	0	0.49	0	Y	0.263	0.042	0	0
	17	0.02	5.19	0.14	0	0.1	0	C	0.226	0.044	0	0
	18	0.02	5.71	0.15	0	0.52	0	L	0.252	0.044	0	0
	19	0.02	5.92	0.33	0	0.22	0.19	S	0.216	0.046	0.384	-0.384
	20	0.02	6.31	0.33	0	0.39	0	T	0.217	0.041	0	0
	21	0.02	6.38	0.33	0	0.07	0	G	0.197	0.063	0	0
	22	0.02	6.63	0.52	0	0.26	0.18	S	0.227	0.064	0.327	-0.327
	23	0.02	6.7	0.52	0	0.07	0	V	0.228	0.058	0	0
	24	0.02	6.84	0.57	0	0.14	0.05	V	0.249	0.061	0.049	-0.049
	25	0.02	7.21	0.57	0	0.37	0	I	0.246	0.109	0	0
	26	0.02	7.33	0.59	0	0.12	0.02	V	0.228	0.112	0.049	-0.049
	27	0.02	7.69	0.59	0	0.36	0	G	0.271	0.115	0	0
	28	0.02	7.85	0.61	0	0.16	0.02	R	0.286	0.173	0	0
	29	0.02	8.08	0.75	0	0.23	0.14	I	0.302	0.21	0.312	-0.312
	30	0.02	8.27	0.96	0	0.19	0.22	I	0.312	0.196	0.375	-0.375
	31	0.02	8.63	0.98	0	0.37	0.01	L	0.316	0.176	0	0
	32	0.02	8.9	1.1	0	0.27	0.12	S	0.295	0.177	0.097	-0.097
	33	0.02	9.18	1.12	0	0.28	0.03	G	0.291	0.168	0.049	-0.049
	34	0.02	9.29	1.65	0	0.11	0.53	K	0.311	0.183	0.049	-0.049
	35	0.02	9.48	1.69	0	0.19	0.03	P	0.325	0.133	0.049	-0.049
	36	0.02	10.03	1.74	0	0.55	0.05	A	0.322	0.132	0.118	-0.118
	37	0.02	10.54	2.32	0	0.51	0.58	V	0.294	0.179	0.82	-0.82
	38	0.02	10.85	2.7	0	0.32	0.39	I	0.25	0.137	0.592	-0.592
	39	0.02	11.19	2.7	0	0.33	0	P	0.231	0.098	0	0
	40	0.02	11.42	2.72	0	0.23	0.02	D	0.212	0.098	0	0
	41	0.02	11.58	2.74	0	0.16	0.02	R	0.239	0.096	0	0
	42	0.02	11.81	2.77	0	0.23	0.03	E	0.223	0.094	0.097	-0.097
	43	0.02	12.29	2.95	0	0.48	0.18	V	0.233	0.091	0.392	-0.392
	44	0.02	12.54	2.98	0	0.25	0.03	L	0.19	0.076	0	0
	45	0.02	12.7	3	0	0.16	0.02	Y	0.197	0.075	0	0
	46	0.02	12.97	3.52	0	0.27	0.52	R	0.201111111	0.081111111	0.729	-0.729
	47	0.02	13.04	3.68	0	0.07	0.16	E	0.1925	0.02625	0.36	-0.36
	48	0.02	13.17	3.68	0	0.13	0	F	0.21	0.007142857	0	0
	49	0.02	13.31	3.68	0	0.14	0	D	0.223333333	0.008333333	0	0
	50	0.02	13.81	3.68	0	0.5	0	E	0.24	0.01	0	0
	51	0.02	13.81	3.68	0	0	0	M	0.175	0.0125	0	0
	52	0.02	14.15	3.68	0	0.33	0	E	0.233333333	0.016666667	0	0
	53	0.02	14.2	3.71	0	0.05	0.03	E	0.185	0.025	0.097	-0.097
	54	0.02	14.52	3.73	0	0.32	0.02	C	0.32	0.02	0.049	-0.049



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov