HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	216						
#k	The	average	behavior	for	136	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	Y	0.199	0.167	0	0
	2	0	0.44	0.12	0	0.44	0.12	D	0.239	0.22	0.224	-0.224
	3	0	0.44	0.35	0	0	0.24	A	0.207	0.284	0.444	-0.444
	4	0	0.82	0.57	0	0.38	0.22	P	0.247	0.26	0.362	-0.362
	5	0	0.94	0.92	0	0.11	0.34	V	0.278	0.238	0.362	-0.362
	6	0	1.22	1.03	0	0.29	0.12	H	0.283	0.283	0.224	-0.224
	7	0	1.63	1.03	0	0.4	0	G	0.303	0.271	0	0
	8	0	1.63	1.03	0	0	0	Q	0.298	0.271	0	0
	9	0	1.77	1.67	0	0.14	0.63	I	0.32	0.271	1.006	-1.006
	10	0	1.99	1.67	0	0.23	0	G	0.327	0.208	0	0
	11	0	2.4	2.2	0	0.4	0.53	V	0.342	0.208	0.808	-0.808
	12	0	2.52	2.96	0	0.12	0.76	G	0.302	0.155	1.005	-1.005
	13	0	2.91	2.96	0	0.4	0	L	0.321	0.079	0	0
	14	0	3.6	2.96	0	0.69	0	L	0.281	0.079	0	0
	15	0	3.77	3.75	0	0.16	0.79	I	0.224	0.079	1.038	-1.038
	16	0	4.26	3.75	0	0.49	0	L	0.24	0.038	0	0
	17	0	4.61	3.75	0	0.35	0	I	0.203	0.038	0.224	-0.224
	18	0	4.83	3.75	0	0.22	0	T	0.18	0.038	0	0
	19	0	5.05	3.75	0	0.21	0	L	0.17	0.076	0.224	-0.224
	20	0	5.43	3.75	0	0.38	0	F	0.187	0.076	0	0
	21	0	5.43	3.75	0	0	0	T	0.171	0.088	0	0
	22	0	5.74	3.75	0	0.31	0	L	0.193	0.1	0	0
	23	0	5.74	3.75	0	0	0	T	0.174	0.122	0	0
	24	0	5.86	3.75	0	0.12	0	P	0.218	0.182	0	0
	25	0	6.18	4.14	0	0.32	0.38	G	0.25	0.182	0.546	-0.546
	26	0	6.3	4.14	0	0.12	0	Y	0.218	0.144	0	0
	27	0	6.42	4.14	0	0.12	0	K	0.206	0.144	0	0
	28	0	6.53	4.52	0	0.12	0.38	T	0.247	0.144	0.546	-0.546
	29	0	6.92	4.52	0	0.38	0	L	0.247	0.106	0	0
	30	0	7.14	4.64	0	0.22	0.12	L	0.209	0.106	0.224	-0.224
	31	0	7.36	4.75	0	0.22	0.12	G	0.218	0.117	0.224	-0.224
	32	0	7.47	4.97	0	0.12	0.22	Q	0.196	0.105	0.362	-0.362
	33	0	7.92	5.58	0	0.44	0.6	C	0.206	0.083	0.874	-0.874
	34	0	8.36	5.58	0	0.44	0	L	0.186	0.023	0	0
	35	0	8.36	5.58	0	0	0	W	0.142	0.045	0	0
	36	0	8.36	5.58	0	0	0	W	0.186	0.045	0	0
	37	0	8.89	5.58	0	0.53	0	L	0.198	0.067	0	0
	38	0	9	5.58	0	0.12	0	C	0.145	0.079	0	0
	39	0	9	5.58	0	0	0	Y	0.164	0.128	0	0
	40	0	9.31	5.8	0	0.31	0.23	L	0.176	0.128	0.444	-0.444
	41	0	9.31	5.8	0	0	0	L	0.176	0.117	0	0
	42	0	9.53	5.8	0	0.22	0	T	0.176	0.117	0	0
	43	0	9.77	5.8	0	0.24	0	L	0.166	0.168	0	0
	44	0	9.77	6.03	0	0	0.22	G	0.154	0.168	0.362	-0.362
	45	0	10.21	6.03	0	0.44	0	E	0.176	0.197	0	0
	46	0	10.33	6.25	0	0.12	0.22	A	0.132	0.221	0.362	-0.362
	47	0	10.33	6.36	0	0	0.12	M	0.12	0.199	0.224	-0.224
	48	0	10.64	6.85	0	0.31	0.49	I	0.142	0.225	0.649	-0.649
	49	0	10.75	6.85	0	0.12	0	Q	0.151	0.187	0	0
	50	0	11.06	6.97	0	0.31	0.12	E	0.183	0.187	0.224	-0.224
	51	0	11.06	6.97	0	0	0	W	0.152	0.175	0	0
	52	0	11.18	7.48	0	0.12	0.51	V	0.211	0.175	0.677	-0.677
	53	0	11.3	7.48	0	0.12	0	P	0.211	0.124	0	0
	54	0	11.52	8	0	0.22	0.51	P	0.211	0.124	0.677	-0.677
	55	0	11.52	8.23	0	0	0.24	M	0.201	0.073	0.444	-0.444
	56	0	11.52	8.23	0	0	0	Q	0.22	0.076	0.224	-0.224
	57	0	11.74	8.61	0	0.22	0.38	V	0.22	0.076	0.546	-0.546
	58	0	12.14	8.72	0	0.4	0.11	R	0.21	0.05	0.224	-0.224
	59	0	12.58	8.72	0	0.44	0	G	0.182	0.073	0	0
	60	0	12.58	8.72	0	0	0	G	0.16	0.095	0	0
	61	0	13.17	8.72	0	0.59	0	R	0.16	0.117	0	0
	62	0	13.29	8.72	0	0.12	0	D	0.123	0.139	0	0
	63	0	13.41	8.72	0	0.12	0	G	0.111	0.139	0	0
	64	0	13.53	8.72	0	0.12	0	I	0.099	0.139	0	0
	65	0	13.71	9	0	0.19	0.27	A	0.143	0.139	0.224	-0.224
	66	0	13.71	9	0	0	0	W	0.164	0.139	0	0
	67	0	13.83	9.12	0	0.12	0.12	A	0.176	0.139	0.224	-0.224
	68	0	13.95	9.45	0	0.12	0.34	V	0.164	0.127	0.578	-0.578
	69	0	14.17	9.67	0	0.22	0.22	T	0.164	0.093	0.362	-0.362
	70	0	14.17	9.9	0	0	0.22	I	0.154	0.071	0.362	-0.362
	71	0	14.39	10.12	0	0.22	0.22	F	0.154	0.049	0.362	-0.362
	72	0	14.39	10.12	0	0	0	C	0.144	0.027	0	0
	73	0	14.39	10.12	0	0	0	P	0.144	0.027	0	0
	74	0	14.95	10.12	0	0.56	0	G	0.191	0.027	0	0
	75	0	15.35	10.39	0	0.4	0.27	V	0.21	0.027	0.578	-0.578
	76	0	15.46	10.39	0	0.12	0	V	0.17	0	0	0
	77	0	15.46	10.39	0	0	0	F	0.162	0.064	0	0
	78	0	15.58	10.39	0	0.12	0	D	0.162	0.076	0	0
	79	0	15.7	10.39	0	0.12	0	I	0.15	0.076	0	0
	80	0	15.7	10.39	0	0	0	T	0.16	0.098	0	0
	81	0	15.82	10.39	0	0.12	0	K	0.182	0.161	0	0
	82	0	15.82	10.39	0	0	0	W	0.223	0.173	0	0
	83	0	16.29	10.39	0	0.47	0	L	0.235	0.173	0	0
	84	0	17.04	10.39	0	0.75	0	L	0.238	0.173	0	0
	85	0	17.04	10.39	0	0	0	A	0.186	0.185	0	0
	86	0	17.08	11.03	0	0.04	0.64	L	0.209	0.25	0.808	-0.808
	87	0	17.08	11.15	0	0	0.12	L	0.227	0.186	0.224	-0.224
	88	0	17.08	11.15	0	0	0	G	0.261	0.174	0	0
	89	0	17.3	11.37	0	0.22	0.22	P	0.312	0.174	0.362	-0.362
	90	0	17.52	12	0	0.22	0.63	A	0.345	0.187	0.869	-0.869
	91	0	18.05	12.12	0	0.53	0.12	Y	0.323	0.124	0.224	-0.224
	92	0	18.17	12.12	0	0.12	0	L	0.322	0.112	0	0
	93	0	18.67	12.12	0	0.5	0	L	0.361	0.112	0	0
	94	0	18.9	12.24	0	0.23	0.12	R	0.323	0.112	0	0
	95	0	19.13	12.89	0	0.23	0.65	A	0.3	0.1	1.038	-1.038
	96	0	19.35	12.89	0	0.22	0	A	0.299	0.035	0	0
	97	0	19.69	12.89	0	0.34	0	L	0.299	0.035	0	0
	98	0	20.21	12.89	0	0.51	0	T	0.265	0.035	0	0
	99	0	20.76	13.24	0	0.55	0.35	H	0.214	0.035	0	0
	100	0	20.76	13.24	0	0	0	V	0.171	0	0	0
	101	0	21.28	13.24	0	0.52	0	P	0.199	0.017	0	0
	102	0	21.79	13.24	0	0.51	0	Y	0.168	0.017	0	0
	103	0	21.91	13.24	0	0.12	0	F	0.125	0.072	0	0
	104	0	21.91	13.24	0	0	0	V	0.113	0.072	0	0
	105	0	22.13	13.24	0	0.22	0	R	0.171	0.084	0	0
	106	0	22.35	13.24	0	0.22	0	A	0.15	0.131	0	0
	107	0	22.35	13.24	0	0	0	H	0.15	0.153	0	0
	108	0	22.35	13.24	0	0	0	A	0.15	0.184	0	0
	109	0	22.47	13.24	0	0.12	0	L	0.191	0.219	0	0
	110	0	22.74	13.41	0	0.28	0.17	I	0.191	0.219	0.224	-0.224
	111	0	22.95	13.41	0	0.21	0	R	0.185	0.202	0	0
	112	0	23.03	13.96	0	0.08	0.55	V	0.176	0.202	0.444	-0.444
	113	0	23.03	13.96	0	0	0	C	0.168	0.147	0	0
	114	0	23.61	14.08	0	0.58	0.12	A	0.168	0.196	0.224	-0.224
	115	0	23.62	14.55	0	0.01	0.47	L	0.148	0.184	0.66	-0.66
	116	0	23.84	14.77	0	0.22	0.22	V	0.159	0.137	0.362	-0.362
	117	0	23.84	15.08	0	0	0.31	K	0.149	0.115	0	0
	118	0	24.25	15.42	0	0.41	0.35	Q	0.149	0.096	0.224	-0.224
	119	0	24.37	15.42	0	0.12	0	L	0.108	0.073	0	0
	120	0	24.59	15.42	0	0.22	0	A	0.139	0.073	0	0
	121	0	24.71	15.42	0	0.12	0	G	0.17	0.073	0	0
	122	0	24.71	15.42	0	0	0	G	0.17	0.073	0	0
	123	0	24.71	15.91	0	0	0.49	R	0.17	0.085	0	0
	124	0	25.09	15.91	0	0.38	0	Y	0.208	0.036	0	0
	125	0	25.21	15.91	0	0.12	0	V	0.201	0.036	0	0
	126	0	25.33	15.91	0	0.12	0	Q	0.189	0.036	0	0
	127	0	25.33	16.03	0	0	0.12	V	0.23	0.048	0	0
	128	0	25.33	16.15	0	0	0.12	A	0.23	0.036	0.224	-0.224
	129	0	25.75	16.15	0	0.43	0	L	0.252	0.024	0	0
	130	0	26.28	16.15	0	0.53	0	L	0.221	0.024	0	0
	131	0	26.4	16.15	0	0.12	0	A	0.18	0.024	0	0
	132	0	26.4	16.26	0	0	0.12	L	0.168	0.024	0.224	-0.224
	133	0	26.78	16.26	0	0.38	0	G	0.19	0.012	0	0
	134	0	27.09	16.26	0	0.31	0	R	0.183	0.012	0	0
	135	0	27.09	16.26	0	0	0	W	0.152	0.012	0	0
	136	0	27.62	16.38	0	0.53	0.12	T	0.173	0.047	0.224	-0.224
	137	0	27.62	16.38	0	0	0	G	0.142	0.035	0	0
	138	0	27.84	16.38	0	0.22	0	T	0.142	0.035	0	0
	139	0	27.96	16.38	0	0.12	0	Y	0.132	0.035	0	0
	140	0	28.08	16.38	0	0.12	0	I	0.164	0.035	0	0
	141	0	28.08	16.38	0	0	0	Y	0.152	0.035	0	0
	142	0	28.3	16.38	0	0.22	0	D	0.164	0.035	0	0
	143	0	28.6	16.38	0	0.31	0	H	0.186	0.035	0	0
	144	0	28.6	16.38	0	0	0	L	0.206	0.079	0	0
	145	0	28.82	16.73	0	0.21	0.35	T	0.206	0.079	0.578	-0.578
	146	0	29.04	16.73	0	0.22	0	P	0.197	0.044	0	0
	147	0	29.04	16.73	0	0	0	M	0.198	0.044	0	0
	148	0	29.16	16.73	0	0.12	0	S	0.198	0.044	0	0
	149	0	29.6	16.73	0	0.44	0	D	0.229	0.044	0	0
	150	0	29.6	16.73	0	0	0	W	0.197	0.044	0	0
	151	0	29.71	16.73	0	0.12	0	A	0.209	0.044	0	0
	152	0	30.16	16.73	0	0.44	0	A	0.255	0.044	0	0
	153	0	30.67	17.17	0	0.51	0.44	S	0.233	0.044	0	0
	154	0	30.67	17.17	0	0	0	G	0.204	0	0	0
	155	0	30.79	17.17	0	0.12	0	L	0.244	0	0	0
	156	0	31.02	17.17	0	0.23	0	R	0.244	0	0	0
	157	0	31.02	17.17	0	0	0	D	0.221	0	0	0
	158	0	31.44	17.17	0	0.43	0	L	0.233	0	0	0
	159	0	31.56	17.17	0	0.12	0	A	0.212	0	0	0
	160	0	31.68	17.17	0	0.12	0	V	0.212	0	0	0
	161	0	32.26	17.17	0	0.58	0	A	0.2	0	0	0
	162	0	32.48	17.17	0	0.22	0	V	0.142	0	0	0
	163	0	32.7	17.17	0	0.22	0	E	0.132	0	0	0
	164	0	33.1	17.17	0	0.4	0	P	0.148	0	0	0
	165	0	33.22	17.17	0	0.12	0	I	0.12	0	0	0
	166	0	33.22	17.17	0	0	0	I	0.12	0	0	0
	167	0	33.34	17.17	0	0.12	0	F	0.132	0.043	0	0
	168	0	33.56	17.17	0	0.22	0	S	0.12	0.043	0	0
	169	0	33.68	17.17	0	0.12	0	P	0.129	0.043	0	0
	170	0	33.68	17.17	0	0	0	M	0.155	0.043	0	0
	171	0	33.68	17.17	0	0	0	E	0.155	0.043	0	0
	172	0	33.8	17.17	0	0.12	0	K	0.195	0.055	0	0
	173	0	34.18	17.17	0	0.38	0	K	0.232	0.055	0	0
	174	0	34.3	17.17	0	0.12	0	V	0.226	0.055	0	0
	175	0	34.41	17.17	0	0.12	0	I	0.245	0.055	0	0
	176	0	34.53	17.6	0	0.12	0.43	V	0.233	0.055	0.578	-0.578
	177	0	34.53	17.6	0	0	0	W	0.252	0.012	0	0
	178	0	34.84	17.6	0	0.31	0	G	0.292	0.034	0	0
	179	0	35.22	17.6	0	0.38	0	A	0.32	0.034	0	0
	180	0	35.22	17.6	0	0	0	E	0.313	0.056	0	0
	181	0	35.63	17.72	0	0.4	0.12	T	0.325	0.056	0.224	-0.224
	182	0	36.11	17.72	0	0.49	0	A	0.334	0.044	0	0
	183	0	36.44	17.72	0	0.32	0	A	0.316	0.044	0	0
	184	0	36.74	17.72	0	0.31	0	C	0.296	0.044	0	0
	185	0	36.74	17.72	0	0	0	G	0.288	0.044	0	0
	186	0	37.05	17.72	0	0.31	0	D	0.3	0.044	0	0
	187	0	37.46	17.94	0	0.4	0.22	I	0.29	0.044	0.362	-0.362
	188	0	38.05	17.94	0	0.59	0	L	0.302	0.022	0.224	-0.224
	189	0	38.35	18.16	0	0.31	0.22	H	0.292	0.022	0	0
	190	0	38.47	18.16	0	0.12	0	G	0.272	0.023	0	0
	191	0	38.96	18.16	0	0.49	0	L	0.26	0.023	0	0
	192	0	39.27	18.16	0	0.31	0	P	0.233	0.054	0	0
	193	0	39.38	18.16	0	0.12	0	V	0.202	0.054	0	0
	194	0	39.61	18.16	0	0.23	0	S	0.212	0.054	0	0
	195	0	39.73	18.16	0	0.12	0	A	0.189	0.054	0	0
	196	0	39.94	18.16	0	0.21	0	R	0.177	0.054	0	0
	197	0	40.46	18.16	0	0.52	0	L	0.156	0.066	0	0
	198	0	40.94	18.16	0	0.49	0	G	0.116	0.066	0	0
	199	0	41.05	18.39	0	0.11	0.23	Q	0.067	0.066	0.362	-0.362
	200	0	41.05	18.39	0	0	0	E	0.087	0.043	0	0
	201	0	41.27	18.7	0	0.22	0.31	I	0.099	0.043	0.466	-0.466
	202	0	41.27	18.7	0	0	0	L	0.099	0.012	0	0
	203	0	41.49	18.7	0	0.22	0	L	0.111	0.012	0	0
	204	0	41.49	18.7	0	0	0	G	0.089	0.012	0	0
	205	0	41.49	18.7	0	0	0	P	0.089	0.012	0	0
	206	0	41.49	18.81	0	0	0.12	A	0.099	0.08	0.224	-0.224
	207	0	41.61	18.81	0	0.12	0	D	0.121	0.068	0	0
	208	0	41.61	18.81	0	0	0	G	0.121111111	0.075555556	0	0
	209	0	41.92	18.81	0	0.31	0	Y	0.13625	0.085	0	0
	210	0	42.04	18.81	0	0.12	0	T	0.111428571	0.097142857	0	0
	211	0	42.26	18.81	0	0.22	0	S	0.11	0.113333333	0	0
	212	0	42.38	18.81	0	0.12	0	K	0.088	0.136	0	0
	213	0	42.38	18.81	0	0	0	G	0.08	0.17	0	0
	214	0	42.38	18.81	0	0	0	W	0.106666667	0.226666667	0	0
	215	0	42.48	19.49	0	0.1	0.68	K	0.16	0.34	0	0
	216	0	42.7	19.49	0	0.22	0	L	0.22	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov