HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	216						
#k	The	average	behavior	for	231	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.03	0.76	0	0.03	0.76	L	0.323	0.378	0.536	-0.536
	2	0	0.5	0.85	0	0.48	0.09	D	0.352	0.398	0.185	-0.185
	3	0	0.83	1.28	0	0.33	0.43	A	0.348	0.46	0.663	-0.663
	4	0	1.22	1.79	0	0.39	0.52	A	0.365	0.456	0.93	-0.93
	5	0	1.52	2.39	0	0.31	0.6	E	0.413	0.404	0.816	-0.816
	6	0	1.71	2.81	0	0.19	0.42	Q	0.409	0.433	0.586	-0.586
	7	0	2.29	2.81	0	0.57	0	G	0.443	0.449	0	0
	8	0	2.53	3.05	0	0.25	0.25	Q	0.441	0.449	0.398	-0.398
	9	0	2.81	3.76	0	0.28	0.71	I	0.442	0.455	1.06	-1.06
	10	0	3.21	3.76	0	0.4	0	G	0.43	0.431	0	0
	11	0	3.53	4.73	0	0.32	0.96	M	0.427	0.431	1.151	-1.151
	12	0	3.96	5.44	0	0.44	0.71	A	0.427	0.335	0.956	-0.956
	13	0	4.46	5.83	0	0.5	0.39	L	0.428	0.273	0.398	-0.398
	14	0	5.33	5.83	0	0.87	0	L	0.387	0.243	0	0
	15	0	5.6	6.72	0	0.27	0.89	I	0.332	0.243	1.083	-1.083
	16	0	6.13	7.3	0	0.53	0.58	A	0.357	0.205	0.752	-0.752
	17	0	6.68	7.3	0	0.55	0	I	0.335	0.147	0.185	-0.185
	18	0	6.94	7.61	0	0.26	0.31	T	0.297	0.147	0.474	-0.474
	19	0	7.1	8.07	0	0.16	0.47	A	0.296	0.167	0.925	-0.925
	20	0	7.47	8.07	0	0.37	0	F	0.325	0.12	0	0
	21	0	7.79	8.07	0	0.32	0	T	0.327	0.129	0	0
	22	0	8.25	8.16	0	0.45	0.09	I	0.312	0.147	0.185	-0.185
	23	0	8.34	8.26	0	0.09	0.09	T	0.312	0.157	0.185	-0.185
	24	0	8.66	8.26	0	0.32	0	P	0.351	0.229	0	0
	25	0	9.18	8.76	0	0.52	0.51	A	0.37	0.254	0.677	-0.677
	26	0	9.49	8.76	0	0.31	0	Y	0.318	0.203	0	0
	27	0	9.66	8.76	0	0.17	0	K	0.287	0.203	0	0
	28	0	9.91	9.27	0	0.25	0.51	I	0.326	0.221	0.677	-0.677
	29	0	10.36	9.27	0	0.45	0	L	0.31	0.201	0	0
	30	0	10.76	9.36	0	0.39	0.09	L	0.296	0.201	0.185	-0.185
	31	0	10.93	9.54	0	0.17	0.18	S	0.295	0.259	0.368	-0.368
	32	0	11.37	9.73	0	0.45	0.19	R	0.287	0.241	0.305	-0.305
	33	0	11.86	10.54	0	0.48	0.81	C	0.259	0.296	0.916	-0.916
	34	0	12.36	10.79	0	0.51	0.25	L	0.252	0.225	0.398	-0.398
	35	0	12.36	10.79	0	0	0	W	0.226	0.245	0	0
	36	0	12.36	10.79	0	0	0	W	0.274	0.245	0	0
	37	0	12.92	10.97	0	0.56	0.18	T	0.299	0.262	0.185	-0.185
	38	0	13.01	11.28	0	0.09	0.31	C	0.245	0.312	0.474	-0.474
	39	0	13.33	11.28	0	0.31	0	Y	0.281	0.333	0	0
	40	0	13.7	11.96	0	0.38	0.67	M	0.275	0.333	0.823	-0.823
	41	0	13.79	11.96	0	0.09	0	L	0.273	0.316	0	0
	42	0	13.97	12.69	0	0.17	0.74	V	0.264	0.316	0.536	-0.536
	43	0	14.38	12.79	0	0.41	0.1	L	0.287	0.303	0.185	-0.185
	44	0	14.62	13.25	0	0.25	0.45	A	0.278	0.293	0.625	-0.625
	45	0	15.11	13.25	0	0.48	0	E	0.285	0.293	0	0
	46	0	15.36	13.42	0	0.25	0.17	A	0.24	0.353	0.305	-0.305
	47	0	15.38	14.09	0	0.02	0.68	L	0.224	0.359	0.775	-0.775
	48	0	15.83	14.61	0	0.45	0.52	I	0.267	0.328	0.689	-0.689
	49	0	16.08	14.61	0	0.25	0	Q	0.281	0.286	0	0
	50	0	16.44	15.11	0	0.36	0.5	D	0.317	0.286	0.775	-0.775
	51	0	16.44	15.11	0	0	0	W	0.306	0.236	0	0
	52	0	16.84	15.73	0	0.4	0.61	I	0.362	0.236	0.845	-0.845
	53	0	17.17	15.73	0	0.32	0	P	0.353	0.175	0	0
	54	0	17.49	16.18	0	0.32	0.45	P	0.352	0.175	0.625	-0.625
	55	0	17.52	16.78	0	0.03	0.6	L	0.329	0.139	0.709	-0.709
	56	0	17.6	17.02	0	0.09	0.23	Q	0.367	0.1	0.576	-0.576
	57	0	18.05	17.38	0	0.45	0.37	A	0.358	0.077	0.536	-0.536
	58	0	18.64	17.48	0	0.59	0.1	R	0.345	0.071	0.185	-0.185
	59	0	19.25	17.48	0	0.61	0	G	0.321	0.106	0	0
	60	0	19.5	17.48	0	0.25	0	G	0.277	0.167	0	0
	61	0	20.06	17.48	0	0.56	0	R	0.274	0.192	0	0
	62	0	20.37	17.48	0	0.31	0	D	0.263	0.229	0	0
	63	0	20.68	17.48	0	0.31	0	G	0.241	0.285	0	0
	64	0	20.77	17.57	0	0.09	0.09	V	0.235	0.285	0.185	-0.185
	65	0	21.18	17.78	0	0.41	0.21	I	0.282	0.31	0.185	-0.185
	66	0	21.18	17.78	0	0	0	W	0.295	0.331	0	0
	67	0	21.51	18.1	0	0.32	0.31	A	0.304	0.34	0.474	-0.474
	68	0	21.86	18.55	0	0.35	0.45	M	0.281	0.309	0.576	-0.576
	69	0	22.03	19.16	0	0.17	0.61	T	0.254	0.289	0.689	-0.689
	70	0	22.25	19.41	0	0.22	0.25	M	0.269	0.253	0.398	-0.398
	71	0	22.7	19.78	0	0.45	0.37	F	0.272	0.228	0.536	-0.536
	72	0	22.79	20.34	0	0.09	0.56	Y	0.25	0.2	0.474	-0.474
	73	0	23.04	20.34	0	0.25	0	P	0.241	0.144	0	0
	74	0	23.6	20.68	0	0.56	0.34	G	0.279	0.173	0.398	-0.398
	75	0	24.13	21.09	0	0.54	0.42	V	0.306	0.139	0.76	-0.76
	76	0	24.23	21.18	0	0.09	0.09	V	0.283	0.097	0.185	-0.185
	77	0	24.32	21.18	0	0.09	0	F	0.297	0.182	0	0
	78	0	24.39	21.43	0	0.08	0.25	D	0.329	0.198	0.398	-0.398
	79	0	24.72	21.68	0	0.32	0.25	I	0.338	0.173	0.398	-0.398
	80	0	24.97	21.68	0	0.25	0	T	0.331	0.173	0	0
	81	0	25.2	21.77	0	0.23	0.09	K	0.348	0.234	0	0
	82	0	25.2	21.77	0	0	0	W	0.373	0.234	0	0
	83	0	25.83	22.06	0	0.63	0.29	L	0.382	0.234	0	0
	84	0	26.66	22.06	0	0.83	0	L	0.387	0.216	0	0
	85	0	26.97	22.06	0	0.31	0	A	0.33	0.248	0	0
	86	0	27.2	23	0	0.23	0.94	I	0.333	0.336	1.151	-1.151
	87	0	27.61	23.16	0	0.41	0.16	L	0.341	0.276	0.185	-0.185
	88	0	27.78	23.16	0	0.17	0	G	0.358	0.276	0	0
	89	0	28.03	23.41	0	0.25	0.25	P	0.389	0.336	0.398	-0.398
	90	0	28.44	24.02	0	0.42	0.61	G	0.427	0.345	0.845	-0.845
	91	0	28.93	24.11	0	0.48	0.09	Y	0.39	0.331	0.185	-0.185
	92	0	29.02	24.11	0	0.09	0	L	0.398	0.322	0	0
	93	0	29.69	24.22	0	0.68	0.11	F	0.441	0.322	0.185	-0.185
	94	0	29.95	24.54	0	0.26	0.32	R	0.398	0.311	0	0
	95	0	30.29	25.42	0	0.34	0.88	A	0.404	0.279	1.19	-1.19
	96	0	30.6	25.76	0	0.31	0.34	A	0.412	0.191	0.474	-0.474
	97	0	31.18	25.92	0	0.58	0.16	V	0.421	0.157	0.185	-0.185
	98	0	31.66	26.52	0	0.48	0.6	M	0.372	0.159	0.576	-0.576
	99	0	32.29	26.86	0	0.63	0.34	R	0.333	0.099	0	0
	100	0	32.34	27.33	0	0.05	0.47	T	0.296	0.065	0.485	-0.485
	101	0	32.9	27.33	0	0.56	0	P	0.341	0.031	0	0
	102	0	33.41	27.33	0	0.52	0	Y	0.343	0.031	0	0
	103	0	33.66	27.33	0	0.25	0	F	0.298	0.092	0	0
	104	0	33.99	27.33	0	0.32	0	V	0.31	0.092	0	0
	105	0	34.4	27.33	0	0.42	0	R	0.339	0.117	0	0
	106	0	34.8	27.33	0	0.4	0	A	0.307	0.189	0	0
	107	0	34.89	27.51	0	0.09	0.18	N	0.292	0.206	0.185	-0.185
	108	0	34.98	27.51	0	0.09	0	A	0.314	0.225	0	0
	109	0	35.24	27.52	0	0.26	0	L	0.345	0.26	0	0
	110	0	35.74	27.64	0	0.5	0.13	L	0.336	0.26	0.185	-0.185
	111	0	36.32	27.64	0	0.58	0	R	0.311	0.256	0	0
	112	0	36.39	28.25	0	0.07	0.61	M	0.285	0.256	0.485	-0.485
	113	0	36.76	28.25	0	0.37	0	C	0.295	0.22	0	0
	114	0	37.36	28.5	0	0.61	0.25	A	0.258	0.268	0.398	-0.398
	115	0	37.47	29.22	0	0.1	0.72	L	0.234	0.243	1.046	-1.046
	116	0	37.72	29.4	0	0.25	0.17	V	0.233	0.188	0.305	-0.305
	117	0	38.03	29.76	0	0.31	0.37	K	0.217	0.171	0	0
	118	0	38.43	30.12	0	0.4	0.35	Q	0.191	0.156	0.305	-0.305
	119	0	38.6	30.12	0	0.17	0	L	0.16	0.19	0	0
	120	0	38.85	30.21	0	0.25	0.09	A	0.22	0.19	0.185	-0.185
	121	0	39.17	30.21	0	0.32	0	G	0.25	0.228	0	0
	122	0	39.35	30.45	0	0.17	0.25	G	0.227	0.265	0.398	-0.398
	123	0	39.35	30.94	0	0	0.48	K	0.226	0.282	0	0
	124	0	39.72	30.94	0	0.37	0	Y	0.274	0.234	0	0
	125	0	39.81	31.11	0	0.09	0.17	V	0.274	0.251	0.305	-0.305
	126	0	39.9	31.11	0	0.09	0	Q	0.265	0.234	0	0
	127	0	39.95	31.33	0	0.05	0.22	V	0.313	0.243	0	0
	128	0	40.03	32.02	0	0.09	0.69	A	0.308	0.221	0.689	-0.689
	129	0	40.8	32.02	0	0.77	0	L	0.332	0.152	0	0
	130	0	41.35	32.49	0	0.55	0.47	I	0.264	0.152	0.474	-0.474
	131	0	41.44	32.86	0	0.09	0.37	T	0.218	0.105	0.536	-0.536
	132	0	41.6	33.28	0	0.16	0.42	L	0.218	0.068	0.663	-0.663
	133	0	42.08	33.28	0	0.48	0	G	0.227	0.026	0	0
	134	0	42.45	33.45	0	0.37	0.17	K	0.21	0.026	0	0
	135	0	42.45	33.45	0	0	0	W	0.182	0.009	0	0
	136	0	43.02	33.54	0	0.57	0.09	T	0.199	0.067	0.185	-0.185
	137	0	43.02	33.54	0	0	0	G	0.181	0.058	0	0
	138	0	43.34	33.54	0	0.33	0	T	0.19	0.091	0	0
	139	0	43.43	33.54	0	0.09	0	Y	0.199	0.091	0	0
	140	0	43.53	33.54	0	0.09	0	I	0.232	0.148	0	0
	141	0	43.62	33.54	0	0.09	0	Y	0.223	0.148	0	0
	142	0	43.86	33.54	0	0.25	0	D	0.254	0.148	0	0
	143	0	44.18	33.54	0	0.31	0	H	0.28	0.148	0	0
	144	0	44.27	33.54	0	0.09	0	L	0.293	0.25	0	0
	145	0	44.43	34.12	0	0.17	0.58	S	0.316	0.25	0.792	-0.792
	146	0	44.82	34.12	0	0.39	0	P	0.341	0.192	0	0
	147	0	44.91	34.45	0	0.09	0.33	M	0.334	0.192	0.398	-0.398
	148	0	45.33	34.45	0	0.42	0	S	0.325	0.159	0	0
	149	0	45.74	35.02	0	0.42	0.57	D	0.348	0.165	0.576	-0.576
	150	0	45.74	35.02	0	0	0	W	0.331	0.108	0	0
	151	0	46.14	35.02	0	0.4	0	A	0.363	0.117	0	0
	152	0	46.65	35.02	0	0.51	0	A	0.38	0.117	0	0
	153	0	47.09	36.04	0	0.44	1.02	D	0.361	0.117	0.398	-0.398
	154	0	47.41	36.04	0	0.32	0	G	0.342	0.015	0	0
	155	0	47.83	36.04	0	0.42	0	L	0.349	0.015	0	0
	156	0	48.16	36.04	0	0.32	0	R	0.332	0.048	0	0
	157	0	48.16	36.04	0	0	0	D	0.321	0.096	0	0
	158	0	48.8	36.11	0	0.65	0.06	L	0.33	0.096	0	0
	159	0	49.05	36.11	0	0.25	0	A	0.31	0.09	0	0
	160	0	49.37	36.2	0	0.32	0.09	V	0.322	0.09	0.185	-0.185
	161	0	49.94	36.2	0	0.57	0	A	0.29	0.081	0	0
	162	0	50.26	36.2	0	0.32	0	V	0.233	0.081	0	0
	163	0	50.51	36.2	0	0.25	0	E	0.218	0.09	0	0
	164	0	50.9	36.2	0	0.39	0	P	0.238	0.09	0	0
	165	0	51.15	36.53	0	0.25	0.33	I	0.208	0.09	0.398	-0.398
	166	0	51.36	37.01	0	0.21	0.48	V	0.214	0.057	0.536	-0.536
	167	0	51.45	37.01	0	0.09	0	F	0.236	0.043	0	0
	168	0	51.91	37.01	0	0.45	0	S	0.227	0.043	0	0
	169	0	52.27	37.01	0	0.37	0	P	0.227	0.043	0	0
	170	0	52.27	37.01	0	0	0	M	0.241	0.043	0	0
	171	0	52.27	37.01	0	0	0	E	0.241	0.043	0	0
	172	0	52.45	37.1	0	0.17	0.09	R	0.289	0.052	0	0
	173	0	52.9	37.1	0	0.45	0	K	0.339	0.077	0	0
	174	0	52.99	37.1	0	0.09	0	V	0.339	0.077	0	0
	175	0	53.3	37.1	0	0.31	0	I	0.378	0.077	0	0
	176	0	53.74	37.44	0	0.43	0.34	V	0.386	0.077	0.485	-0.485
	177	0	53.74	37.44	0	0	0	W	0.368	0.043	0	0
	178	0	54.19	37.44	0	0.45	0	G	0.4	0.06	0	0
	179	0	54.7	37.44	0	0.51	0	A	0.429	0.07	0	0
	180	0	54.7	37.44	0	0	0	E	0.42	0.087	0	0
	181	0	55.18	37.53	0	0.48	0.09	T	0.465	0.087	0.185	-0.185
	182	0	55.85	37.87	0	0.67	0.34	T	0.473	0.078	0.576	-0.576
	183	0	56.3	37.87	0	0.45	0	A	0.457	0.044	0	0
	184	0	56.79	37.87	0	0.48	0	C	0.458	0.044	0	0
	185	0	57.18	37.87	0	0.39	0	G	0.436	0.044	0	0
	186	0	57.43	37.87	0	0.25	0	D	0.429	0.044	0	0
	187	0	57.75	38.04	0	0.32	0.17	I	0.471	0.045	0.305	-0.305
	188	0	58.49	38.14	0	0.74	0.1	I	0.505	0.035	0.368	-0.368
	189	0	58.91	38.31	0	0.42	0.17	H	0.476	0.025	0	0
	190	0	59.36	38.31	0	0.45	0	G	0.479	0.043	0	0
	191	0	59.92	38.31	0	0.56	0	L	0.443	0.043	0	0
	192	0	60.43	38.31	0	0.51	0	P	0.428	0.095	0	0
	193	0	60.89	38.31	0	0.46	0	V	0.414	0.095	0	0
	194	0	61.14	38.31	0	0.26	0	S	0.418	0.095	0	0
	195	0	61.47	38.31	0	0.32	0	A	0.392	0.095	0	0
	196	0	62.14	38.32	0	0.67	0.01	R	0.391	0.095	0	0
	197	0	62.8	38.4	0	0.66	0.07	L	0.356	0.103	0	0
	198	0	63.26	38.4	0	0.45	0	G	0.315	0.096	0	0
	199	0	63.71	38.74	0	0.45	0.35	Q	0.283	0.119	0.474	-0.474
	200	0	63.8	38.74	0	0.09	0	E	0.263	0.084	0	0
	201	0	64.21	39.26	0	0.41	0.52	V	0.271	0.084	0.655	-0.655
	202	0	64.57	39.26	0	0.37	0	L	0.262	0.032	0	0
	203	0	65.07	39.26	0	0.5	0	L	0.242	0.032	0	0
	204	0	65.07	39.26	0	0	0	G	0.192	0.032	0	0
	205	0	65.38	39.26	0	0.31	0	P	0.192	0.032	0	0
	206	0	65.71	39.35	0	0.32	0.09	A	0.184	0.102	0.185	-0.185
	207	0	65.95	39.35	0	0.25	0	D	0.189	0.093	0	0
	208	0	66.09	39.58	0	0.13	0.23	G	0.182222222	0.103333333	0.368	-0.368
	209	0	66.33	39.58	0	0.25	0	Y	0.18875	0.0875	0	0
	210	0	66.51	39.58	0	0.17	0	T	0.18	0.1	0	0
	211	0	66.83	39.58	0	0.32	0	S	0.181666667	0.116666667	0	0
	212	0	67	39.58	0	0.17	0	K	0.154	0.14	0	0
	213	0	67	39.58	0	0	0	G	0.15	0.175	0	0
	214	0	67	39.58	0	0	0	W	0.2	0.233333333	0	0
	215	0	67.23	40.28	0	0.23	0.7	R	0.3	0.35	0	0
	216	0	67.6	40.28	0	0.37	0	L	0.37	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov