HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	216						
#k	The	average	behavior	for	3403	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0.18	0	0	0.18	M	0.17	0.06	0.353	-0.353
	2	0	0.07	0.27	0	0.07	0.09	D	0.182	0.042	0.22	-0.22
	3	0	0.28	0.32	0	0.21	0.05	R	0.184	0.074	0.13	-0.13
	4	0	0.35	0.37	0	0.07	0.05	E	0.19	0.069	0.114	-0.114
	5	0	0.35	0.46	0	0	0.09	M	0.233	0.082	0	0
	6	0	0.7	0.51	0	0.35	0.05	A	0.25	0.13	0.13	-0.13
	7	0	0.8	0.56	0	0.09	0.05	A	0.231	0.125	0.114	-0.114
	8	0	1.17	0.56	0	0.37	0	S	0.255	0.12	0	0
	9	0	1.47	0.58	0	0.3	0.02	C	0.232	0.195	0.065	-0.065
	10	0	1.7	0.61	0	0.24	0.02	G	0.221	0.23	0.065	-0.065
	11	0	1.82	0.61	0	0.12	0	G	0.229	0.228	0	0
	12	0	1.91	1.01	0	0.09	0.41	A	0.237	0.228	0.725	-0.725
	13	0	2.19	1.01	0	0.27	0	V	0.253	0.189	0	0
	14	0	2.69	1.19	0	0.5	0.18	F	0.242	0.189	0.317	-0.317
	15	0	2.85	1.76	0	0.17	0.57	V	0.206	0.171	0.837	-0.837
	16	0	3.01	1.76	0	0.16	0	G	0.194	0.165	0	0
	17	0	3.34	1.76	0	0.33	0	L	0.224	0.167	0	0
	18	0	3.48	2.51	0	0.14	0.75	V	0.225	0.167	0.916	-0.916
	19	0	3.68	2.88	0	0.19	0.37	L	0.23	0.128	0.583	-0.583
	20	0	3.99	2.88	0	0.32	0	L	0.222	0.107	0	0
	21	0	4.19	2.88	0	0.2	0	T	0.202	0.107	0	0
	22	0	4.43	2.91	0	0.25	0.02	L	0.226	0.112	0.065	-0.065
	23	0	4.59	2.91	0	0.16	0	S	0.215	0.137	0	0
	24	0	4.73	2.91	0	0.14	0	P	0.208	0.146	0	0
	25	0	4.78	3.41	0	0.05	0.51	H	0.199	0.155	0	0
	26	0.02	5.24	3.43	0.02	0.46	0.02	Y	0.194	0.104	0.13	-0.13
	27	0.05	5.58	3.43	0.02	0.34	0	K	0.148	0.104	0.065	-0.065
	28	0.05	5.77	3.79	0	0.19	0.36	T	0.167	0.114	0.632	-0.632
	29	0.05	5.89	3.95	0	0.11	0.16	F	0.171	0.078	0.37	-0.37
	30	0.05	6	3.95	0	0.12	0	L	0.203	0.062	0	0
	31	0.05	6.44	4	0	0.44	0.05	A	0.233	0.104	0.114	-0.114
	32	0.05	6.58	4.28	0	0.14	0.27	K	0.191	0.122	0	0
	33	0.05	6.67	4.37	0	0.09	0.09	L	0.191	0.1	0.22	-0.22
	34	0.05	6.72	4.46	0	0.05	0.09	I	0.232	0.102	0.22	-0.22
	35	0.05	6.72	4.46	0	0	0	W	0.249	0.105	0	0
	36	0.05	6.72	4.49	0	0	0.02	W	0.269	0.105	0	0
	37	0.05	7.24	4.58	0	0.53	0.1	L	0.283	0.103	0.193	-0.193
	38	0.05	7.48	4.58	0	0.23	0	Q	0.264	0.15	0	0
	39	0.05	7.9	4.58	0	0.43	0	Y	0.278	0.157	0	0
	40	0.05	8.32	5	0	0.42	0.42	F	0.246	0.188	0.627	-0.627
	41	0.05	8.35	5.24	0	0.02	0.23	I	0.212	0.154	0.482	-0.482
	42	0.05	8.48	5.28	0	0.14	0.05	T	0.21	0.133	0.114	-0.114
	43	0.05	8.98	5.39	0	0.5	0.11	R	0.214	0.185	0.155	-0.155
	44	0.05	9.2	5.51	0	0.22	0.12	A	0.175	0.174	0.268	-0.268
	45	0.05	9.4	5.51	0	0.2	0	E	0.203	0.162	0	0
	46	0.05	9.53	5.51	0	0.14	0	A	0.203	0.162	0	0
	47	0.05	9.87	6.08	0	0.34	0.57	Y	0.209	0.164	0.766	-0.766
	48	0.05	10.24	6.15	0	0.37	0.07	L	0.214	0.129	0.155	-0.155
	49	0.05	10.36	6.46	0	0.11	0.31	Q	0.199	0.122	0.518	-0.518
	50	0.05	10.44	6.55	0	0.08	0.08	V	0.237	0.091	0.065	-0.065
	51	0.05	10.44	6.57	0	0	0.02	W	0.249	0.083	0	0
	52	0.05	10.61	7.13	0	0.18	0.57	I	0.274	0.081	0.863	-0.863
	53	0.05	10.73	7.13	0	0.11	0	P	0.274	0.026	0	0
	54	0.05	11.23	7.13	0	0.5	0	P	0.268	0.026	0	0
	55	0.05	11.42	7.13	0	0.2	0	L	0.22	0.033	0	0
	56	0.05	11.62	7.16	0	0.2	0.02	N	0.207	0.033	0	0
	57	0.05	12.01	7.38	0	0.39	0.22	V	0.205	0.036	0.407	-0.407
	58	0.05	12.24	7.38	0	0.22	0	R	0.175	0.016	0	0
	59	0.07	12.73	7.38	0.02	0.49	0	G	0.183	0.074	0.065	-0.065
	60	0.07	12.93	7.38	0	0.2	0	G	0.184	0.074	0	0
	61	0.07	13.19	7.38	0	0.25	0	R	0.189	0.107	0	0
	62	0.07	13.36	7.4	0	0.18	0.02	D	0.173	0.154	0	0
	63	0.07	13.41	7.4	0	0.05	0	A	0.189	0.16	0	0
	64	0.07	13.44	7.47	0	0.02	0.07	I	0.202	0.178	0.155	-0.155
	65	0.07	13.51	7.47	0	0.07	0	I	0.202	0.185	0	0
	66	0.07	13.68	7.52	0	0.18	0.05	L	0.228	0.192	0.13	-0.13
	67	0.07	13.77	7.55	0	0.09	0.02	L	0.252	0.199	0.065	-0.065
	68	0.07	14.08	8.13	0	0.3	0.58	T	0.248	0.199	0.793	-0.793
	69	0.07	14.58	8.13	0	0.5	0	C	0.231	0.189	0	0
	70	0.07	14.83	8.45	0	0.25	0.33	V	0.186	0.191	0.472	-0.472
	71	0.07	14.92	8.92	0	0.09	0.47	V	0.168	0.16	0.854	-0.854
	72	0.07	15.26	9.01	0	0.34	0.08	H	0.192	0.115	0	0
	73	0.07	15.44	9.18	0	0.18	0.18	P	0.195	0.165	0.317	-0.317
	74	0.07	15.47	9.32	0	0.02	0.14	E	0.23	0.151	0.292	-0.292
	75	0.07	15.79	9.39	0	0.33	0.07	L	0.249	0.149	0.114	-0.114
	76	0.07	16.21	9.51	0	0.42	0.12	T	0.225	0.154	0.258	-0.258
	77	0.07	16.26	9.54	0	0.05	0.02	F	0.199	0.172	0.065	-0.065
	78	0.07	16.38	10.02	0	0.13	0.48	E	0.227	0.208	0.625	-0.625
	79	0.07	16.43	10.04	0	0.05	0.02	I	0.256	0.16	0.065	-0.065
	80	0.07	16.5	10.07	0	0.07	0.02	T	0.272	0.158	0.065	-0.065
	81	0.07	16.83	10.09	0	0.33	0.02	K	0.281	0.172	0	0
	82	0.07	17.2	10.67	0	0.37	0.58	I	0.252	0.205	0.89	-0.89
	83	0.07	17.73	10.71	0	0.53	0.04	L	0.226	0.165	0.065	-0.065
	84	0.07	17.95	10.82	0	0.21	0.12	L	0.184	0.175	0.268	-0.268
	85	0.07	18.04	10.94	0	0.09	0.12	A	0.186	0.168	0.258	-0.258
	86	0.07	18.2	11.25	0	0.16	0.3	I	0.217	0.163	0.449	-0.449
	87	0.07	18.53	11.62	0	0.33	0.38	F	0.219	0.17	0.538	-0.538
	88	0.07	18.95	11.62	0	0.42	0	G	0.193	0.178	0	0
	89	0.07	19.17	11.62	0	0.21	0	P	0.205	0.229	0	0
	90	0.07	19.33	11.78	0	0.16	0.16	L	0.23	0.279	0.37	-0.37
	91	0.07	19.37	12.13	0	0.04	0.35	M	0.217	0.291	0.435	-0.435
	92	0.07	19.48	12.32	0	0.11	0.18	V	0.22	0.256	0.114	-0.114
	93	0.07	19.59	12.45	0	0.11	0.14	L	0.209	0.24	0.26	-0.26
	94	0.07	19.82	12.5	0	0.23	0.05	Q	0.242	0.226	0.13	-0.13
	95	0.07	20.22	12.57	0	0.4	0.07	A	0.266	0.221	0.178	-0.178
	96	0.07	20.4	12.94	0	0.18	0.37	G	0.244	0.219	0.602	-0.602
	97	0.07	20.47	13.4	0	0.07	0.46	L	0.252	0.182	0.673	-0.673
	98	0.07	21.01	13.91	0	0.54	0.51	T	0.259	0.156	0.849	-0.849
	99	0.07	21.47	14.41	0	0.46	0.5	R	0.214	0.105	0.268	-0.268
	100	0.07	21.5	14.69	0	0.03	0.28	V	0.179	0.057	0.243	-0.243
	101	0.07	21.57	14.69	0	0.07	0	P	0.221	0.035	0	0
	102	0.07	21.57	14.72	0	0	0.02	Y	0.223	0.04	0	0
	103	0.07	22.02	14.72	0	0.44	0	F	0.266	0.065	0	0
	104	0.07	22.49	14.72	0	0.47	0	V	0.233	0.065	0	0
	105	0.07	22.67	14.76	0	0.18	0.05	R	0.186	0.077	0.114	-0.114
	106	0.07	22.93	14.76	0	0.26	0	A	0.24	0.072	0	0
	107	0.07	23.07	14.96	0	0.14	0.2	Q	0.214	0.088	0.343	-0.343
	108	0.07	23.17	14.96	0	0.09	0	G	0.207	0.07	0	0
	109	0.07	23.28	14.98	0	0.11	0.02	L	0.236	0.072	0.065	-0.065
	110	0.07	23.73	15.04	0	0.45	0.06	I	0.268	0.109	0.13	-0.13
	111	0.07	23.82	15.09	0	0.09	0.05	R	0.27	0.113	0	0
	112	0.07	24.26	15.36	0	0.43	0.27	V	0.275	0.108	0.432	-0.432
	113	0.07	24.37	15.36	0	0.11	0	C	0.273	0.083	0	0
	114	0.07	24.37	15.47	0	0	0.12	M	0.273	0.092	0.195	-0.195
	115	0.07	25.09	15.47	0	0.72	0	L	0.294	0.08	0	0
	116	0.07	25.09	15.64	0	0	0.16	V	0.243	0.118	0.347	-0.347
	117	0.07	25.16	15.66	0	0.07	0.02	R	0.254	0.102	0	0
	118	0.07	25.54	15.69	0	0.38	0.02	K	0.247	0.1	0.065	-0.065
	119	0.07	25.97	16.08	0	0.43	0.39	V	0.257	0.109	0.632	-0.632
	120	0.07	26.44	16.17	0	0.47	0.1	A	0.226	0.122	0.22	-0.22
	121	0.07	26.57	16.17	0	0.14	0	G	0.182	0.145	0	0
	122	0.07	26.98	16.2	0	0.41	0.02	D	0.182	0.163	0.065	-0.065
	123	0.07	27.09	16.29	0	0.11	0.09	H	0.166	0.161	0.193	-0.193
	124	0.07	27.3	16.29	0	0.21	0	Y	0.176	0.174	0	0
	125	0.07	27.52	16.67	0	0.21	0.38	V	0.206	0.179	0.753	-0.753
	126	0.07	27.63	16.67	0	0.11	0	Q	0.208	0.143	0	0
	127	0.07	27.63	16.67	0	0	0	M	0.242	0.15	0	0
	128	0.07	28.11	16.79	0	0.48	0.11	A	0.292	0.152	0.228	-0.228
	129	0.07	28.24	17.3	0	0.12	0.52	L	0.249	0.141	0.691	-0.691
	130	0.07	28.27	17.64	0	0.03	0.33	M	0.246	0.091	0	0
	131	0.07	28.4	17.82	0	0.14	0.18	K	0.285	0.082	0	0
	132	0.07	28.65	17.82	0	0.25	0	L	0.301	0.064	0	0
	133	0.07	28.87	18.04	0	0.21	0.22	A	0.278	0.094	0.407	-0.407
	134	0.07	29.37	18.09	0	0.51	0.05	A	0.28	0.072	0.13	-0.13
	135	0.07	29.6	18.11	0	0.23	0.02	L	0.277	0.067	0.065	-0.065
	136	0.07	30.05	18.18	0	0.45	0.07	T	0.303	0.081	0.178	-0.178
	137	0.07	30.55	18.21	0	0.5	0.02	G	0.303	0.074	0.065	-0.065
	138	0.07	30.6	18.21	0	0.05	0	T	0.269	0.072	0	0
	139	0.07	30.69	18.23	0	0.09	0.02	Y	0.278	0.122	0	0
	140	0.07	31.11	18.47	0	0.42	0.24	V	0.319	0.146	0.478	-0.478
	141	0.07	31.41	18.47	0	0.3	0	Y	0.277	0.124	0	0
	142	0.07	31.43	18.77	0	0.02	0.3	N	0.263	0.136	0	0
	143	0.07	31.67	18.77	0	0.23	0	H	0.291	0.113	0	0
	144	0.07	32.15	18.77	0	0.48	0	L	0.284	0.175	0	0
	145	0.07	32.64	18.93	0	0.49	0.16	T	0.241	0.184	0.289	-0.289
	146	0.07	33.09	18.93	0	0.45	0	P	0.256	0.168	0	0
	147	0.07	33.25	18.93	0	0.16	0	L	0.247	0.17	0	0
	148	0.07	33.39	19.43	0	0.14	0.5	R	0.242	0.175	0.72	-0.72
	149	0.07	33.89	19.69	0	0.5	0.26	D	0.268	0.125	0.065	-0.065
	150	0.07	33.89	19.71	0	0	0.02	W	0.241	0.111	0.065	-0.065
	151	0.07	34.05	19.83	0	0.16	0.12	A	0.263	0.114	0.22	-0.22
	152	0.07	34.35	19.9	0	0.3	0.07	H	0.276	0.102	0	0
	153	0.07	34.51	20.52	0	0.16	0.62	A	0.313	0.095	1.018	-1.018
	154	0.07	34.56	20.61	0	0.05	0.09	G	0.304	0.033	0.22	-0.22
	155	0.07	35.19	20.61	0	0.64	0	L	0.331	0.024	0	0
	156	0.07	35.55	20.64	0	0.36	0.02	R	0.312	0.024	0.065	-0.065
	157	0.07	35.67	20.69	0	0.11	0.05	D	0.296	0.046	0.13	-0.13
	158	0.07	36.07	20.69	0	0.4	0	L	0.306	0.041	0	0
	159	0.07	36.3	20.8	0	0.23	0.12	A	0.293	0.041	0.258	-0.258
	160	0.07	36.52	20.85	0	0.22	0.05	V	0.281	0.043	0.114	-0.114
	161	0.07	36.81	20.85	0	0.29	0	A	0.259	0.038	0	0
	162	0.07	37.48	20.85	0	0.67	0	V	0.25	0.038	0	0
	163	0.07	37.55	20.85	0	0.07	0	E	0.21	0.045	0	0
	164	0.07	37.87	20.85	0	0.32	0	P	0.214	0.045	0	0
	165	0.07	38.32	20.85	0	0.45	0	V	0.193	0.072	0	0
	166	0.07	38.52	21.09	0	0.2	0.24	V	0.159	0.074	0.432	-0.432
	167	0.07	38.73	21.09	0	0.21	0	F	0.157	0.05	0	0
	168	0.07	39.01	21.09	0	0.27	0	S	0.136	0.05	0	0
	169	0.07	39.12	21.22	0	0.11	0.14	D	0.123	0.05	0.26	-0.26
	170	0.07	39.12	21.22	0	0	0	M	0.144	0.038	0	0
	171	0.07	39.32	21.22	0	0.2	0	E	0.155	0.04	0	0
	172	0.07	39.58	21.29	0	0.27	0.07	T	0.164	0.04	0.155	-0.155
	173	0.07	39.7	21.29	0	0.11	0	K	0.175	0.033	0	0
	174	0.07	39.81	21.56	0	0.11	0.27	I	0.18	0.038	0.477	-0.477
	175	0.07	39.93	21.59	0	0.11	0.02	I	0.187	0.011	0.065	-0.065
	176	0.07	40.11	21.59	0	0.18	0	T	0.196	0.011	0	0
	177	0.07	40.11	21.59	0	0	0	W	0.192	0.013	0	0
	178	0.07	40.25	21.59	0	0.14	0	G	0.203	0.018	0	0
	179	0.07	40.57	21.61	0	0.32	0.02	A	0.21	0.02	0.065	-0.065
	180	0.07	40.68	21.64	0	0.11	0.02	D	0.198	0.081	0.065	-0.065
	181	0.07	40.97	21.64	0	0.29	0	T	0.239	0.084	0	0
	182	0.07	41.35	21.64	0	0.38	0	A	0.282	0.095	0	0
	183	0.07	41.51	21.68	0	0.16	0.05	A	0.281	0.102	0.13	-0.13
	184	0.07	41.68	21.68	0	0.18	0	C	0.283	0.104	0	0
	185	0.07	41.88	21.71	0	0.2	0.02	G	0.272	0.104	0.065	-0.065
	186	0.07	42.02	21.73	0	0.14	0.02	D	0.268	0.102	0	0
	187	0.07	42.13	21.78	0	0.11	0.05	I	0.282	0.1	0.13	-0.13
	188	0.07	42.35	21.8	0	0.21	0.02	I	0.28	0.097	0.065	-0.065
	189	0.07	42.55	22.43	0	0.2	0.63	S	0.312	0.097	0.841	-0.841
	190	0.07	43.07	22.48	0	0.52	0.05	G	0.296	0.083	0.142	-0.142
	191	0.07	43.79	22.59	0	0.72	0.11	L	0.249	0.078	0.142	-0.142
	192	0.07	44.15	22.66	0	0.37	0.07	P	0.189	0.076	0.207	-0.207
	193	0.07	44.33	22.74	0	0.18	0.07	V	0.201	0.089	0.077	-0.077
	194	0.07	44.4	22.74	0	0.07	0	S	0.224	0.083	0.012	-0.012
	195	0.07	44.56	22.74	0	0.16	0	A	0.253	0.083	0.012	-0.012
	196	0.07	44.84	22.74	0	0.28	0	R	0.276	0.083	0.012	-0.012
	197	0.07	44.93	22.76	0	0.09	0.02	R	0.272	0.083	0.012	-0.012
	198	0.07	45.46	22.78	0	0.53	0.02	G	0.307	0.081	0.077	-0.077
	199	0.07	45.5	23.27	0	0.04	0.49	R	0.281	0.113	0.012	-0.012
	200	0.07	45.55	23.27	0	0.05	0	E	0.293	0.12	0.012	-0.012
	201	0.07	45.67	23.37	0	0.12	0.09	I	0.324	0.17	0.142	-0.142
	202	0.07	46.16	23.57	0	0.49	0.2	L	0.333	0.203	0.411	-0.411
	203	0.07	46.57	23.58	0	0.41	0.01	L	0.312	0.203	0.012	-0.012
	204	0.07	46.93	23.58	0	0.36	0	G	0.3	0.202	0.012	-0.012
	205	0.07	47.32	23.58	0	0.39	0	P	0.264	0.204	0.012	-0.012
	206	0.07	47.56	23.58	0	0.24	0	A	0.259	0.204	0.012	-0.012
	207	0.07	48	23.58	0	0.44	0	D	0.244	0.204	0.012	-0.012
	208	0.07	48.27	23.92	0	0.27	0.34	S	0.222222222	0.226666667	0.271	-0.271
	209	0.07	48.43	24.48	0	0.16	0.56	F	0.21625	0.2125	0.858	-0.858
	210	0.07	48.79	24.98	0	0.36	0.5	G	0.224285714	0.162857143	0.777	-0.777
	211	0.07	49	25.4	0	0.21	0.42	E	0.201666667	0.106666667	0.636	-0.636
	212	0.07	49.28	25.6	0	0.28	0.2	Q	0.2	0.044	0.328	-0.328
	213	0.07	49.57	25.6	0	0.29	0	G	0.18	0.005	0.012	-0.012
	214	0.07	49.57	25.63	0	0	0.02	W	0.143333333	0.006666667	0.077	-0.077
	215	0.07	49.91	25.63	0	0.34	0	R	0.215	0	0.012	-0.012
	216	0.07	50	25.63	0	0.09	0	L	0.09	0	0.012	-0.012



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov