HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	216						
#k	The	average	behavior	for	3741	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0.01	0.24	0	0.01	0.24	M	0.197	0.085	0.441	-0.441
	2	0	0.07	0.33	0	0.07	0.09	D	0.207	0.061	0.212	-0.212
	3	0	0.32	0.51	0	0.25	0.18	R	0.217	0.098	0.311	-0.311
	4	0	0.39	0.56	0	0.07	0.05	E	0.218	0.08	0.109	-0.109
	5	0	0.39	0.71	0	0	0.15	M	0.26	0.099	0	0
	6	0	0.78	0.75	0	0.39	0.05	A	0.284	0.139	0.125	-0.125
	7	0	0.95	0.8	0	0.17	0.05	A	0.268	0.134	0.109	-0.109
	8	0	1.31	0.8	0	0.36	0	S	0.297	0.129	0	0
	9	0	1.65	0.82	0	0.35	0.02	C	0.278	0.214	0.063	-0.063
	10	0	1.95	0.84	0	0.3	0.02	G	0.269	0.264	0.063	-0.063
	11	0	2.06	0.84	0	0.11	0	G	0.275	0.262	0	0
	12	0	2.24	1.3	0	0.17	0.46	A	0.288	0.262	0.815	-0.815
	13	0	2.5	1.3	0	0.26	0	V	0.302	0.218	0	0
	14	0	2.99	1.54	0	0.49	0.24	F	0.293	0.218	0.401	-0.401
	15	0	3.23	2.1	0	0.24	0.55	V	0.259	0.194	0.818	-0.818
	16	0	3.47	2.1	0	0.23	0	G	0.248	0.189	0	0
	17	0	3.93	2.1	0	0.46	0	L	0.273	0.191	0	0
	18	0	4.1	2.94	0	0.17	0.85	V	0.265	0.191	0.915	-0.915
	19	0	4.36	3.46	0	0.26	0.52	L	0.273	0.157	0.743	-0.743
	20	0	4.72	3.46	0	0.36	0	L	0.265	0.129	0	0
	21	0	4.96	3.46	0	0.24	0	T	0.24	0.138	0	0
	22	0	5.27	3.48	0	0.31	0.02	L	0.262	0.16	0.063	-0.063
	23	0	5.44	3.48	0	0.17	0	S	0.244	0.193	0	0
	24	0	5.59	3.48	0	0.15	0	P	0.236	0.219	0	0
	25	0	5.72	3.99	0	0.13	0.5	H	0.227	0.238	0	0
	26	0.02	6.2	4.01	0.02	0.48	0.02	Y	0.214	0.188	0.125	-0.125
	27	0.05	6.57	4.01	0.02	0.38	0	K	0.166	0.188	0.063	-0.063
	28	0.05	6.83	4.52	0	0.25	0.51	T	0.185	0.206	0.611	-0.611
	29	0.05	7.01	4.77	0	0.18	0.24	F	0.189	0.155	0.527	-0.527
	30	0.05	7.12	4.86	0	0.11	0.09	L	0.212	0.131	0.186	-0.186
	31	0.05	7.58	5.08	0	0.46	0.22	A	0.243	0.163	0.295	-0.295
	32	0.05	7.71	5.43	0	0.13	0.35	K	0.204	0.175	0	0
	33	0.05	7.8	5.69	0	0.09	0.26	L	0.204	0.145	0.397	-0.397
	34	0.05	7.85	5.88	0	0.06	0.19	I	0.244	0.129	0.397	-0.397
	35	0.05	7.85	5.88	0	0	0	W	0.267	0.13	0	0
	36	0.05	7.85	5.9	0	0	0.02	W	0.293	0.13	0	0
	37	0.05	8.42	6.08	0	0.57	0.18	L	0.306	0.128	0.186	-0.186
	38	0.05	8.71	6.08	0	0.29	0	Q	0.281	0.17	0	0
	39	0.05	9.12	6.08	0	0.41	0	Y	0.292	0.177	0	0
	40	0.05	9.54	6.48	0	0.42	0.41	F	0.262	0.213	0.612	-0.612
	41	0.05	9.61	6.82	0	0.07	0.34	I	0.228	0.18	0.575	-0.575
	42	0.05	9.74	6.87	0	0.13	0.05	T	0.221	0.148	0.109	-0.109
	43	0.05	10.23	6.97	0	0.49	0.1	R	0.232	0.2	0.15	-0.15
	44	0.05	10.52	7.17	0	0.29	0.2	A	0.194	0.19	0.387	-0.387
	45	0.05	10.78	7.17	0	0.26	0	E	0.214	0.17	0	0
	46	0.05	10.91	7.17	0	0.13	0	A	0.207	0.17	0	0
	47	0.05	11.23	7.76	0	0.32	0.6	Y	0.213	0.172	0.828	-0.828
	48	0.05	11.63	7.83	0	0.4	0.07	L	0.221	0.133	0.15	-0.15
	49	0.05	11.74	8.2	0	0.11	0.36	Q	0.206	0.126	0.581	-0.581
	50	0.05	11.82	8.28	0	0.08	0.08	V	0.244	0.09	0.063	-0.063
	51	0.05	11.82	8.3	0	0	0.02	W	0.263	0.082	0	0
	52	0.05	12.06	8.87	0	0.24	0.57	I	0.291	0.08	0.911	-0.911
	53	0.05	12.17	8.87	0	0.11	0	P	0.289	0.025	0	0
	54	0.05	12.67	8.87	0	0.49	0	P	0.285	0.025	0	0
	55	0.05	12.85	8.87	0	0.19	0	L	0.238	0.038	0	0
	56	0.05	13.04	8.89	0	0.19	0.02	N	0.226	0.038	0	0
	57	0.05	13.44	9.11	0	0.4	0.21	V	0.232	0.047	0.394	-0.394
	58	0.05	13.7	9.11	0	0.25	0	R	0.201	0.028	0	0
	59	0.07	14.19	9.11	0.02	0.49	0	G	0.205	0.089	0.063	-0.063
	60	0.07	14.46	9.11	0	0.27	0	G	0.206	0.089	0	0
	61	0.07	14.73	9.11	0	0.28	0	R	0.21	0.125	0	0
	62	0.07	14.96	9.13	0	0.22	0.02	D	0.199	0.17	0	0
	63	0.07	15.03	9.13	0	0.07	0	A	0.209	0.176	0	0
	64	0.07	15.05	9.26	0	0.02	0.13	I	0.227	0.193	0.251	-0.251
	65	0.07	15.12	9.26	0	0.07	0	I	0.232	0.212	0	0
	66	0.07	15.36	9.37	0	0.25	0.11	L	0.265	0.219	0.125	-0.125
	67	0.07	15.45	9.39	0	0.09	0.02	L	0.287	0.227	0.063	-0.063
	68	0.07	15.74	10	0	0.29	0.61	T	0.285	0.227	0.817	-0.817
	69	0.07	16.24	10	0	0.5	0	C	0.268	0.212	0	0
	70	0.07	16.55	10.36	0	0.31	0.36	V	0.223	0.214	0.51	-0.51
	71	0.07	16.73	10.81	0	0.17	0.45	V	0.199	0.18	0.828	-0.828
	72	0.07	17.05	10.89	0	0.32	0.08	H	0.215	0.137	0	0
	73	0.07	17.3	11.06	0	0.25	0.17	P	0.225	0.187	0.307	-0.307
	74	0.07	17.37	11.38	0	0.07	0.32	E	0.254	0.174	0.497	-0.497
	75	0.07	17.77	11.45	0	0.4	0.07	L	0.275	0.153	0.109	-0.109
	76	0.07	18.23	11.64	0	0.47	0.19	T	0.244	0.157	0.369	-0.369
	77	0.07	18.3	11.67	0	0.07	0.02	F	0.22	0.171	0.063	-0.063
	78	0.07	18.42	12.13	0	0.12	0.46	E	0.247	0.209	0.607	-0.607
	79	0.07	18.47	12.15	0	0.05	0.02	I	0.281	0.163	0.063	-0.063
	80	0.07	18.54	12.18	0	0.07	0.02	T	0.304	0.161	0.063	-0.063
	81	0.07	18.87	12.2	0	0.33	0.02	K	0.318	0.175	0	0
	82	0.07	19.29	12.78	0	0.42	0.58	I	0.289	0.223	0.875	-0.875
	83	0.07	19.82	12.82	0	0.54	0.04	L	0.262	0.194	0.063	-0.063
	84	0.07	20.1	12.94	0	0.28	0.11	L	0.225	0.203	0.259	-0.259
	85	0.07	20.19	13.05	0	0.09	0.11	A	0.226	0.197	0.249	-0.249
	86	0.07	20.43	13.38	0	0.23	0.33	I	0.26	0.195	0.489	-0.489
	87	0.07	20.76	13.78	0	0.34	0.4	F	0.261	0.204	0.565	-0.565
	88	0.07	21.23	13.78	0	0.46	0	G	0.24	0.215	0	0
	89	0.07	21.51	13.78	0	0.28	0	P	0.248	0.278	0	0
	90	0.07	21.72	13.93	0	0.21	0.16	L	0.266	0.332	0.357	-0.357
	91	0.07	21.76	14.43	0	0.04	0.5	M	0.252	0.343	0.42	-0.42
	92	0.07	21.91	14.72	0	0.15	0.29	V	0.263	0.293	0.251	-0.251
	93	0.07	22.07	14.85	0	0.17	0.13	L	0.248	0.266	0.251	-0.251
	94	0.07	22.36	14.9	0	0.29	0.05	Q	0.275	0.253	0.125	-0.125
	95	0.07	22.79	14.99	0	0.43	0.09	A	0.292	0.248	0.218	-0.218
	96	0.07	23.03	15.41	0	0.24	0.42	G	0.266	0.244	0.652	-0.652
	97	0.07	23.17	15.91	0	0.13	0.51	L	0.272	0.211	0.695	-0.695
	98	0.07	23.7	16.54	0	0.54	0.63	T	0.273	0.179	0.997	-0.997
	99	0.07	24.16	17.08	0	0.46	0.54	R	0.236	0.116	0.259	-0.259
	100	0.07	24.23	17.34	0	0.07	0.27	V	0.209	0.064	0.234	-0.234
	101	0.07	24.39	17.34	0	0.15	0	P	0.249	0.051	0	0
	102	0.07	24.39	17.37	0	0	0.02	Y	0.251	0.056	0	0
	103	0.07	24.83	17.37	0	0.44	0	F	0.298	0.094	0	0
	104	0.07	25.29	17.37	0	0.46	0	V	0.265	0.094	0	0
	105	0.07	25.46	17.41	0	0.17	0.05	R	0.22	0.121	0.109	-0.109
	106	0.07	25.77	17.5	0	0.3	0.09	A	0.279	0.121	0.186	-0.186
	107	0.07	25.9	17.69	0	0.14	0.19	Q	0.251	0.138	0.333	-0.333
	108	0.07	26.07	17.69	0	0.17	0	G	0.244	0.124	0	0
	109	0.07	26.26	17.71	0	0.19	0.02	L	0.268	0.126	0.063	-0.063
	110	0.07	26.73	17.85	0	0.47	0.14	I	0.294	0.173	0.282	-0.282
	111	0.07	26.9	17.9	0	0.17	0.05	R	0.296	0.17	0	0
	112	0.07	27.37	18.3	0	0.47	0.4	V	0.3	0.165	0.586	-0.586
	113	0.07	27.48	18.3	0	0.11	0	C	0.296	0.132	0	0
	114	0.07	27.5	18.57	0	0.01	0.27	M	0.297	0.146	0.311	-0.311
	115	0.07	28.25	18.62	0	0.76	0.05	L	0.323	0.119	0.063	-0.063
	116	0.07	28.28	18.88	0	0.02	0.26	V	0.275	0.152	0.427	-0.427
	117	0.07	28.34	18.93	0	0.07	0.05	R	0.286	0.126	0.063	-0.063
	118	0.07	28.76	18.95	0	0.41	0.02	K	0.279	0.121	0.063	-0.063
	119	0.07	29.2	19.44	0	0.45	0.49	V	0.286	0.13	0.658	-0.658
	120	0.07	29.69	19.55	0	0.49	0.11	A	0.253	0.139	0.249	-0.249
	121	0.07	29.9	19.55	0	0.21	0	G	0.208	0.168	0	0
	122	0.07	30.33	19.62	0	0.43	0.07	D	0.2	0.185	0.125	-0.125
	123	0.07	30.45	19.77	0	0.12	0.14	H	0.192	0.181	0.186	-0.186
	124	0.07	30.72	19.77	0	0.27	0	Y	0.208	0.195	0	0
	125	0.07	31	20.14	0	0.28	0.38	V	0.232	0.2	0.729	-0.729
	126	0.07	31.13	20.14	0	0.13	0	Q	0.233	0.165	0	0
	127	0.07	31.13	20.14	0	0	0	M	0.27	0.172	0	0
	128	0.07	31.61	20.25	0	0.48	0.11	A	0.321	0.174	0.22	-0.22
	129	0.07	31.73	20.83	0	0.12	0.58	L	0.286	0.163	0.878	-0.878
	130	0.07	31.77	21.23	0	0.04	0.4	M	0.291	0.11	0.186	-0.186
	131	0.07	31.9	21.4	0	0.13	0.17	K	0.332	0.093	0	0
	132	0.07	32.25	21.43	0	0.35	0.03	L	0.348	0.076	0.063	-0.063
	133	0.07	32.54	21.71	0	0.28	0.28	A	0.318	0.106	0.483	-0.483
	134	0.07	33.05	21.75	0	0.51	0.05	A	0.314	0.078	0.125	-0.125
	135	0.07	33.34	21.78	0	0.29	0.03	L	0.314	0.073	0.063	-0.063
	136	0.07	33.84	21.85	0	0.5	0.07	T	0.334	0.087	0.172	-0.172
	137	0.07	34.35	21.88	0	0.51	0.02	G	0.334	0.08	0.063	-0.063
	138	0.07	34.48	21.88	0	0.13	0	T	0.307	0.078	0	0
	139	0.07	34.65	21.92	0	0.17	0.05	Y	0.309	0.127	0.063	-0.063
	140	0.07	35.1	22.16	0	0.45	0.23	V	0.342	0.147	0.462	-0.462
	141	0.07	35.39	22.16	0	0.29	0	Y	0.297	0.126	0	0
	142	0.07	35.43	22.49	0	0.05	0.33	N	0.291	0.137	0	0
	143	0.07	35.67	22.49	0	0.24	0	H	0.316	0.111	0	0
	144	0.07	36.18	22.49	0	0.51	0	L	0.31	0.188	0	0
	145	0.07	36.67	22.66	0	0.49	0.17	T	0.264	0.199	0.307	-0.307
	146	0.07	37.17	22.66	0	0.5	0	P	0.28	0.182	0	0
	147	0.07	37.4	22.66	0	0.24	0	L	0.266	0.184	0	0
	148	0.07	37.55	23.15	0	0.15	0.49	R	0.259	0.189	0.709	-0.709
	149	0.07	38.05	23.4	0	0.5	0.25	D	0.289	0.142	0.063	-0.063
	150	0.07	38.05	23.42	0	0	0.02	W	0.269	0.128	0.063	-0.063
	151	0.07	38.29	23.53	0	0.23	0.11	A	0.29	0.131	0.212	-0.212
	152	0.07	38.59	23.6	0	0.3	0.07	H	0.302	0.12	0	0
	153	0.07	38.78	24.37	0	0.18	0.77	A	0.339	0.113	1.054	-1.054
	154	0.07	38.82	24.48	0	0.05	0.11	G	0.33	0.036	0.249	-0.249
	155	0.07	39.47	24.48	0	0.65	0	L	0.363	0.025	0	0
	156	0.07	39.82	24.5	0	0.36	0.02	R	0.342	0.025	0.063	-0.063
	157	0.07	39.99	24.55	0	0.17	0.05	D	0.325	0.046	0.125	-0.125
	158	0.07	40.45	24.57	0	0.45	0.02	L	0.33	0.041	0	0
	159	0.07	40.75	24.68	0	0.3	0.11	A	0.318	0.039	0.249	-0.249
	160	0.07	40.96	24.73	0	0.21	0.05	V	0.3	0.059	0.109	-0.109
	161	0.07	41.31	24.73	0	0.35	0	A	0.279	0.054	0	0
	162	0.07	41.98	24.73	0	0.67	0	V	0.263	0.054	0	0
	163	0.07	42.07	24.73	0	0.09	0	E	0.222	0.061	0	0
	164	0.07	42.45	24.73	0	0.38	0	P	0.224	0.061	0	0
	165	0.07	42.89	24.73	0	0.44	0	V	0.197	0.094	0	0
	166	0.07	43.08	24.95	0	0.19	0.23	V	0.164	0.096	0.418	-0.418
	167	0.07	43.3	24.95	0	0.22	0	F	0.17	0.073	0	0
	168	0.07	43.63	24.95	0	0.33	0	S	0.148	0.073	0	0
	169	0.07	43.75	25.27	0	0.12	0.31	D	0.128	0.073	0.398	-0.398
	170	0.07	43.75	25.27	0	0	0	M	0.15	0.047	0	0
	171	0.07	43.93	25.27	0	0.19	0	E	0.163	0.049	0	0
	172	0.07	44.19	25.34	0	0.26	0.07	T	0.172	0.049	0.15	-0.15
	173	0.07	44.3	25.34	0	0.11	0	K	0.189	0.042	0	0
	174	0.07	44.41	25.67	0	0.11	0.33	I	0.195	0.047	0.612	-0.612
	175	0.07	44.52	25.69	0	0.11	0.02	I	0.208	0.014	0.063	-0.063
	176	0.07	44.77	25.69	0	0.25	0	T	0.224	0.014	0	0
	177	0.07	44.77	25.69	0	0	0	W	0.212	0.016	0	0
	178	0.07	44.9	25.69	0	0.13	0	G	0.223	0.021	0	0
	179	0.07	45.24	25.74	0	0.34	0.05	A	0.231	0.023	0.109	-0.109
	180	0.07	45.37	25.76	0	0.13	0.02	D	0.217	0.099	0.063	-0.063
	181	0.07	45.65	25.76	0	0.28	0	T	0.257	0.102	0	0
	182	0.07	46.08	25.76	0	0.43	0	A	0.307	0.112	0	0
	183	0.07	46.25	25.81	0	0.17	0.05	A	0.299	0.119	0.125	-0.125
	184	0.07	46.49	25.81	0	0.24	0	C	0.299	0.121	0	0
	185	0.07	46.76	25.83	0	0.27	0.02	G	0.284	0.121	0.063	-0.063
	186	0.07	46.89	25.85	0	0.13	0.02	D	0.272	0.119	0	0
	187	0.07	47	25.9	0	0.11	0.05	I	0.293	0.117	0.125	-0.125
	188	0.07	47.2	25.92	0	0.21	0.02	I	0.291	0.117	0.063	-0.063
	189	0.07	47.41	26.73	0	0.2	0.81	S	0.327	0.117	0.841	-0.841
	190	0.07	47.94	26.78	0	0.53	0.05	G	0.319	0.087	0.137	-0.137
	191	0.07	48.72	26.88	0	0.78	0.1	L	0.271	0.082	0.137	-0.137
	192	0.07	49.07	26.95	0	0.35	0.07	P	0.204	0.081	0.199	-0.199
	193	0.07	49.24	27.02	0	0.17	0.07	V	0.223	0.094	0.074	-0.074
	194	0.07	49.33	27.02	0	0.09	0	S	0.252	0.088	0.011	-0.011
	195	0.07	49.48	27.02	0	0.15	0	A	0.281	0.088	0.011	-0.011
	196	0.07	49.82	27.02	0	0.34	0	R	0.307	0.088	0.011	-0.011
	197	0.07	49.91	27.07	0	0.09	0.05	R	0.296	0.088	0.011	-0.011
	198	0.07	50.48	27.09	0	0.57	0.02	G	0.33	0.083	0.074	-0.074
	199	0.07	50.6	27.6	0	0.12	0.51	R	0.303	0.125	0.074	-0.074
	200	0.07	50.65	27.6	0	0.05	0	E	0.308	0.14	0.011	-0.011
	201	0.07	50.76	27.69	0	0.11	0.09	I	0.341	0.199	0.137	-0.137
	202	0.07	51.29	27.89	0	0.54	0.2	L	0.355	0.248	0.398	-0.398
	203	0.07	51.75	27.9	0	0.46	0.01	L	0.33	0.256	0.011	-0.011
	204	0.07	52.13	27.9	0	0.38	0	G	0.314	0.255	0.011	-0.011
	205	0.07	52.55	27.9	0	0.41	0	P	0.276	0.257	0.011	-0.011
	206	0.07	52.78	27.9	0	0.23	0	A	0.28	0.257	0.011	-0.011
	207	0.07	53.21	27.9	0	0.43	0	D	0.274	0.266	0.011	-0.011
	208	0.07	53.51	28.34	0	0.3	0.44	S	0.256666667	0.295555556	0.367	-0.367
	209	0.07	53.68	29	0	0.17	0.66	F	0.25125	0.2775	0.949	-0.949
	210	0.07	54.06	29.59	0	0.38	0.59	G	0.262857143	0.222857143	0.84	-0.84
	211	0.07	54.31	30.17	0	0.25	0.58	E	0.243333333	0.161666667	0.764	-0.764
	212	0.07	54.6	30.44	0	0.29	0.28	Q	0.242	0.078	0.411	-0.411
	213	0.07	54.9	30.44	0	0.3	0	G	0.23	0.0275	0.011	-0.011
	214	0.07	54.9	30.47	0	0	0.02	W	0.206666667	0.036666667	0.074	-0.074
	215	0.07	55.36	30.47	0	0.45	0	R	0.31	0.045	0.011	-0.011
	216	0.07	55.53	30.56	0	0.17	0.09	L	0.17	0.09	0.011	-0.011



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov