HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	192						
#k	The	average	behavior	for	36	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	hq
	1	0	0	0	0	0	0	V	0.183	0.105	0	0
	2	0	0.22	0	0	0.22	0	E	0.233	0.105	0	0
	3	0	0.61	0.22	0	0.39	0.22	V	0.233	0.105	0.349	-0.349
	4	0	0.83	0.22	0	0.22	0	R	0.25	0.083	0	0
	5	0	0.83	0.22	0	0	0	N	0.228	0.083	0	0
	6	0	0.83	0.61	0	0	0.39	I	0.25	0.083	0.53	-0.53
	7	0	1.22	0.61	0	0.39	0	S	0.25	0.044	0	0
	8	0	1.61	1.06	0	0.39	0.44	S	0.261	0.044	0.684	-0.684
	9	0	1.83	1.06	0	0.22	0	S	0.222	0	0	0
	10	0	1.83	1.06	0	0	0	Y	0.2	0.072	0	0
	11	0	2.33	1.06	0	0.5	0	Y	0.2	0.072	0	0
	12	0	2.56	1.06	0	0.22	0	A	0.15	0.072	0	0
	13	0	3.11	1.06	0	0.56	0	T	0.128	0.072	0	0
	14	0	3.11	1.06	0	0	0	N	0.072	0.072	0	0
	15	0	3.33	1.06	0	0.22	0	D	0.122	0.072	0	0
	16	0	3.33	1.06	0	0	0	C	0.122	0.072	0	0
	17	0	3.83	1.06	0	0.5	0	S	0.178	0.114	0	0
	18	0	3.83	1.06	0	0	0	N	0.128	0.164	0	0
	19	0	3.83	1.78	0	0	0.72	S	0.128	0.164	0.937	-0.937
	20	0	3.83	1.78	0	0	0	S	0.15	0.092	0	0
	21	0	3.83	1.78	0	0	0	I	0.15	0.092	0	0
	22	0	3.83	1.78	0	0	0	T	0.189	0.092	0	0
	23	0	3.83	1.78	0	0	0	W	0.189	0.114	0	0
	24	0	4.33	1.78	0	0.5	0	Q	0.228	0.114	0	0
	25	0	4.56	1.78	0	0.22	0	L	0.178	0.114	0	0
	26	0	5.11	2.19	0	0.56	0.42	T	0.212	0.114	0.684	-0.684
	27	0	5.11	2.69	0	0	0.5	N	0.156	0.072	0.637	-0.637
	28	0	5.11	2.69	0	0	0	A	0.178	0.022	0	0
	29	0	5.33	2.69	0	0.22	0	V	0.217	0.022	0	0
	30	0	5.33	2.69	0	0	0	L	0.195	0.022	0	0
	31	0	5.72	2.69	0	0.39	0	H	0.195	0.022	0	0
	32	0	5.72	2.92	0	0	0.22	L	0.195	0.022	0.349	-0.349
	33	0	6.11	2.92	0	0.39	0	P	0.234	0	0	0
	34	0	6.11	2.92	0	0	0	G	0.217	0	0	0
	35	0	6.67	2.92	0	0.56	0	C	0.239	0	0	0
	36	0	6.67	2.92	0	0	0	V	0.233	0	0	0
	37	0	6.89	2.92	0	0.22	0	P	0.252	0.042	0	0
	38	0	7.28	2.92	0	0.39	0	C	0.23	0.042	0	0
	39	0	7.28	2.92	0	0	0	E	0.191	0.042	0	0
	40	0	7.28	2.92	0	0	0	N	0.191	0.042	0	0
	41	0	7.67	2.92	0	0.39	0	D	0.191	0.042	0	0
	42	0	8.06	2.92	0	0.39	0	N	0.202	0.042	0	0
	43	0	8.28	2.92	0	0.22	0	G	0.163	0.042	0	0
	44	0	8.5	2.92	0	0.22	0	T	0.141	0.042	0	0
	45	0	9	2.92	0	0.5	0	L	0.141	0.042	0	0
	46	0	9.19	3.33	0	0.19	0.42	H	0.091	0.042	0.53	-0.53
	47	0	9.19	3.33	0	0	0	C	0.072	0	0	0
	48	0	9.19	3.33	0	0	0	W	0.122	0	0	0
	49	0	9.19	3.33	0	0	0	I	0.144	0	0	0
	50	0	9.19	3.33	0	0	0	Q	0.183	0	0	0
	51	0	9.69	3.33	0	0.5	0	V	0.233	0	0	0
	52	0	9.69	3.33	0	0	0	T	0.222	0	0	0
	53	0	9.69	3.33	0	0	0	P	0.261	0	0	0
	54	0	9.92	3.33	0	0.22	0	N	0.283	0	0	0
	55	0	9.92	3.33	0	0	0	V	0.283	0	0	0
	56	0	9.92	3.33	0	0	0	A	0.322	0.022	0	0
	57	0	10.42	3.33	0	0.5	0	V	0.322	0.044	0	0
	58	0	10.64	3.33	0	0.22	0	K	0.272	0.044	0	0
	59	0	11.03	3.33	0	0.39	0	H	0.25	0.044	0	0
	60	0	11.53	3.33	0	0.5	0	R	0.25	0.1	0	0
	61	0	11.92	3.33	0	0.39	0	G	0.256	0.1	0	0
	62	0	12.31	3.33	0	0.39	0	A	0.259	0.122	0	0
	63	0	12.53	3.33	0	0.22	0	L	0.276	0.144	0	0
	64	0	12.75	3.33	0	0.22	0	T	0.254	0.2	0	0
	65	0	13.14	3.56	0	0.39	0.22	H	0.271	0.2	0.349	-0.349
	66	0	13.14	3.78	0	0	0.22	N	0.254	0.178	0.349	-0.349
	67	0	13.14	3.78	0	0	0	L	0.254	0.156	0	0
	68	0	13.14	3.78	0	0	0	R	0.254	0.156	0	0
	69	0	13.53	4.33	0	0.39	0.56	A	0.276	0.156	0.687	-0.687
	70	0	14.08	4.33	0	0.56	0	H	0.237	0.1	0	0
	71	0	14.5	4.56	0	0.42	0.22	V	0.181	0.122	0.349	-0.349
	72	0	15.06	4.78	0	0.56	0.22	D	0.139	0.1	0.349	-0.349
	73	0	15.06	5.33	0	0	0.56	M	0.083	0.078	0.687	-0.687
	74	0	15.44	5.33	0	0.39	0	I	0.105	0.022	0	0
	75	0	15.67	5.33	0	0.22	0	V	0.088	0.022	0	0
	76	0	15.67	5.33	0	0	0	M	0.116	0.022	0	0
	77	0	15.67	5.33	0	0	0	A	0.116	0.022	0	0
	78	0	15.89	5.33	0	0.22	0	A	0.138	0.022	0	0
	79	0	15.89	5.33	0	0	0	T	0.155	0.022	0	0
	80	0	15.89	5.56	0	0	0.22	V	0.181	0.073	0.349	-0.349
	81	0	15.89	5.56	0	0	0	C	0.22	0.051	0	0
	82	0	15.89	5.56	0	0	0	S	0.242	0.051	0	0
	83	0	16.11	5.56	0	0.22	0	A	0.242	0.051	0	0
	84	0	16.33	5.56	0	0.22	0	L	0.22	0.051	0	0
	85	0	16.83	5.56	0	0.5	0	Y	0.198	0.051	0	0
	86	0	16.83	5.56	0	0	0	V	0.19	0.051	0	0
	87	0	17.06	5.56	0	0.22	0	G	0.212	0.101	0	0
	88	0	17.44	5.56	0	0.39	0	D	0.19	0.123	0	0
	89	0	17.71	6.07	0	0.26	0.51	M	0.151	0.123	0.684	-0.684
	90	0	18.1	6.07	0	0.39	0	C	0.125	0.072	0	0
	91	0	18.32	6.07	0	0.22	0	G	0.125	0.122	0	0
	92	0	18.32	6.07	0	0	0	A	0.103	0.144	0	0
	93	0	18.32	6.07	0	0	0	V	0.125	0.194	0	0
	94	0	18.32	6.07	0	0	0	M	0.147	0.194	0	0
	95	0	18.74	6.07	0	0.42	0	I	0.169	0.216	0	0
	96	0	18.96	6.57	0	0.22	0.5	V	0.166	0.216	0.637	-0.637
	97	0	18.96	6.79	0	0	0.22	S	0.144	0.188	0.349	-0.349
	98	0	18.96	6.79	0	0	0	Q	0.166	0.166	0	0
	99	0	18.96	6.79	0	0	0	A	0.166	0.188	0	0
	100	0	19.35	7.29	0	0.39	0.5	F	0.222	0.188	0.637	-0.637
	101	0	19.35	7.51	0	0	0.22	I	0.205	0.138	0.349	-0.349
	102	0	19.57	8.01	0	0.22	0.5	I	0.244	0.116	0.637	-0.637
	103	0	19.79	8.01	0	0.22	0	S	0.222	0.066	0	0
	104	0	20.01	8.24	0	0.22	0.22	P	0.2	0.066	0.349	-0.349
	105	0	20.4	8.24	0	0.39	0	E	0.228	0.044	0	0
	106	0	20.4	8.46	0	0	0.22	R	0.189	0.044	0.349	-0.349
	107	0	20.62	8.46	0	0.22	0	H	0.211	0.022	0	0
	108	0	20.62	8.68	0	0	0.22	N	0.189	0.022	0.349	-0.349
	109	0	21.18	8.68	0	0.56	0	F	0.189	0	0	0
	110	0	21.4	8.68	0	0.22	0	T	0.133	0	0	0
	111	0	21.79	8.68	0	0.39	0	Q	0.133	0	0	0
	112	0	21.79	8.68	0	0	0	E	0.116	0.022	0	0
	113	0	21.79	8.68	0	0	0	C	0.116	0.022	0	0
	114	0	22.29	8.68	0	0.5	0	N	0.155	0.022	0	0
	115	0	22.29	8.68	0	0	0	C	0.127	0.022	0	0
	116	0	22.51	8.68	0	0.22	0	S	0.127	0.044	0	0
	117	0	22.51	8.68	0	0	0	I	0.105	0.044	0	0
	118	0	22.51	8.68	0	0	0	Y	0.105	0.066	0	0
	119	0	22.51	8.68	0	0	0	Q	0.127	0.066	0	0
	120	0	22.74	8.68	0	0.22	0	G	0.127	0.066	0	0
	121	0	22.96	8.9	0	0.22	0.22	R	0.105	0.066	0.349	-0.349
	122	0	22.96	8.9	0	0	0	I	0.083	0.044	0	0
	123	0	23.35	8.9	0	0.39	0	T	0.083	0.044	0	0
	124	0	23.57	8.9	0	0.22	0	G	0.127	0.047	0	0
	125	0	23.57	9.12	0	0	0.22	H	0.127	0.047	0.349	-0.349
	126	0	23.57	9.12	0	0	0	R	0.127	0.025	0	0
	127	0	23.57	9.35	0	0	0.22	M	0.127	0.025	0.349	-0.349
	128	0	23.79	9.35	0	0.22	0	A	0.149	0.003	0	0
	129	0	23.79	9.35	0	0	0	W	0.149	0.003	0	0
	130	0	23.79	9.35	0	0	0	D	0.199	0.003	0	0
	131	0	23.79	9.35	0	0	0	M	0.199	0.003	0	0
	132	0	23.79	9.35	0	0	0	M	0.199	0.003	0	0
	133	0	24.62	9.38	0	0.83	0.03	L	0.199	0.003	0	0
	134	0	24.85	9.38	0	0.22	0	N	0.155	0	0	0
	135	0	24.85	9.38	0	0	0	W	0.133	0	0	0
	136	0	24.85	9.38	0	0	0	S	0.189	0	0	0
	137	0	25.07	9.38	0	0.22	0	P	0.245	0	0	0
	138	0	25.29	9.38	0	0.22	0	T	0.245	0	0	0
	139	0	25.79	9.38	0	0.5	0	L	0.245	0	0	0
	140	0	25.79	9.38	0	0	0	T	0.216	0.024	0	0
	141	0	25.79	9.38	0	0	0	M	0.255	0.024	0	0
	142	0	25.79	9.38	0	0	0	I	0.277	0.024	0	0
	143	0	26.18	9.38	0	0.39	0	L	0.338	0.024	0	0
	144	0	26.18	9.38	0	0	0	A	0.321	0.063	0	0
	145	0	26.74	9.38	0	0.56	0	Y	0.377	0.063	0	0
	146	0	27.29	9.38	0	0.56	0	A	0.36	0.085	0	0
	147	0	27.51	9.38	0	0.22	0	A	0.326	0.124	0	0
	148	0	27.74	9.38	0	0.22	0	R	0.304	0.146	0	0
	149	0	27.94	9.61	0	0.21	0.24	V	0.304	0.146	0.349	-0.349
	150	0	28.33	9.61	0	0.39	0	P	0.305	0.122	0	0
	151	0	28.56	9.61	0	0.22	0	E	0.288	0.122	0	0
	152	0	29.17	9.61	0	0.61	0	L	0.288	0.122	0	0
	153	0	29.39	10	0	0.22	0.39	V	0.227	0.122	0.53	-0.53
	154	0	29.94	10	0	0.56	0	L	0.261	0.083	0	0
	155	0	30.33	10.22	0	0.39	0.22	E	0.227	0.083	0.349	-0.349
	156	0	30.56	10.61	0	0.22	0.39	V	0.209	0.107	0.53	-0.53
	157	0	30.56	10.83	0	0	0.22	V	0.187	0.068	0.349	-0.349
	158	0	30.78	10.83	0	0.22	0	F	0.187	0.046	0	0
	159	0	31	10.83	0	0.22	0	G	0.165	0.046	0	0
	160	0	31.22	10.83	0	0.22	0	G	0.143	0.046	0	0
	161	0	31.44	10.83	0	0.22	0	H	0.143	0.046	0	0
	162	0	31.44	10.83	0	0	0	W	0.121	0.046	0	0
	163	0	32	10.83	0	0.56	0	G	0.121	0.068	0	0
	164	0	32.22	10.83	0	0.22	0	V	0.065	0.068	0	0
	165	0	32.43	11.29	0	0.21	0.46	V	0.082	0.068	0.684	-0.684
	166	0	32.43	11.29	0	0	0	F	0.061	0.022	0	0
	167	0	32.43	11.29	0	0	0	G	0.061	0.022	0	0
	168	0	32.43	11.29	0	0	0	L	0.061	0.022	0	0
	169	0	32.43	11.29	0	0	0	A	0.061	0.022	0	0
	170	0	32.65	11.29	0	0.22	0	Y	0.111	0.022	0	0
	171	0	32.65	11.29	0	0	0	F	0.089	0.022	0	0
	172	0	32.65	11.51	0	0	0.22	S	0.111	0.044	0.349	-0.349
	173	0	32.65	11.51	0	0	0	M	0.133	0.044	0	0
	174	0	33.04	11.51	0	0.39	0	Q	0.133	0.044	0	0
	175	0	33.04	11.51	0	0	0	G	0.094	0.044	0	0
	176	0	33.04	11.51	0	0	0	A	0.161	0.044	0	0
	177	0	33.04	11.51	0	0	0	W	0.183	0.044	0	0
	178	0	33.04	11.51	0	0	0	A	0.225	0.044	0	0
	179	0	33.54	11.51	0	0.5	0	K	0.264	0.044	0	0
	180	0	33.54	11.51	0	0	0	V	0.214	0.044	0	0
	181	0	33.76	11.74	0	0.22	0.22	I	0.214	0.044	0.349	-0.349
	182	0	33.99	11.96	0	0.22	0.22	A	0.214	0.022	0.349	-0.349
	183	0	33.99	11.96	0	0	0	I	0.231	0	0	0
	184	0	33.99	11.96	0	0	0	L	0.256666667	0	0	0
	185	0	34.65	11.96	0	0.67	0	L	0.28875	0	0	0
	186	0	34.88	11.96	0	0.22	0	L	0.234285714	0	0	0
	187	0	35.29	11.96	0	0.42	0	V	0.236666667	0	0	0
	188	0	35.68	11.96	0	0.39	0	A	0.2	0	0	0
	189	0	35.68	11.96	0	0	0	G	0.1525	0	0	0
	190	0	35.68	11.96	0	0	0	V	0.203333333	0	0	0
	191	0	35.9	11.96	0	0.22	0	D	0.305	0	0	0
	192	0	36.29	11.96	0	0.39	0	A	0.39	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov