HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	192						
#k	The	average	behavior	for	45	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0	0.56	0	0	0.56	A	0.216	0.373	0.693	-0.693
	2	0	0	0.91	0	0	0.36	Q	0.216	0.317	0.5	-0.5
	3	0	0	0.91	0	0	0	V	0.216	0.301	0	0
	4	0	0.2	1.11	0	0.2	0.2	R	0.28	0.301	0.325	-0.325
	5	0	0.4	1.11	0	0.2	0	N	0.313	0.281	0	0
	6	0	0.6	1.62	0	0.2	0.51	T	0.313	0.281	0.802	-0.802
	7	0	1.04	1.62	0	0.44	0	S	0.349	0.23	0	0
	8	0	1.08	2.99	0	0.03	1.37	R	0.325	0.288	1.748	-1.748
	9	0	1.61	3.72	0	0.53	0.73	G	0.358	0.151	0.943	-0.943
	10	0	2.17	3.72	0	0.56	0	Y	0.323	0.098	0	0
	11	0	2.17	3.72	0	0	0	M	0.267	0.098	0	0
	12	0	2.17	3.92	0	0	0.2	V	0.314	0.098	0.325	-0.325
	13	0	2.81	3.92	0	0.64	0	T	0.35	0.078	0	0
	14	0	3.34	3.92	0	0.53	0	N	0.286	0.078	0	0
	15	0	3.54	3.92	0	0.2	0	D	0.269	0.078	0	0
	16	0	4.1	3.92	0	0.56	0	C	0.285	0.098	0	0
	17	0	4.3	4.5	0	0.2	0.58	S	0.265	0.151	0.94	-0.94
	18	0	4.66	4.5	0	0.36	0	N	0.281	0.113	0	0
	19	0	4.83	4.7	0	0.18	0.2	E	0.283	0.133	0.325	-0.325
	20	0	4.83	4.7	0	0	0	S	0.285	0.113	0	0
	21	0	5.3	4.7	0	0.47	0	I	0.305	0.113	0	0
	22	0	5.66	4.7	0	0.36	0	T	0.278	0.113	0	0
	23	0	5.66	4.7	0	0	0	W	0.262	0.113	0	0
	24	0	6.01	4.7	0	0.36	0	Q	0.282	0.113	0	0
	25	0	6.37	4.9	0	0.36	0.2	L	0.266	0.113	0.325	-0.325
	26	0	6.72	5.43	0	0.36	0.53	Q	0.283	0.093	0.673	-0.673
	27	0	7.08	5.63	0	0.36	0.2	A	0.267	0.06	0.325	-0.325
	28	0	7.46	5.83	0	0.38	0.2	A	0.267	0.04	0.325	-0.325
	29	0	7.66	5.83	0	0.2	0	V	0.265	0.02	0	0
	30	0	7.86	5.83	0	0.2	0	L	0.245	0.02	0	0
	31	0	8.06	5.83	0	0.2	0	H	0.241	0.073	0	0
	32	0	8.26	5.83	0	0.2	0	V	0.239	0.126	0	0
	33	0	8.46	5.83	0	0.2	0	P	0.253	0.167	0	0
	34	0	8.66	5.83	0	0.2	0	G	0.273	0.167	0	0
	35	0	9.19	5.83	0	0.53	0	C	0.29	0.208	0	0
	36	0	9.39	6.03	0	0.2	0.2	I	0.31	0.208	0.325	-0.325
	37	0	9.74	6.03	0	0.36	0	P	0.31	0.188	0	0
	38	0	10.1	6.03	0	0.36	0	C	0.31	0.188	0	0
	39	0	10.1	6.03	0	0	0	E	0.274	0.188	0	0
	40	0	10.26	6.57	0	0.16	0.53	R	0.294	0.188	0.94	-0.94
	41	0	10.43	7.1	0	0.18	0.53	L	0.298	0.135	0.802	-0.802
	42	0	10.78	7.51	0	0.34	0.41	G	0.3	0.082	0.94	-0.94
	43	0	11.18	7.51	0	0.4	0	N	0.286	0.077	0.325	-0.325
	44	0	11.55	7.92	0	0.37	0.41	T	0.266	0.077	0.639	-0.639
	45	0	12.28	7.92	0	0.73	0	S	0.276	0.036	0	0
	46	0	12.48	7.92	0	0.2	0	R	0.223	0.036	0	0
	47	0	12.84	7.92	0	0.36	0	C	0.259	0.036	0	0
	48	0	12.84	7.92	0	0	0	W	0.223	0.036	0	0
	49	0	13.04	7.92	0	0.2	0	I	0.223	0.089	0	0
	50	0	13.24	7.92	0	0.2	0	P	0.223	0.136	0	0
	51	0	13.44	7.92	0	0.2	0	V	0.25	0.156	0	0
	52	0	13.64	8.27	0	0.2	0.36	T	0.266	0.156	0.5	-0.5
	53	0	13.84	8.27	0	0.2	0	P	0.282	0.12	0	0
	54	0	14.3	8.27	0	0.47	0	N	0.282	0.12	0	0
	55	0	14.5	8.27	0	0.2	0	V	0.255	0.12	0	0
	56	0	15.06	8.27	0	0.56	0	A	0.271	0.14	0	0
	57	0	15.06	8.27	0	0	0	V	0.215	0.18	0	0
	58	0	15.06	8.81	0	0	0.53	R	0.255	0.18	0.673	-0.673
	59	0	15.26	9.27	0	0.2	0.47	Q	0.255	0.127	0.611	-0.611
	60	0	15.73	9.47	0	0.47	0.2	P	0.268	0.122	0.325	-0.325
	61	0	16.08	9.47	0	0.36	0	G	0.257	0.102	0	0
	62	0	16.44	9.47	0	0.36	0	A	0.239	0.102	0	0
	63	0	16.64	9.47	0	0.2	0	L	0.223	0.102	0	0
	64	0	16.84	9.47	0	0.2	0	T	0.203	0.102	0	0
	65	0	17.19	9.67	0	0.36	0.2	Q	0.234	0.102	0.325	-0.325
	66	0	17.19	10.07	0	0	0.4	G	0.198	0.082	0.325	-0.325
	67	0	17.59	10.07	0	0.4	0	L	0.198	0.062	0	0
	68	0	17.59	10.07	0	0	0	R	0.178	0.062	0	0
	69	0	17.93	10.5	0	0.33	0.42	T	0.178	0.062	0.639	-0.639
	70	0	18.28	10.5	0	0.36	0	H	0.145	0.02	0	0
	71	0	18.46	10.5	0	0.18	0	I	0.109	0.02	0.325	-0.325
	72	0	18.66	10.5	0	0.2	0	D	0.127	0.02	0	0
	73	0	18.66	10.5	0	0	0	M	0.125	0.02	0	0
	74	0	19.17	10.5	0	0.51	0	V	0.176	0.02	0	0
	75	0	19.17	10.5	0	0	0	V	0.176	0.02	0	0
	76	0	19.17	10.7	0	0	0.2	M	0.176	0.02	0.325	-0.325
	77	0	19.37	10.7	0	0.2	0	S	0.176	0	0	0
	78	0	19.37	10.7	0	0	0	A	0.176	0	0	0
	79	0	19.37	10.7	0	0	0	T	0.196	0	0	0
	80	0	19.37	10.7	0	0	0	L	0.196	0.036	0	0
	81	0	19.73	10.7	0	0.36	0	C	0.232	0.036	0	0
	82	0	19.9	10.7	0	0.18	0	S	0.232	0.036	0	0
	83	0	20.41	10.7	0	0.51	0	A	0.214	0.036	0	0
	84	0	20.93	10.7	0	0.51	0	L	0.163	0.076	0	0
	85	0	20.93	10.7	0	0	0	Y	0.112	0.076	0	0
	86	0	20.93	10.7	0	0	0	V	0.148	0.076	0	0
	87	0	21.13	10.7	0	0.2	0	G	0.184	0.076	0	0
	88	0	21.33	10.7	0	0.2	0	D	0.184	0.096	0	0
	89	0	21.33	11.05	0	0	0.36	L	0.2	0.096	0.5	-0.5
	90	0	21.68	11.05	0	0.36	0	C	0.2	0.08	0	0
	91	0	22.04	11.05	0	0.36	0	G	0.184	0.08	0	0
	92	0	22.04	11.05	0	0	0	G	0.195	0.1	0	0
	93	0	22.04	11.45	0	0	0.4	V	0.195	0.12	0.639	-0.639
	94	0	22.04	11.45	0	0	0	M	0.195	0.08	0	0
	95	0	22.39	11.45	0	0.36	0	L	0.215	0.08	0	0
	96	0	22.75	11.45	0	0.36	0	A	0.23	0.171	0	0
	97	0	22.95	11.65	0	0.2	0.2	A	0.214	0.244	0.325	-0.325
	98	0	23.3	11.65	0	0.36	0	Q	0.214	0.224	0	0
	99	0	23.3	11.85	0	0	0.2	M	0.182	0.327	0.325	-0.325
	100	0	23.5	11.85	0	0.2	0	F	0.202	0.307	0	0
	101	0	23.97	12.05	0	0.47	0.2	I	0.182	0.307	0.325	-0.325
	102	0	23.97	12.25	0	0	0.2	V	0.188	0.307	0.325	-0.325
	103	0	23.97	12.25	0	0	0	S	0.206	0.307	0	0
	104	0	24.17	12.25	0	0.2	0	P	0.226	0.307	0	0
	105	0	24.68	13.16	0	0.51	0.91	R	0.253	0.307	1.03	-1.03
	106	0	24.88	13.9	0	0.2	0.73	R	0.202	0.216	0.802	-0.802
	107	0	25.08	13.9	0	0.2	0	H	0.202	0.143	0	0
	108	0	25.12	14.93	0	0.04	1.03	W	0.182	0.143	0.94	-0.94
	109	0	25.32	14.93	0	0.2	0	F	0.196	0.04	0	0
	110	0	25.32	14.93	0	0	0	V	0.227	0.04	0	0
	111	0	25.85	15.13	0	0.53	0.2	Q	0.28	0.04	0.325	-0.325
	112	0	26.03	15.33	0	0.18	0.2	E	0.247	0.073	0.325	-0.325
	113	0	26.23	15.33	0	0.2	0	C	0.229	0.053	0	0
	114	0	26.7	15.33	0	0.47	0	N	0.227	0.053	0	0
	115	0	26.7	15.33	0	0	0	C	0.227	0.053	0	0
	116	0	26.9	15.33	0	0.2	0	S	0.227	0.073	0	0
	117	0	26.9	15.33	0	0	0	I	0.243	0.073	0	0
	118	0	27.07	15.33	0	0.18	0	Y	0.243	0.073	0	0
	119	0	27.59	15.33	0	0.51	0	P	0.261	0.073	0	0
	120	0	28.12	15.33	0	0.53	0	G	0.21	0.073	0	0
	121	0	28.32	15.86	0	0.2	0.53	T	0.177	0.073	0.673	-0.673
	122	0	28.32	15.86	0	0	0	I	0.157	0.02	0	0
	123	0	28.5	15.86	0	0.18	0	T	0.157	0.02	0.325	-0.325
	124	0	28.96	15.86	0	0.47	0	G	0.139	0.02	0	0
	125	0	28.96	16.06	0	0	0.2	H	0.092	0.02	0.325	-0.325
	126	0	29.32	16.06	0	0.36	0	R	0.092	0	0	0
	127	0	29.32	16.06	0	0	0	M	0.056	0	0	0
	128	0	29.67	16.06	0	0.36	0	A	0.076	0	0	0
	129	0	29.67	16.06	0	0	0	W	0.078	0	0	0
	130	0	29.87	16.06	0	0.2	0	D	0.114	0.051	0	0
	131	0	29.87	16.06	0	0	0	M	0.13	0.071	0	0
	132	0	29.87	16.06	0	0	0	M	0.133	0.125	0	0
	133	0	29.87	16.06	0	0	0	M	0.133	0.125	0	0
	134	0	29.87	16.06	0	0	0	N	0.173	0.145	0	0
	135	0	29.87	16.06	0	0	0	W	0.173	0.145	0	0
	136	0	29.87	16.06	0	0	0	S	0.173	0.145	0	0
	137	0	30.07	16.06	0	0.2	0	P	0.193	0.201	0	0
	138	0	30.45	16.06	0	0.38	0	T	0.173	0.201	0	0
	139	0	30.81	16.57	0	0.36	0.51	A	0.173	0.201	0.802	-0.802
	140	0	31.16	16.77	0	0.36	0.2	T	0.173	0.188	0.325	-0.325
	141	0	31.2	17.31	0	0.03	0.54	M	0.157	0.168	0.802	-0.802
	142	0	31.2	17.31	0	0	0	I	0.154	0.114	0	0
	143	0	31.6	17.51	0	0.4	0.2	L	0.154	0.134	0.325	-0.325
	144	0	31.6	17.51	0	0	0	A	0.134	0.134	0	0
	145	0	31.6	17.51	0	0	0	Y	0.134	0.134	0	0
	146	0	31.8	18.07	0	0.2	0.56	A	0.154	0.134	0.693	-0.693
	147	0	31.8	18.07	0	0	0	M	0.134	0.078	0	0
	148	0	32.17	18.07	0	0.38	0	R	0.178	0.098	0	0
	149	0	32.53	18.45	0	0.36	0.38	V	0.14	0.18	0.5	-0.5
	150	0	32.73	18.45	0	0.2	0	P	0.124	0.142	0	0
	151	0	32.73	18.45	0	0	0	E	0.142	0.142	0	0
	152	0	32.73	18.65	0	0	0.2	V	0.178	0.142	0.325	-0.325
	153	0	32.93	18.85	0	0.2	0.2	I	0.178	0.122	0.325	-0.325
	154	0	32.93	18.85	0	0	0	I	0.178	0.102	0	0
	155	0	33.13	18.85	0	0.2	0	D	0.198	0.102	0	0
	156	0	33.13	18.85	0	0	0	I	0.178	0.122	0	0
	157	0	33.57	19.05	0	0.44	0.2	I	0.225	0.122	0.325	-0.325
	158	0	33.57	19.87	0	0	0.82	G	0.181	0.102	1.089	-1.089
	159	0	33.77	19.87	0	0.2	0	G	0.27	0.02	0	0
	160	0	34.15	19.87	0	0.38	0	A	0.25	0.02	0	0
	161	0	34.51	19.87	0	0.36	0	H	0.232	0.02	0	0
	162	0	34.51	19.87	0	0	0	W	0.196	0.02	0	0
	163	0	34.71	19.87	0	0.2	0	G	0.227	0.02	0	0
	164	0	34.91	19.87	0	0.2	0	V	0.207	0.02	0	0
	165	0	34.91	20.07	0	0	0.2	M	0.207	0.02	0.325	-0.325
	166	0	35.37	20.07	0	0.47	0	F	0.227	0	0	0
	167	0	35.37	20.07	0	0	0	G	0.2	0	0	0
	168	0	36.26	20.07	0	0.89	0	L	0.2	0	0	0
	169	0	36.26	20.07	0	0	0	A	0.147	0	0	0
	170	0	36.46	20.07	0	0.2	0	Y	0.2	0	0	0
	171	0	36.46	20.07	0	0	0	F	0.18	0	0	0
	172	0	36.77	20.07	0	0.31	0	S	0.18	0.056	0	0
	173	0	36.77	20.07	0	0	0	M	0.149	0.056	0	0
	174	0	36.97	20.07	0	0.2	0	Q	0.169	0.056	0	0
	175	0	37.17	20.07	0	0.2	0	G	0.2	0.056	0	0
	176	0	37.37	20.07	0	0.2	0	A	0.236	0.056	0	0
	177	0	37.37	20.07	0	0	0	W	0.256	0.056	0	0
	178	0	37.73	20.07	0	0.36	0	A	0.274	0.1	0	0
	179	0	38.26	20.07	0	0.53	0	K	0.258	0.12	0	0
	180	0	38.26	20.07	0	0	0	V	0.205	0.12	0	0
	181	0	38.26	20.63	0	0	0.56	I	0.225	0.12	0.802	-0.802
	182	0	38.26	20.63	0	0	0	V	0.225	0.064	0	0
	183	0	38.46	20.63	0	0.2	0	I	0.225	0.064	0	0
	184	0	38.97	20.63	0	0.51	0	L	0.227777778	0.071111111	0	0
	185	0	39.53	20.63	0	0.56	0	L	0.1925	0.08	0	0
	186	0	39.93	20.63	0	0.4	0	L	0.14	0.091428571	0	0
	187	0	40.11	21.07	0	0.18	0.44	A	0.096666667	0.106666667	0.693	-0.693
	188	0	40.31	21.27	0	0.2	0.2	A	0.08	0.04	0.325	-0.325
	189	0	40.31	21.27	0	0	0	G	0.05	0	0	0
	190	0	40.51	21.27	0	0.2	0	V	0.066666667	0	0	0
	191	0	40.51	21.27	0	0	0	D	0	0	0	0
	192	0	40.51	21.27	0	0	0	A	0	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov