HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	192						
#k	The	average	behavior	for	3240	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	nonsyn10	entropy	Hq
	1	0	0.32	0.21	0	0.32	0.21	Y	0.153	0.164	0.363	-0.363
	2	0	0.59	0.26	0	0.27	0.05	E	0.126	0.153	0.116	-0.116
	3	0	0.59	0.26	0	0	0	V	0.104	0.148	0	0
	4	0	0.73	0.45	0	0.14	0.19	R	0.111	0.148	0.363	-0.363
	5	0	0.73	0.45	0	0	0	N	0.102	0.129	0	0
	6	0	0.95	0.79	0	0.22	0.34	V	0.107	0.129	0.569	-0.569
	7	0	0.98	0.79	0	0.02	0	S	0.097	0.095	0	0
	8	0	1.07	0.79	0	0.1	0	G	0.097	0.095	0	0
	9	0	1.42	1.64	0	0.34	0.85	M	0.087	0.095	1.274	-1.274
	10	0	1.53	1.64	0	0.12	0	Y	0.06	0.028	0	0
	11	0	1.58	1.74	0	0.05	0.1	H	0.09	0.03	0.248	-0.248
	12	0	1.63	1.74	0	0.05	0	V	0.108	0.022	0	0
	13	0	1.7	1.74	0	0.07	0	T	0.105	0.024	0	0
	14	0	1.75	1.74	0	0.05	0	N	0.103	0.029	0	0
	15	0	1.8	1.74	0	0.05	0	D	0.1	0.034	0	0
	16	0	1.92	1.74	0	0.12	0	C	0.111	0.061	0	0
	17	0	1.94	1.74	0	0.02	0	S	0.105	0.079	0	0
	18	0	1.94	1.74	0	0	0	N	0.103	0.084	0	0
	19	0	2.02	1.92	0	0.07	0.18	S	0.107	0.138	0.378	-0.378
	20	0	2.44	1.95	0	0.42	0.02	S	0.122	0.12	0.067	-0.067
	21	0	2.66	1.97	0	0.23	0.02	I	0.08	0.128	0.067	-0.067
	22	0	2.69	1.99	0	0.02	0.02	V	0.108	0.131	0.067	-0.067
	23	0	2.74	2.04	0	0.05	0.05	Y	0.137	0.159	0.116	-0.116
	24	0	2.76	2.09	0	0.02	0.05	E	0.158	0.154	0.133	-0.133
	25	0	2.92	2.36	0	0.16	0.27	A	0.174	0.149	0.486	-0.486
	26	0	2.98	2.54	0	0.06	0.18	A	0.163	0.122	0.314	-0.314
	27	0	2.98	2.59	0	0	0.05	D	0.179	0.109	0.116	-0.116
	28	0	3.02	3.14	0	0.04	0.54	M	0.181	0.106	0.974	-0.974
	29	0	3.24	3.14	0	0.22	0	I	0.191	0.054	0	0
	30	0	3.24	3.23	0	0	0.1	M	0.215	0.054	0.224	-0.224
	31	0	3.75	3.28	0	0.51	0.05	H	0.215	0.058	0.133	-0.133
	32	0	4.05	3.58	0	0.31	0.3	T	0.175	0.06	0.583	-0.583
	33	0	4.31	3.58	0	0.26	0	P	0.177	0.138	0	0
	34	0	4.49	3.58	0	0.18	0	G	0.186	0.145	0	0
	35	0	4.54	3.58	0	0.05	0	C	0.182	0.202	0	0
	36	0	4.76	3.63	0	0.22	0.05	V	0.191	0.202	0.133	-0.133
	37	0	4.79	3.66	0	0.02	0.02	P	0.222	0.203	0.067	-0.067
	38	0	4.93	3.68	0	0.14	0.02	C	0.232	0.201	0.067	-0.067
	39	0	5.38	3.68	0	0.46	0	V	0.218	0.199	0	0
	40	0	5.38	3.83	0	0	0.14	R	0.197	0.209	0.263	-0.263
	41	0	5.5	3.9	0	0.11	0.07	E	0.209	0.195	0.182	-0.182
	42	0	5.83	4.98	0	0.33	1.08	N	0.224	0.191	1.47	-1.47
	43	0	6.18	5.05	0	0.35	0.07	N	0.227	0.088	0.133	-0.133
	44	0	6.32	5.62	0	0.14	0.57	S	0.197	0.081	0.906	-0.906
	45	0	6.46	5.62	0	0.14	0	S	0.202	0.024	0	0
	46	0	6.99	5.69	0	0.53	0.06	R	0.23	0.035	0.133	-0.133
	47	0	7.11	5.69	0	0.12	0	C	0.189	0.029	0	0
	48	0	7.11	5.69	0	0	0	W	0.191	0.029	0	0
	49	0	7.36	5.79	0	0.25	0.1	V	0.196	0.029	0.182	-0.182
	50	0	7.48	5.79	0	0.12	0	A	0.218	0.024	0	0
	51	0	7.74	5.81	0	0.26	0.03	L	0.232	0.136	0.067	-0.067
	52	0	8.1	5.86	0	0.36	0.05	T	0.217	0.155	0.116	-0.116
	53	0	8.14	5.86	0	0.05	0	P	0.186	0.196	0	0
	54	0	8.33	5.86	0	0.19	0	T	0.197	0.203	0	0
	55	0	8.75	5.97	0	0.42	0.11	L	0.216	0.21	0.067	-0.067
	56	0	8.87	5.97	0	0.12	0	A	0.181	0.228	0	0
	57	0	9.01	5.97	0	0.14	0	A	0.183	0.252	0	0
	58	0	9.05	5.97	0	0.05	0	R	0.173	0.272	0	0
	59	0	9.52	6.02	0	0.47	0.05	N	0.18	0.272	0.133	-0.133
	60	0	9.78	7.14	0	0.26	1.12	A	0.177	0.282	1.487	-1.487
	61	0	9.89	7.36	0	0.11	0.22	S	0.199	0.17	0.408	-0.408
	62	0	9.94	7.82	0	0.05	0.46	V	0.193	0.155	0.645	-0.645
	63	0	10.1	7.89	0	0.16	0.07	P	0.235	0.109	0.182	-0.182
	64	0	10.48	7.96	0	0.38	0.07	T	0.226	0.102	0.133	-0.133
	65	0	10.55	8.26	0	0.07	0.29	T	0.198	0.095	0.551	-0.551
	66	0	10.69	8.49	0	0.14	0.24	T	0.198	0.066	0.397	-0.397
	67	0	10.73	8.69	0	0.04	0.2	I	0.184	0.042	0.429	-0.429
	68	0	10.85	8.69	0	0.12	0	R	0.208	0.053	0	0
	69	0	11.29	8.84	0	0.44	0.15	R	0.208	0.053	0.263	-0.263
	70	0	11.78	8.84	0	0.48	0	H	0.18	0.056	0	0
	71	0	11.83	8.91	0	0.05	0.07	V	0.137	0.087	0.158	-0.158
	72	0	12.29	8.91	0	0.47	0	D	0.173	0.089	0	0
	73	0	12.36	8.91	0	0.07	0	L	0.138	0.091	0	0
	74	0	12.46	8.91	0	0.1	0	L	0.165	0.098	0	0
	75	0	12.53	8.91	0	0.07	0	V	0.155	0.098	0	0
	76	0	12.53	8.91	0	0	0	G	0.168	0.098	0	0
	77	0	12.81	9.22	0	0.28	0.31	A	0.17	0.1	0.531	-0.531
	78	0	12.92	9.22	0	0.12	0	A	0.171	0.074	0	0
	79	0	13.09	9.4	0	0.16	0.18	T	0.19	0.074	0.36	-0.36
	80	0	13.14	9.71	0	0.05	0.31	F	0.198	0.061	0.479	-0.479
	81	0	13.54	9.79	0	0.41	0.09	C	0.198	0.03	0.182	-0.182
	82	0	13.66	9.82	0	0.12	0.02	S	0.171	0.021	0.067	-0.067
	83	0	14	9.89	0	0.34	0.07	A	0.181	0.019	0.158	-0.158
	84	0	14	9.89	0	0	0	M	0.174	0.026	0	0
	85	0	14.2	9.89	0	0.2	0	Y	0.194	0.044	0	0
	86	0	14.23	9.91	0	0.02	0.02	V	0.215	0.046	0.067	-0.067
	87	0	14.51	9.97	0	0.29	0.05	G	0.231	0.062	0.133	-0.133
	88	0	14.82	9.97	0	0.31	0	D	0.23	0.062	0	0
	89	0	15.06	10.01	0	0.24	0.05	L	0.213	0.062	0.116	-0.116
	90	0	15.11	10.01	0	0.05	0	C	0.205	0.057	0	0
	91	0	15.25	10.01	0	0.14	0	G	0.207	0.059	0	0
	92	0	15.46	10.01	0	0.22	0	S	0.203	0.066	0	0
	93	0	15.74	10.16	0	0.27	0.14	V	0.195	0.078	0.297	-0.297
	94	0	15.94	10.34	0	0.2	0.18	F	0.209	0.064	0.322	-0.322
	95	0	16.35	10.36	0	0.41	0.02	L	0.207	0.046	0.067	-0.067
	96	0	16.53	10.54	0	0.18	0.18	I	0.18	0.046	0.322	-0.322
	97	0	16.8	10.59	0	0.28	0.05	S	0.172	0.057	0.116	-0.116
	98	0	16.94	10.59	0	0.14	0	Q	0.16	0.096	0	0
	99	0	17.11	10.59	0	0.16	0	L	0.151	0.133	0	0
	100	0	17.18	10.61	0	0.07	0.02	F	0.176	0.144	0.067	-0.067
	101	0	17.27	10.69	0	0.1	0.07	T	0.206	0.173	0.133	-0.133
	102	0	17.41	10.81	0	0.14	0.12	F	0.223	0.171	0.273	-0.273
	103	0	17.82	10.81	0	0.41	0	S	0.218	0.173	0	0
	104	0	18	10.81	0	0.18	0	P	0.191	0.173	0	0
	105	0	18.14	10.83	0	0.14	0.02	R	0.207	0.175	0.067	-0.067
	106	0	18.25	11.12	0	0.1	0.29	Q	0.222	0.173	0.621	-0.621
	107	0	18.41	11.56	0	0.16	0.44	H	0.241	0.144	0.628	-0.628
	108	0	18.46	11.94	0	0.05	0.37	E	0.241	0.131	0.661	-0.661
	109	0	18.87	12.05	0	0.41	0.11	T	0.243	0.094	0.182	-0.182
	110	0	19.24	12.36	0	0.37	0.31	V	0.222	0.083	0.566	-0.566
	111	0	19.51	12.41	0	0.27	0.05	Q	0.195	0.052	0.133	-0.133
	112	0	19.6	12.55	0	0.09	0.14	D	0.197	0.052	0.328	-0.328
	113	0	19.74	12.55	0	0.14	0	C	0.222	0.076	0	0
	114	0	20.08	12.58	0	0.34	0.02	N	0.22	0.12	0.067	-0.067
	115	0	20.37	12.58	0	0.29	0	C	0.218	0.12	0	0
	116	0	20.66	12.58	0	0.29	0	S	0.23	0.12	0	0
	117	0	20.82	12.88	0	0.16	0.31	I	0.23	0.12	0.479	-0.479
	118	0	20.89	12.88	0	0.07	0	Y	0.214	0.089	0	0
	119	0	21.09	12.88	0	0.2	0	P	0.237	0.089	0	0
	120	0	21.19	12.88	0	0.1	0	G	0.217	0.089	0	0
	121	0	21.48	12.93	0	0.29	0.05	H	0.225	0.089	0.116	-0.116
	122	0	21.82	13.32	0	0.34	0.38	V	0.196	0.086	0.708	-0.708
	123	0	21.94	13.76	0	0.12	0.44	S	0.162	0.05	0.628	-0.628
	124	0	22.26	13.78	0	0.32	0.02	G	0.15	0.006	0.067	-0.067
	125	0	22.67	13.78	0	0.41	0	H	0.136	0.004	0	0
	126	0	22.96	13.78	0	0.29	0	R	0.095	0.004	0	0
	127	0	22.96	13.78	0	0	0	M	0.116	0.004	0	0
	128	0	23.26	13.78	0	0.3	0	A	0.147	0.004	0	0
	129	0	23.26	13.78	0	0	0	W	0.129	0.011	0	0
	130	0	23.44	13.78	0	0.18	0	D	0.149	0.063	0	0
	131	0	23.44	13.81	0	0	0.02	M	0.161	0.065	0.067	-0.067
	132	0	23.44	13.83	0	0	0.02	M	0.216	0.067	0.067	-0.067
	133	0	23.44	13.83	0	0	0	M	0.235	0.071	0	0
	134	0	23.62	13.83	0	0.18	0	N	0.284	0.076	0	0
	135	0	23.62	13.83	0	0	0	W	0.268	0.076	0	0
	136	0	24.12	13.83	0	0.5	0	S	0.277	0.078	0	0
	137	0	24.43	13.83	0	0.31	0	P	0.283	0.084	0	0
	138	0	24.55	13.9	0	0.12	0.07	T	0.257	0.086	0.182	-0.182
	139	0	24.75	14.43	0	0.2	0.52	A	0.247	0.079	0.74	-0.74
	140	0	25.05	14.45	0	0.3	0.02	A	0.227	0.029	0.067	-0.067
	141	0	25.6	14.49	0	0.55	0.04	L	0.222	0.029	0.067	-0.067
	142	0	25.79	14.55	0	0.19	0.06	V	0.172	0.025	0.133	-0.133
	143	0	26.28	14.6	0	0.49	0.05	V	0.202	0.033	0.133	-0.133
	144	0	26.31	14.6	0	0.02	0	S	0.16	0.069	0	0
	145	0	26.4	14.63	0	0.09	0.02	Q	0.16	0.112	0.067	-0.067
	146	0	26.96	14.69	0	0.56	0.06	L	0.194	0.11	0.133	-0.133
	147	0	27.01	14.71	0	0.05	0.02	L	0.138	0.111	0.067	-0.067
	148	0	27.04	14.71	0	0.02	0	R	0.142	0.112	0	0
	149	0	27.04	14.74	0	0	0.02	I	0.16	0.135	0.067	-0.067
	150	0	27.29	14.76	0	0.25	0.02	P	0.174	0.133	0.067	-0.067
	151	0	27.33	14.76	0	0.05	0	Q	0.163	0.136	0	0
	152	0	27.82	14.9	0	0.49	0.14	A	0.163	0.136	0.273	-0.273
	153	0	27.89	15.31	0	0.07	0.41	V	0.114	0.122	0.675	-0.675
	154	0	27.91	15.74	0	0.02	0.43	M	0.127	0.081	0.757	-0.757
	155	0	28.34	15.74	0	0.43	0	D	0.127	0.056	0	0
	156	0	28.34	15.81	0	0	0.07	M	0.131	0.058	0.182	-0.182
	157	0	28.44	15.83	0	0.09	0.03	V	0.131	0.053	0.067	-0.067
	158	0	28.64	16.07	0	0.2	0.23	A	0.129	0.05	0.485	-0.485
	159	0	28.78	16.07	0	0.14	0	G	0.138	0.032	0	0
	160	0	28.92	16.12	0	0.14	0.05	A	0.134	0.032	0.133	-0.133
	161	0	28.97	16.12	0	0.05	0	H	0.125	0.027	0	0
	162	0	28.97	16.12	0	0	0	W	0.127	0.027	0	0
	163	0	29.17	16.12	0	0.2	0	G	0.129	0.037	0	0
	164	0	29.2	16.3	0	0.02	0.18	V	0.109	0.037	0.36	-0.36
	165	0	29.67	16.33	0	0.47	0.02	L	0.123	0.044	0.067	-0.067
	166	0	29.67	16.35	0	0	0.02	A	0.088	0.045	0.067	-0.067
	167	0	29.74	16.35	0	0.07	0	G	0.1	0.045	0	0
	168	0	30.04	16.4	0	0.29	0.05	L	0.093	0.045	0.116	-0.116
	169	0	30.13	16.4	0	0.1	0	A	0.074	0.04	0	0
	170	0	30.18	16.4	0	0.05	0	Y	0.066	0.04	0	0
	171	0	30.25	16.4	0	0.07	0	Y	0.111	0.04	0	0
	172	0	30.28	16.5	0	0.02	0.1	S	0.148	0.045	0.224	-0.224
	173	0	30.28	16.5	0	0	0	M	0.148	0.053	0	0
	174	0	30.44	16.75	0	0.16	0.25	V	0.158	0.055	0.436	-0.436
	175	0	30.56	16.77	0	0.12	0.03	G	0.142	0.045	0.067	-0.067
	176	0	30.67	16.8	0	0.12	0.02	N	0.161	0.042	0.067	-0.067
	177	0	30.67	16.8	0	0	0	W	0.181	0.04	0	0
	178	0	30.77	16.8	0	0.1	0	A	0.207	0.04	0	0
	179	0	30.79	16.8	0	0.02	0	K	0.223	0.042	0	0
	180	0	31.29	16.8	0	0.5	0	V	0.231	0.042	0	0
	181	0	31.73	16.84	0	0.44	0.05	L	0.207	0.047	0.067	-0.067
	182	0	31.76	17.03	0	0.02	0.18	I	0.181	0.042	0.36	-0.36
	183	0	31.85	17.05	0	0.1	0.02	V	0.197	0.034	0.067	-0.067
	184	0	31.85	17.2	0	0	0.15	L	0.207777778	0.035555556	0.231	-0.231
	185	0	32.17	17.2	0	0.31	0	L	0.23375	0.02125	0	0
	186	0	32.49	17.2	0	0.32	0	L	0.222857143	0.024285714	0	0
	187	0	32.74	17.2	0	0.26	0	F	0.206666667	0.028333333	0	0
	188	0	33.01	17.22	0	0.26	0.02	A	0.196	0.034	0.067	-0.067
	189	0	33.1	17.22	0	0.1	0	G	0.18	0.0375	0	0
	190	0	33.36	17.27	0	0.26	0.05	V	0.206666667	0.05	0.116	-0.116
	191	0	33.54	17.27	0	0.18	0	D	0.18	0.05	0	0
	192	0	33.72	17.37	0	0.18	0.1	G	0.18	0.1	0.224	-0.224
												-0.377



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov