HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	192						
#k	The	average	behavior	for	1711	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0.03	0.03	0.19	0.03	0.03	0.19	Y	0.19	0.105	0.455	-0.455
	2	0.07	0.11	0.31	0.03	0.08	0.11	Q	0.213	0.086	0.318	-0.318
	3	0.1	0.59	0.4	0.03	0.47	0.09	V	0.212	0.075	0.172	-0.172
	4	0.14	0.62	0.4	0.03	0.03	0	R	0.168	0.066	0.086	-0.086
	5	0.17	0.8	0.4	0.03	0.18	0	N	0.196	0.066	0.086	-0.086
	6	0.2	0.9	0.46	0.03	0.1	0.07	S	0.188	0.069	0.257	-0.257
	7	0.24	1.03	0.95	0.03	0.13	0.49	T	0.178	0.062	0.767	-0.767
	8	0.27	1.52	0.95	0.03	0.5	0	G	0.195	0.013	0.086	-0.086
	9	0.31	1.8	1.05	0.03	0.28	0.1	L	0.166	0.013	0.318	-0.318
	10	0.34	1.9	1.05	0.03	0.1	0	Y	0.141	0.003	0.086	-0.086
	11	0.37	2.16	1.05	0.03	0.26	0	H	0.147	0.016	0.086	-0.086
	12	0.41	2.22	1.05	0.03	0.07	0	V	0.128	0.016	0.086	-0.086
	13	0.41	2.26	1.05	0	0.03	0	T	0.128	0.016	0	0
	14	0.41	2.56	1.05	0	0.31	0	N	0.132	0.029	0	0
	15	0.41	2.66	1.09	0	0.1	0.03	D	0.108	0.029	0.086	-0.086
	16	0.41	2.66	1.09	0	0	0	C	0.119	0.083	0	0
	17	0.41	2.96	1.09	0	0.3	0	P	0.132	0.139	0	0
	18	0.41	3.17	1.09	0	0.21	0	N	0.118	0.149	0	0
	19	0.41	3.21	1.09	0	0.03	0	S	0.11	0.201	0	0
	20	0.41	3.36	1.22	0	0.16	0.13	S	0.136	0.201	0.148	-0.148
	21	0.41	3.43	1.22	0	0.07	0	I	0.174	0.188	0	0
	22	0.41	3.5	1.22	0	0.07	0	V	0.193	0.188	0	0
	23	0.41	3.56	1.35	0	0.07	0.13	Y	0.205	0.248	0.295	-0.295
	24	0.41	3.63	1.35	0	0.07	0	E	0.208	0.235	0	0
	25	0.41	3.84	1.93	0	0.21	0.57	T	0.211	0.235	0.814	-0.814
	26	0.41	3.97	2.49	0	0.13	0.56	A	0.203	0.178	1.017	-1.017
	27	0.41	4.13	2.58	0	0.16	0.1	D	0.2	0.132	0.201	-0.201
	28	0.41	4.25	3.1	0	0.13	0.52	A	0.187	0.122	0.918	-0.918
	29	0.41	4.54	3.1	0	0.29	0	I	0.177	0.07	0	0
	30	0.41	5.08	3.11	0	0.54	0	L	0.161	0.073	0	0
	31	0.41	5.34	3.11	0	0.26	0	H	0.123	0.096	0	0
	32	0.41	5.53	3.7	0	0.19	0.6	T	0.097	0.103	0.965	-0.965
	33	0.41	5.63	3.7	0	0.1	0	P	0.115	0.056	0	0
	34	0.41	5.73	3.7	0	0.1	0	G	0.118	0.069	0	0
	35	0.41	5.86	3.7	0	0.13	0	C	0.115	0.139	0	0
	36	0.41	5.96	3.8	0	0.1	0.1	V	0.107	0.157	0.233	-0.233
	37	0.41	5.99	3.8	0	0.03	0	P	0.137	0.191	0	0
	38	0.41	6.03	3.8	0	0.03	0	C	0.147	0.191	0	0
	39	0.41	6.15	3.84	0	0.13	0.03	V	0.144	0.191	0.086	-0.086
	40	0.41	6.31	4.07	0	0.16	0.23	R	0.134	0.188	0.371	-0.371
	41	0.41	6.31	4.14	0	0	0.07	E	0.125	0.187	0.172	-0.172
	42	0.41	6.68	4.27	0	0.37	0.13	G	0.134	0.236	0.286	-0.286
	43	0.41	6.81	4.4	0	0.13	0.13	N	0.097	0.271	0.233	-0.233
	44	0.41	6.87	5.1	0	0.07	0.7	A	0.103	0.261	1.193	-1.193
	45	0.41	6.92	5.28	0	0.05	0.18	S	0.12	0.194	0.201	-0.201
	46	0.41	7.33	5.73	0	0.4	0.44	R	0.137	0.179	0.628	-0.628
	47	0.41	7.45	5.73	0	0.13	0	C	0.1	0.138	0	0
	48	0.41	7.45	5.73	0	0	0	W	0.097	0.141	0	0
	49	0.41	7.49	5.73	0	0.03	0	V	0.105	0.156	0	0
	50	0.41	7.56	5.95	0	0.07	0.22	A	0.123	0.163	0.417	-0.417
	51	0.41	7.65	6.51	0	0.09	0.56	M	0.119	0.148	0.903	-0.903
	52	0.41	7.65	6.98	0	0	0.48	T	0.133	0.122	0.66	-0.66
	53	0.41	7.83	7.02	0	0.19	0.03	P	0.143	0.081	0.086	-0.086
	54	0.41	8.07	7.05	0	0.24	0.03	T	0.131	0.085	0.086	-0.086
	55	0.41	8.29	7.09	0	0.22	0.03	V	0.123	0.108	0.086	-0.086
	56	0.41	8.32	7.12	0	0.03	0.03	A	0.104	0.124	0.086	-0.086
	57	0.41	8.42	7.15	0	0.1	0.03	T	0.109	0.126	0.086	-0.086
	58	0.41	8.5	7.3	0	0.08	0.15	R	0.109	0.126	0.286	-0.286
	59	0.41	8.72	7.37	0	0.21	0.07	D	0.111	0.111	0.086	-0.086
	60	0.41	8.75	7.44	0	0.03	0.07	G	0.135	0.112	0.086	-0.086
	61	0.41	8.98	7.74	0	0.23	0.3	N	0.168	0.115	0.531	-0.531
	62	0.41	9.08	7.81	0	0.1	0.07	L	0.152	0.088	0.086	-0.086
	63	0.41	9.15	7.87	0	0.07	0.07	P	0.158	0.081	0.086	-0.086
	64	0.41	9.3	8.14	0	0.16	0.26	T	0.16	0.082	0.427	-0.427
	65	0.41	9.34	8.32	0	0.03	0.19	T	0.163	0.059	0.375	-0.375
	66	0.41	9.42	8.38	0	0.08	0.05	Q	0.173	0.047	0.086	-0.086
	67	0.41	9.52	8.41	0	0.1	0.03	L	0.175	0.045	0.086	-0.086
	68	0.41	9.62	8.41	0	0.1	0	R	0.188	0.079	0	0
	69	0.41	10.07	8.49	0	0.45	0.08	R	0.197	0.079	0.086	-0.086
	70	0.41	10.43	8.58	0	0.36	0.1	H	0.162	0.074	0.172	-0.172
	71	0.41	10.49	8.62	0	0.07	0.03	I	0.136	0.064	0.086	-0.086
	72	0.41	10.65	8.62	0	0.16	0	D	0.163	0.061	0	0
	73	0.41	10.74	8.7	0	0.09	0.08	L	0.157	0.061	0.086	-0.086
	74	0.41	10.93	8.73	0	0.19	0.03	L	0.158	0.056	0	0
	75	0.41	11.06	8.8	0	0.13	0.07	V	0.146	0.056	0.172	-0.172
	76	0.41	11.16	8.83	0	0.1	0.03	G	0.176	0.049	0.086	-0.086
	77	0.41	11.38	9.21	0	0.23	0.37	S	0.169	0.046	0.629	-0.629
	78	0.41	11.57	9.21	0	0.19	0	A	0.156	0.009	0	0
	79	0.41	11.67	9.24	0	0.1	0.03	T	0.147	0.009	0.086	-0.086
	80	0.41	11.77	9.24	0	0.1	0	L	0.195	0.013	0	0
	81	0.41	12.11	9.24	0	0.34	0	-	0.204	0.013	0	0
	82	0.41	12.21	9.24	0	0.1	0	S	0.17	0.013	0	0
	83	0.41	12.31	9.27	0	0.1	0.03	A	0.176	0.016	0.086	-0.086
	84	0.41	12.38	9.31	0	0.07	0.03	L	0.171	0.025	0	0
	85	0.41	12.81	9.31	0	0.43	0	Y	0.2	0.022	0	0
	86	0.41	12.84	9.31	0	0.03	0	V	0.173	0.022	0	0
	87	0.41	12.94	9.31	0	0.1	0	G	0.186	0.032	0	0
	88	0.41	13.04	9.31	0	0.1	0	D	0.212	0.042	0	0
	89	0.41	13.62	9.38	0	0.58	0.07	L	0.226	0.042	0.086	-0.086
	90	0.41	13.8	9.38	0	0.19	0	C	0.181	0.042	0	0
	91	0.41	13.8	9.38	0	0	0	G	0.2	0.045	0	0
	92	0.41	13.96	9.41	0	0.16	0.03	S	0.243	0.052	0.086	-0.086
	93	0.41	14.01	9.53	0	0.05	0.12	V	0.24	0.065	0.233	-0.233
	94	0.41	14.37	9.53	0	0.36	0	F	0.284	0.061	0	0
	95	0.41	14.53	9.53	0	0.16	0	L	0.258	0.061	0	0
	96	0.41	14.69	9.62	0	0.16	0.1	V	0.252	0.064	0.201	-0.201
	97	0.41	15.05	9.72	0	0.36	0.1	G	0.246	0.067	0.201	-0.201
	98	0.41	15.29	9.72	0	0.24	0	Q	0.229	0.08	0	0
	99	0.41	15.42	9.79	0	0.13	0.07	L	0.207	0.088	0.148	-0.148
	100	0.41	15.8	9.82	0	0.38	0.03	F	0.244	0.084	0.086	-0.086
	101	0.41	16.23	9.89	0	0.43	0.07	T	0.215	0.095	0.086	-0.086
	102	0.41	16.35	10.06	0	0.13	0.16	F	0.207	0.091	0.371	-0.371
	103	0.41	16.85	10.14	0	0.49	0.08	S	0.206	0.132	0.086	-0.086
	104	0.41	16.94	10.14	0	0.1	0	P	0.17	0.124	0	0
	105	0.41	17.04	10.17	0	0.1	0.03	-	0.21	0.124	0	0
	106	0.41	17.14	10.3	0	0.1	0.13	R	0.221	0.124	0.248	-0.248
	107	0.41	17.33	10.53	0	0.19	0.23	Y	0.232	0.114	0.417	-0.417
	108	0.41	17.34	10.61	0	0.02	0.08	W	0.222	0.118	0.086	-0.086
	109	0.41	17.85	10.65	0	0.5	0.03	-	0.27	0.11	0.086	-0.086
	110	0.41	17.94	10.78	0	0.09	0.14	T	0.223	0.114	0.148	-0.148
	111	0.41	18.29	10.82	0	0.35	0.03	Q	0.221	0.1	0.086	-0.086
	112	0.41	18.42	11.38	0	0.12	0.57	G	0.209	0.104	0.88	-0.88
	113	0.41	18.54	11.38	0	0.13	0	C	0.204	0.057	0	0
	114	0.41	19.05	11.38	0	0.5	0	N	0.207	0.077	0	0
	115	0.41	19.26	11.42	0	0.21	0.03	C	0.176	0.077	0.086	-0.086
	116	0.41	19.47	11.45	0	0.21	0.03	S	0.174	0.074	0.086	-0.086
	117	0.41	19.56	11.72	0	0.09	0.27	I	0.186	0.071	0.48	-0.48
	118	0.41	20.05	11.72	0	0.5	0	Y	0.177	0.044	0	0
	119	0.41	20.09	11.79	0	0.03	0.07	P	0.146	0.044	0.086	-0.086
	120	0.41	20.16	11.79	0	0.07	0	G	0.143	0.037	0	0
	121	0.41	20.39	11.86	0	0.23	0.07	H	0.146	0.037	0.172	-0.172
	122	0.41	20.46	11.96	0	0.07	0.1	I	0.123	0.03	0.233	-0.233
	123	0.41	20.62	12.15	0	0.16	0.2	T	0.116	0.02	0.201	-0.201
	124	0.41	20.8	12.15	0	0.19	0	G	0.1	0.003	0	0
	125	0.41	20.99	12.15	0	0.19	0	H	0.084	0.003	0	0
	126	0.41	21.32	12.15	0	0.33	0	R	0.065	0.003	0.086	-0.086
	127	0.41	21.32	12.15	0	0	0	M	0.048	0.003	0	0
	128	0.41	21.51	12.15	0	0.19	0	A	0.069	0.003	0	0
	129	0.41	21.51	12.15	0	0	0	W	0.098	0.003	0	0
	130	0.41	21.61	12.15	0	0.1	0	D	0.144	0.051	0	0
	131	0.41	21.61	12.15	0	0	0	M	0.15	0.051	0	0
	132	0.41	21.61	12.15	0	0	0	M	0.229	0.054	0	0
	133	0.41	21.61	12.19	0	0	0.03	M	0.262	0.068	0.086	-0.086
	134	0.41	21.64	12.19	0	0.03	0	N	0.286	0.127	0	0
	135	0.41	21.64	12.19	0	0	0	W	0.299	0.137	0	0
	136	0.41	21.8	12.19	0	0.16	0	S	0.302	0.137	0	0
	137	0.41	22.02	12.19	0	0.21	0	P	0.293	0.144	0	0
	138	0.41	22.49	12.19	0	0.48	0	T	0.275	0.144	0	0
	139	0.41	22.95	12.66	0	0.46	0.48	T	0.275	0.144	0.66	-0.66
	140	0.41	23.11	12.66	0	0.16	0	A	0.236	0.142	0	0
	141	0.41	23.9	12.7	0	0.79	0.03	L	0.271	0.142	0.086	-0.086
	142	0.41	24.23	12.83	0	0.33	0.14	L	0.195	0.139	0.295	-0.295
	143	0.41	24.47	13.46	0	0.24	0.62	V	0.165	0.128	0.885	-0.885
	144	0.41	24.63	13.56	0	0.16	0.1	A	0.141	0.076	0.257	-0.257
	145	0.41	24.66	13.56	0	0.03	0	Q	0.13	0.118	0	0
	146	0.41	24.73	13.63	0	0.07	0.07	L	0.137	0.118	0.148	-0.148
	147	0.41	24.76	13.63	0	0.03	0	L	0.13	0.114	0	0
	148	0.41	25.25	13.63	0	0.48	0	R	0.13	0.121	0	0
	149	0.41	25.32	14.08	0	0.07	0.46	I	0.085	0.124	0.64	-0.64
	150	0.41	25.83	14.08	0	0.51	0	P	0.097	0.082	0	0
	151	0.41	25.86	14.08	0	0.03	0	Q	0.097	0.085	0	0
	152	0.41	25.89	14.12	0	0.03	0.03	A	0.097	0.085	0.086	-0.086
	153	0.41	25.89	14.21	0	0	0.1	I	0.094	0.082	0.201	-0.201
	154	0.41	25.94	14.74	0	0.05	0.52	V	0.101	0.072	0.899	-0.899
	155	0.41	26.04	14.74	0	0.1	0	D	0.096	0.027	0	0
	156	0.41	26.04	14.77	0	0	0.03	M	0.14	0.027	0.086	-0.086
	157	0.41	26.07	14.84	0	0.03	0.07	I	0.142	0.035	0.172	-0.172
	158	0.41	26.11	14.87	0	0.03	0.03	A	0.142	0.031	0.086	-0.086
	159	0.41	26.3	14.91	0	0.19	0.04	G	0.146	0.045	0.086	-0.086
	160	0.41	26.81	14.94	0	0.51	0.03	A	0.137	0.048	0.086	-0.086
	161	0.41	26.84	14.94	0	0.03	0	H	0.121	0.045	0	0
	162	0.41	26.84	14.94	0	0	0	W	0.137	0.045	0	0
	163	0.41	26.91	14.94	0	0.07	0	G	0.14	0.048	0	0
	164	0.41	26.91	15.01	0	0	0.07	V	0.135	0.059	0.148	-0.148
	165	0.41	27.45	15.01	0	0.54	0	L	0.145	0.065	0	0
	166	0.41	27.47	15.12	0	0.02	0.11	A	0.104	0.068	0.172	-0.172
	167	0.41	27.51	15.15	0	0.03	0.03	G	0.109	0.06	0.086	-0.086
	168	0.41	27.57	15.32	0	0.07	0.17	I	0.106	0.057	0.318	-0.318
	169	0.41	27.67	15.39	0	0.1	0.07	A	0.115	0.04	0.172	-0.172
	170	0.41	28.02	15.39	0	0.35	0	Y	0.108	0.033	0	0
	171	0.41	28.21	15.39	0	0.19	0	F	0.089	0.033	0	0
	172	0.41	28.24	15.42	0	0.03	0.03	S	0.092	0.061	0.086	-0.086
	173	0.41	28.26	15.53	0	0.02	0.11	M	0.138	0.076	0.172	-0.172
	174	0.41	28.36	15.66	0	0.1	0.13	V	0.139	0.065	0.248	-0.248
	175	0.41	28.49	15.69	0	0.13	0.03	G	0.139	0.052	0.086	-0.086
	176	0.41	28.56	15.73	0	0.07	0.03	N	0.183	0.052	0.086	-0.086
	177	0.41	28.56	15.73	0	0	0	W	0.23	0.049	0	0
	178	0.41	28.72	15.73	0	0.16	0	A	0.254	0.049	0	0
	179	0.41	28.75	15.73	0	0.03	0	K	0.248	0.059	0	0
	180	0.41	28.91	15.73	0	0.16	0	V	0.252	0.075	0	0
	181	0.41	29.14	16.01	0	0.22	0.28	L	0.279	0.075	0.48	-0.48
	182	0.41	29.63	16.19	0	0.49	0.18	V	0.303	0.047	0.347	-0.347
	183	0.41	29.66	16.19	0	0.03	0	V	0.27	0.032	0	0
	184	0.41	29.76	16.19	0	0.1	0	L	0.296666667	0.035555556	0	0
	185	0.41	30.33	16.22	0	0.57	0.03	L	0.32125	0.04	0.086	-0.086
	186	0.41	30.88	16.22	0	0.54	0	L	0.285714286	0.041428571	0	0
	187	0.41	31.12	16.22	0	0.24	0	F	0.243333333	0.048333333	0	0
	188	0.41	31.22	16.32	0	0.1	0.1	A	0.244	0.058	0.233	-0.233
	189	0.41	31.28	16.48	0	0.07	0.16	G	0.28	0.0475	0.29	-0.29
	190	0.41	31.71	16.48	0	0.43	0	V	0.35	0.01	0	0
	191	0.41	32.16	16.48	0	0.46	0	D	0.31	0.015	0	0
	192	0.41	32.33	16.51	0	0.16	0.03	A	0.16	0.03	0.086	-0.086
												0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov