HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	192						
#k	The	average	behavior	for	10731	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0.01	0.49	0.33	0.01	0.49	0.33	V	0.325	0.343	0.558	-0.558
	2	0.03	0.7	0.87	0.01	0.21	0.54	E	0.29	0.323	0.844	-0.844
	3	0.04	0.98	0.9	0.01	0.29	0.04	V	0.276	0.27	0.081	-0.081
	4	0.05	1.09	1.07	0.01	0.1	0.17	R	0.299	0.266	0.341	-0.341
	5	0.07	1.16	1.07	0.01	0.08	0	N	0.336	0.249	0.041	-0.041
	6	0.08	1.68	2.14	0.01	0.51	1.07	S	0.377	0.25	1.107	-1.107
	7	0.1	2.2	2.51	0.01	0.53	0.36	S	0.333	0.143	0.536	-0.536
	8	0.11	2.52	2.57	0.01	0.32	0.06	G	0.327	0.157	0.122	-0.122
	9	0.12	3.14	3.43	0.01	0.62	0.86	V	0.309	0.151	1.469	-1.469
	10	0.14	3.25	3.43	0.01	0.1	0	Y	0.297	0.086	0.041	-0.041
	11	0.15	3.39	3.56	0.01	0.14	0.13	H	0.337	0.101	0.265	-0.265
	12	0.16	3.45	3.57	0.01	0.07	0.01	V	0.34	0.093	0.081	-0.081
	13	0.16	3.98	3.57	0	0.52	0	T	0.338	0.099	0	0
	14	0.16	4.44	3.57	0	0.47	0	N	0.334	0.114	0	0
	15	0.16	4.93	3.59	0	0.49	0.01	D	0.292	0.119	0.041	-0.041
	16	0.16	5	3.59	0	0.07	0	C	0.294	0.167	0	0
	17	0.16	5.47	4.08	0	0.47	0.5	P	0.334	0.214	0.718	-0.718
	18	0.16	5.61	4.08	0	0.14	0	N	0.334	0.181	0	0
	19	0.16	6.11	4.29	0	0.5	0.21	A	0.356	0.302	0.342	-0.342
	20	0.16	6.61	4.44	0	0.5	0.15	S	0.332	0.284	0.113	-0.113
	21	0.16	6.78	4.49	0	0.17	0.05	V	0.301	0.328	0.125	-0.125
	22	0.16	6.83	4.56	0	0.05	0.07	V	0.331	0.326	0.113	-0.113
	23	0.16	7.31	4.71	0	0.48	0.15	Y	0.379	0.378	0.308	-0.308
	24	0.16	7.36	4.76	0	0.05	0.05	E	0.39	0.363	0.153	-0.153
	25	0.16	7.87	5.25	0	0.51	0.49	T	0.4	0.358	0.762	-0.762
	26	0.16	8.33	5.72	0	0.47	0.47	E	0.398	0.309	0.842	-0.842
	27	0.16	8.81	5.89	0	0.47	0.17	S	0.406	0.271	0.361	-0.361
	28	0.16	9.17	7.1	0	0.36	1.21	L	0.408	0.255	1.599	-1.599
	29	0.16	9.43	7.13	0	0.26	0.03	I	0.382	0.137	0.072	-0.072
	30	0.16	9.62	7.71	0	0.19	0.59	M	0.393	0.139	0.749	-0.749
	31	0.16	10.09	7.74	0	0.47	0.03	H	0.423	0.104	0.081	-0.081
	32	0.16	10.62	8.34	0	0.53	0.59	L	0.383	0.112	1.005	-1.005
	33	0.16	11.21	8.34	0	0.59	0	P	0.379	0.151	0	0
	34	0.16	11.36	8.34	0	0.15	0	G	0.347	0.16	0	0
	35	0.16	11.85	8.34	0	0.49	0	C	0.346	0.256	0	0
	36	0.16	12.4	8.43	0	0.55	0.09	V	0.352	0.263	0.234	-0.234
	37	0.16	12.89	8.44	0	0.49	0.01	P	0.364	0.334	0.041	-0.041
	38	0.16	12.99	8.47	0	0.1	0.03	C	0.364	0.333	0.081	-0.081
	39	0.16	13.37	8.52	0	0.37	0.05	V	0.354	0.33	0.113	-0.113
	40	0.16	13.86	8.76	0	0.49	0.24	R	0.37	0.332	0.403	-0.403
	41	0.16	13.94	8.88	0	0.07	0.11	E	0.335	0.324	0.265	-0.265
	42	0.16	14.42	9.86	0	0.49	0.98	G	0.379	0.379	1.263	-1.263
	43	0.16	14.69	9.95	0	0.27	0.09	N	0.382	0.314	0.171	-0.171
	44	0.16	14.83	10.91	0	0.14	0.96	A	0.37	0.306	1.541	-1.541
	45	0.16	15.38	10.98	0	0.55	0.07	S	0.38	0.215	0.1	-0.1
	46	0.16	16.05	11.79	0	0.67	0.8	R	0.387	0.263	0.495	-0.495
	47	0.16	16.54	11.79	0	0.49	0	C	0.373	0.184	0	0
	48	0.16	16.54	11.79	0	0	0	W	0.34	0.235	0	0
	49	0.16	17.06	11.86	0	0.53	0.07	V	0.347	0.246	0.153	-0.153
	50	0.16	17.2	12.01	0	0.14	0.16	S	0.334	0.295	0.35	-0.35
	51	0.16	17.71	12.67	0	0.51	0.66	L	0.341	0.383	1.036	-1.036
	52	0.16	18.23	13	0	0.52	0.33	S	0.301	0.419	0.565	-0.565
	53	0.16	18.39	13.02	0	0.15	0.01	P	0.258	0.455	0.041	-0.041
	54	0.16	18.63	13.07	0	0.24	0.05	T	0.256	0.463	0.113	-0.113
	55	0.16	19.26	13.62	0	0.62	0.55	I	0.297	0.481	0.78	-0.78
	56	0.16	19.79	13.64	0	0.53	0.01	A	0.242	0.459	0.041	-0.041
	57	0.16	19.95	14.15	0	0.16	0.51	A	0.24	0.569	0.736	-0.736
	58	0.16	20.01	14.25	0	0.07	0.11	K	0.274	0.576	0.229	-0.229
	59	0.16	20.41	14.81	0	0.4	0.56	D	0.283	0.565	0.819	-0.819
	60	0.16	20.63	15.86	0	0.21	1.04	P	0.304	0.526	1.608	-1.608
	61	0.16	20.74	16.88	0	0.11	1.02	S	0.327	0.427	1.212	-1.212
	62	0.16	20.83	17.57	0	0.09	0.69	V	0.321	0.374	1.134	-1.134
	63	0.16	20.96	17.66	0	0.13	0.09	P	0.351	0.305	0.225	-0.225
	64	0.16	21.61	17.89	0	0.65	0.23	V	0.387	0.303	0.394	-0.394
	65	0.16	21.68	18.22	0	0.07	0.33	S	0.371	0.288	0.646	-0.646
	66	0.16	22.19	19.33	0	0.51	1.11	E	0.416	0.258	1.082	-1.082
	67	0.16	22.69	19.91	0	0.5	0.58	I	0.369	0.152	0.856	-0.856
	68	0.16	22.85	19.91	0	0.16	0	R	0.368	0.205	0	0
	69	0.16	23.46	20.07	0	0.61	0.17	R	0.402	0.205	0.277	-0.277
	70	0.16	23.91	20.13	0	0.44	0.05	H	0.396	0.239	0.122	-0.122
	71	0.16	23.96	20.62	0	0.05	0.49	V	0.36	0.284	0.683	-0.683
	72	0.16	24.35	20.62	0	0.39	0	D	0.394	0.24	0	0
	73	0.16	24.84	20.69	0	0.49	0.07	L	0.409	0.241	0.163	-0.163
	74	0.16	25.34	20.77	0	0.49	0.08	I	0.411	0.239	0.165	-0.165
	75	0.16	25.86	20.8	0	0.52	0.03	V	0.388	0.305	0.081	-0.081
	76	0.16	25.9	20.86	0	0.04	0.05	G	0.369	0.302	0.122	-0.122
	77	0.16	26.39	21.96	0	0.49	1.11	A	0.372	0.3	1.246	-1.246
	78	0.16	26.89	21.96	0	0.5	0	A	0.344	0.192	0	0
	79	0.16	27.44	22.47	0	0.55	0.51	A	0.344	0.192	0.726	-0.726
	80	0.16	27.51	22.98	0	0.08	0.5	F	0.357	0.167	0.692	-0.692
	81	0.16	27.91	23.02	0	0.39	0.05	C	0.361	0.117	0.113	-0.113
	82	0.16	28.45	23.04	0	0.54	0.01	S	0.375	0.112	0.041	-0.041
	83	0.16	28.96	23.09	0	0.51	0.05	A	0.345	0.117	0.14	-0.14
	84	0.16	29.22	23.83	0	0.26	0.74	M	0.345	0.129	0.679	-0.679
	85	0.16	29.55	23.83	0	0.33	0	Y	0.365	0.07	0	0
	86	0.16	29.62	23.86	0	0.07	0.03	V	0.384	0.073	0.081	-0.081
	87	0.16	29.83	23.89	0	0.21	0.03	G	0.399	0.087	0.081	-0.081
	88	0.16	30.33	23.89	0	0.5	0	D	0.426	0.183	0	0
	89	0.16	31.01	24.15	0	0.68	0.26	L	0.424	0.183	0.153	-0.153
	90	0.16	31.12	24.15	0	0.12	0	C	0.374	0.168	0	0
	91	0.16	31.66	24.15	0	0.53	0	G	0.383	0.172	0	0
	92	0.16	31.9	24.21	0	0.24	0.06	S	0.356	0.181	0.113	-0.113
	93	0.16	32.4	24.38	0	0.51	0.17	I	0.346	0.192	0.36	-0.36
	94	0.16	32.86	24.54	0	0.46	0.15	F	0.366	0.178	0.283	-0.283
	95	0.16	33.38	24.56	0	0.52	0.03	L	0.372	0.163	0.081	-0.081
	96	0.16	33.6	24.73	0	0.22	0.17	V	0.373	0.211	0.337	-0.337
	97	0.16	34.08	25.72	0	0.48	0.99	G	0.4	0.223	0.784	-0.784
	98	0.16	34.56	25.72	0	0.48	0	Q	0.402	0.162	0	0
	99	0.16	34.74	25.83	0	0.18	0.11	I	0.358	0.274	0.212	-0.212
	100	0.16	34.95	25.87	0	0.21	0.04	F	0.389	0.277	0.122	-0.122
	101	0.16	35.21	25.97	0	0.26	0.09	T	0.414	0.382	0.184	-0.184
	102	0.16	35.35	26.13	0	0.14	0.17	F	0.437	0.377	0.395	-0.395
	103	0.16	36.06	26.16	0	0.71	0.03	S	0.434	0.395	0.041	-0.041
	104	0.16	36.57	26.16	0	0.52	0	P	0.378	0.392	0	0
	105	0.16	37.11	26.67	0	0.53	0.51	R	0.368	0.393	0.113	-0.113
	106	0.16	37.59	26.97	0	0.49	0.29	R	0.365	0.343	0.56	-0.56
	107	0.16	38.09	27.35	0	0.5	0.38	H	0.379	0.315	0.602	-0.602
	108	0.16	38.13	28.47	0	0.04	1.12	W	0.342	0.307	1.051	-1.051
	109	0.16	38.62	28.6	0	0.49	0.14	T	0.373	0.195	0.225	-0.225
	110	0.16	39.08	29.69	0	0.46	1.09	T	0.344	0.184	0.934	-0.934
	111	0.16	39.56	29.73	0	0.49	0.04	Q	0.308	0.075	0.113	-0.113
	112	0.16	39.68	30.08	0	0.11	0.35	D	0.308	0.079	0.668	-0.668
	113	0.16	39.83	30.08	0	0.15	0	C	0.32	0.11	0	0
	114	0.16	40.24	30.09	0	0.42	0.01	N	0.356	0.165	0.041	-0.041
	115	0.16	40.74	30.11	0	0.5	0.01	C	0.343	0.165	0.041	-0.041
	116	0.16	41.38	30.12	0	0.63	0.01	S	0.328	0.164	0.041	-0.041
	117	0.16	41.51	30.43	0	0.13	0.3	I	0.298	0.163	0.588	-0.588
	118	0.16	41.86	30.43	0	0.35	0	Y	0.285	0.133	0	0
	119	0.16	42.06	30.45	0	0.2	0.03	P	0.311	0.133	0.041	-0.041
	120	0.16	42.16	30.45	0	0.1	0	G	0.291	0.13	0	0
	121	0.16	42.65	30.53	0	0.49	0.08	H	0.299	0.13	0.181	-0.181
	122	0.16	42.89	31.19	0	0.23	0.66	V	0.25	0.123	0.967	-0.967
	123	0.16	43.4	31.73	0	0.51	0.55	T	0.227	0.058	0.757	-0.757
	124	0.16	43.69	31.75	0	0.29	0.01	G	0.176	0.004	0.041	-0.041
	125	0.16	44.04	31.75	0	0.35	0	H	0.163	0.003	0	0
	126	0.16	44.37	31.75	0	0.33	0	R	0.128	0.003	0.041	-0.041
	127	0.16	44.37	31.75	0	0	0	M	0.162	0.003	0	0
	128	0.16	44.98	31.75	0	0.61	0	A	0.193	0.003	0	0
	129	0.16	44.98	31.75	0	0	0	W	0.178	0.007	0	0
	130	0.16	45.16	31.75	0	0.18	0	D	0.226	0.062	0	0
	131	0.16	45.16	31.76	0	0	0.01	M	0.268	0.066	0.041	-0.041
	132	0.16	45.16	31.78	0	0	0.01	M	0.359	0.072	0.041	-0.041
	133	0.16	45.16	31.79	0	0	0.01	M	0.407	0.084	0.041	-0.041
	134	0.16	45.33	31.79	0	0.16	0	N	0.45	0.117	0	0
	135	0.16	45.33	31.79	0	0	0	W	0.486	0.168	0	0
	136	0.16	46	31.79	0	0.67	0	S	0.492	0.175	0	0
	137	0.16	46.31	31.79	0	0.31	0	P	0.522	0.184	0	0
	138	0.16	46.77	31.83	0	0.46	0.04	T	0.496	0.189	0.113	-0.113
	139	0.16	47.25	32.38	0	0.48	0.55	G	0.48	0.185	0.797	-0.797
	140	0.16	47.86	32.42	0	0.6	0.04	A	0.435	0.158	0.113	-0.113
	141	0.16	48.76	32.49	0	0.91	0.07	L	0.417	0.155	0.153	-0.153
	142	0.16	49.25	32.62	0	0.48	0.13	V	0.331	0.151	0.247	-0.247
	143	0.16	49.68	32.96	0	0.43	0.34	M	0.329	0.15	0.591	-0.591
	144	0.16	50.21	33.47	0	0.52	0.51	A	0.292	0.172	0.753	-0.753
	145	0.16	50.27	33.54	0	0.06	0.07	Q	0.244	0.187	0.113	-0.113
	146	0.16	51.24	33.63	0	0.97	0.09	L	0.272	0.18	0.181	-0.181
	147	0.16	51.3	33.69	0	0.05	0.05	L	0.175	0.179	0.113	-0.113
	148	0.16	51.6	33.69	0	0.3	0	R	0.202	0.248	0	0
	149	0.16	51.63	33.97	0	0.03	0.28	I	0.229	0.267	0.489	-0.489
	150	0.16	52.04	33.99	0	0.42	0.01	P	0.283	0.241	0.041	-0.041
	151	0.16	52.1	34.01	0	0.05	0.03	Q	0.28	0.244	0.072	-0.072
	152	0.16	52.56	34.13	0	0.46	0.12	A	0.28	0.241	0.27	-0.27
	153	0.16	52.62	34.7	0	0.06	0.56	V	0.234	0.229	0.814	-0.814
	154	0.16	52.65	35.36	0	0.04	0.66	V	0.249	0.173	1.113	-1.113
	155	0.16	53	35.36	0	0.34	0	D	0.248	0.12	0	0
	156	0.16	53	35.44	0	0	0.08	M	0.264	0.125	0.197	-0.197
	157	0.16	53.31	36.18	0	0.32	0.74	I	0.267	0.129	0.755	-0.755
	158	0.16	53.89	36.36	0	0.57	0.19	A	0.242	0.056	0.398	-0.398
	159	0.16	54.45	36.38	0	0.57	0.02	G	0.246	0.093	0.041	-0.041
	160	0.16	54.84	36.42	0	0.39	0.04	A	0.245	0.094	0.113	-0.113
	161	0.18	54.89	36.42	0.01	0.05	0	H	0.25	0.09	0.041	-0.041
	162	0.18	54.89	36.42	0	0	0	W	0.293	0.138	0	0
	163	0.19	55.11	36.42	0.01	0.21	0	G	0.298	0.145	0.041	-0.041
	164	0.19	55.13	36.55	0	0.03	0.13	V	0.278	0.149	0.271	-0.271
	165	0.2	55.63	36.6	0.01	0.5	0.05	L	0.288	0.16	0.153	-0.153
	166	0.2	55.66	36.72	0	0.03	0.12	A	0.251	0.158	0.181	-0.181
	167	0.2	55.72	36.73	0	0.07	0.01	G	0.258	0.155	0.041	-0.041
	168	0.2	56.33	37.29	0	0.61	0.56	L	0.251	0.154	0.844	-0.844
	169	0.2	56.89	37.32	0	0.56	0.03	A	0.243	0.098	0.081	-0.081
	170	0.22	57.33	37.32	0.01	0.44	0	Y	0.191	0.095	0.041	-0.041
	171	0.23	57.81	37.8	0.01	0.48	0.48	Y	0.201	0.095	0.716	-0.716
	172	0.24	57.86	37.87	0.01	0.05	0.07	S	0.209	0.066	0.206	-0.206
	173	0.26	57.87	37.91	0.01	0.01	0.04	M	0.252	0.121	0.122	-0.122
	174	0.27	58	38.15	0.01	0.13	0.24	V	0.259	0.122	0.464	-0.464
	175	0.29	58.13	38.18	0.01	0.13	0.03	G	0.252	0.153	0.122	-0.122
	176	0.3	58.23	38.28	0.01	0.1	0.09	N	0.321	0.151	0.184	-0.184
	177	0.31	58.23	38.28	0.01	0	0	W	0.379	0.144	0.041	-0.041
	178	0.33	58.76	38.28	0.01	0.53	0	A	0.406	0.149	0.041	-0.041
	179	0.34	58.8	38.28	0.01	0.04	0	K	0.376	0.154	0.041	-0.041
	180	0.37	59.34	38.28	0.03	0.54	0	V	0.382	0.161	0.072	-0.072
	181	0.39	59.89	38.47	0.03	0.56	0.19	V	0.376	0.166	0.434	-0.434
	182	0.42	60.38	39.08	0.03	0.48	0.62	V	0.351	0.147	0.859	-0.859
	183	0.45	60.45	39.14	0.03	0.08	0.05	V	0.323	0.134	0.184	-0.184
	184	0.48	60.52	39.68	0.03	0.06	0.55	L	0.35	0.143333333	0.815	-0.815
	185	0.5	61.34	39.7	0.03	0.82	0.01	L	0.38625	0.0925	0.113	-0.113
	186	0.53	62.02	39.72	0.03	0.68	0.02	L	0.324285714	0.104285714	0.072	-0.072
	187	0.56	62.29	39.77	0.03	0.27	0.05	F	0.265	0.118333333	0.153	-0.153
	188	0.58	62.52	39.83	0.03	0.23	0.05	A	0.264	0.132	0.212	-0.212
	189	0.61	62.62	39.89	0.03	0.1	0.07	G	0.2725	0.1525	0.22	-0.22
	190	0.64	63.11	39.94	0.03	0.48	0.05	V	0.33	0.18	0.184	-0.184
	191	0.67	63.42	39.94	0.03	0.31	0	D	0.255	0.245	0.072	-0.072
	192	0.69	63.62	40.43	0.03	0.2	0.49	A	0.2	0.49	0.788	-0.788



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov