HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	231	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.063	0.077	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.063	0.086	0	0
	3	0	0	0	0	0	0	T	0.063	0.095	0	0
	4	0	0	0.26	0	0	0.26	L	0.081	0.095	0.368	-0.368
	5	0	0.37	0.26	0	0.37	0	P	0.098	0.069	0	0
	6	0	0.37	0.35	0	0	0.09	K	0.106	0.069	0.185	-0.185
	7	0	0.61	0.35	0	0.25	0	P	0.106	0.092	0	0
	8	0	0.61	0.35	0	0	0	Q	0.129	0.092	0	0
	9	0	0.61	0.45	0	0	0.09	R	0.138	0.092	0.185	-0.185
	10	0	0.62	0.78	0	0.01	0.33	Q	0.163	0.083	0.576	-0.576
	11	0	0.62	0.87	0	0	0.09	T	0.162	0.153	0.185	-0.185
	12	0	0.62	0.96	0	0	0.09	K	0.179	0.144	0.185	-0.185
	13	0	0.8	0.96	0	0.18	0	R	0.212	0.135	0	0
	14	0	0.98	0.96	0	0.17	0	N	0.194	0.135	0	0
	15	0	1.43	0.96	0	0.45	0	T	0.177	0.135	0	0
	16	0	1.43	1.28	0	0	0.32	N	0.132	0.135	0.576	-0.576
	17	0	1.91	1.28	0	0.48	0	R	0.184	0.103	0	0
	18	0	2	1.28	0	0.09	0	R	0.175	0.103	0	0
	19	0	2.25	1.28	0	0.25	0	P	0.22	0.103	0	0
	20	0	2.25	2.31	0	0	1.03	Q	0.195	0.103	0.819	-0.819
	21	0	2.42	2.31	0	0.17	0	D	0.195	0	0	0
	22	0	2.75	2.31	0	0.33	0	V	0.223	0	0	0
	23	0	2.75	2.31	0	0	0	K	0.227	0.009	0	0
	24	0	2.75	2.31	0	0	0	F	0.227	0.009	0	0
	25	0	2.75	2.31	0	0	0	P	0.291	0.009	0	0
	26	0	3.27	2.31	0	0.52	0	G	0.291	0.009	0	0
	27	0	3.66	2.31	0	0.39	0	G	0.256	0.009	0	0
	28	0	4.2	2.31	0	0.54	0	G	0.278	0.009	0	0
	29	0	4.2	2.31	0	0	0	Q	0.224	0.009	0	0
	30	0	4.2	2.31	0	0	0	I	0.224	0.009	0	0
	31	0	4.66	2.31	0	0.45	0	V	0.224	0.018	0	0
	32	0	5.02	2.4	0	0.37	0.09	G	0.179	0.018	0.185	-0.185
	33	0	5.02	2.4	0	0	0	G	0.219	0.009	0	0
	34	0	5.66	2.4	0	0.64	0	V	0.311	0.023	0	0
	35	0	5.66	2.4	0	0	0	Y	0.247	0.023	0	0
	36	0	5.83	2.4	0	0.17	0	L	0.247	0.023	0	0
	37	0	6.45	2.4	0	0.61	0	L	0.23	0.023	0	0
	38	0	6.45	2.4	0	0	0	P	0.169	0.023	0	0
	39	0	6.45	2.4	0	0	0	R	0.208	0.023	0	0
	40	0	6.45	2.49	0	0	0.09	R	0.241	0.041	0.185	-0.185
	41	0	6.45	2.49	0	0	0	G	0.293	0.032	0	0
	42	0	7.22	2.49	0	0.77	0	P	0.302	0.032	0	0
	43	0	8.15	2.63	0	0.92	0.14	R	0.269	0.032	0	0
	44	0	8.15	2.63	0	0	0	L	0.239	0.018	0	0
	45	0	8.15	2.63	0	0	0	G	0.284	0.018	0	0
	46	0	8.15	2.63	0	0	0	V	0.335	0.018	0	0
	47	0	8.15	2.63	0	0	0	R	0.335	0.018	0	0
	48	0	8.53	2.63	0	0.39	0	A	0.344	0.018	0	0
	49	0	8.86	2.81	0	0.33	0.18	V	0.33	0.027	0.185	-0.185
	50	0	9.38	2.81	0	0.52	0	R	0.306	0.009	0	0
	51	0	9.47	2.81	0	0.09	0	K	0.306	0.009	0	0
	52	0	9.9	2.81	0	0.44	0	T	0.297	0.009	0	0
	53	0	10.52	2.81	0	0.62	0	S	0.295	0.009	0	0
	54	0	10.98	2.81	0	0.45	0	E	0.285	0.009	0	0
	55	0	11.48	2.81	0	0.51	0	R	0.303	0.009	0	0
	56	0	11.48	2.81	0	0	0	S	0.269	0.009	0	0
	57	0	11.57	2.81	0	0.09	0	Q	0.308	0.009	0	0
	58	0	11.82	2.91	0	0.25	0.09	P	0.33	0.009	0.185	-0.185
	59	0	11.91	2.91	0	0.09	0	R	0.344	0.031	0	0
	60	0	12.43	2.91	0	0.52	0	G	0.344	0.031	0	0
	61	0	12.43	2.91	0	0	0	R	0.318	0.107	0	0
	62	0	12.85	2.91	0	0.42	0	R	0.377	0.21	0	0
	63	0	13.37	2.91	0	0.52	0	Q	0.356	0.316	0	0
	64	0	13.99	2.91	0	0.63	0	P	0.313	0.316	0	0
	65	0	14.17	2.91	0	0.17	0	I	0.319	0.335	0	0
	66	0	14.55	2.91	0	0.39	0	P	0.302	0.466	0	0
	67	0	14.87	2.91	0	0.31	0	K	0.263	0.466	0	0
	68	0	15.26	3.22	0	0.39	0.31	A	0.265	0.503	0.474	-0.474
	69	0	15.35	3.22	0	0.09	0	R	0.257	0.472	0	0
	70	0	15.61	3.98	0	0.26	0.76	Q	0.3	0.472	1.169	-1.169
	71	0	16.2	5.01	0	0.59	1.03	P	0.351	0.396	1.275	-1.275
	72	0	16.41	6.07	0	0.21	1.06	T	0.317	0.293	0.819	-0.819
	73	0	16.5	6.07	0	0.09	0	G	0.359	0.204	0	0
	74	0	17.19	6.26	0	0.69	0.19	R	0.35	0.204	0	0
	75	0	17.19	7.57	0	0	1.31	H	0.326	0.185	1.275	-1.275
	76	0	17.19	7.57	0	0	0	W	0.382	0.054	0	0
	77	0	17.52	7.94	0	0.33	0.37	A	0.407	0.054	0.536	-0.536
	78	0	17.83	7.94	0	0.31	0	Q	0.445	0.017	0	0
	79	0	18.35	7.94	0	0.52	0	P	0.466	0.026	0	0
	80	0	19.12	7.94	0	0.77	0	G	0.423	0.026	0	0
	81	0	19.37	7.94	0	0.25	0	Y	0.355	0.035	0	0
	82	0	19.99	8.11	0	0.63	0.17	P	0.361	0.035	0.305	-0.305
	83	0	19.99	8.11	0	0	0	W	0.368	0.018	0	0
	84	0	20.45	8.11	0	0.45	0	P	0.368	0.018	0	0
	85	0	21.01	8.11	0	0.56	0	L	0.362	0.038	0	0
	86	0	21.25	8.11	0	0.25	0	Y	0.381	0.038	0	0
	87	0	21.96	8.11	0	0.71	0	G	0.356	0.038	0	0
	88	0	22.48	8.2	0	0.52	0.09	N	0.302	0.038	0.185	-0.185
	89	0	22.57	8.2	0	0.09	0	E	0.281	0.049	0	0
	90	0	22.66	8.29	0	0.09	0.09	G	0.297	0.049	0.185	-0.185
	91	0	22.97	8.29	0	0.31	0	C	0.288	0.04	0	0
	92	0	23.67	8.29	0	0.7	0	G	0.299	0.04	0	0
	93	0	23.67	8.29	0	0	0	W	0.274	0.04	0	0
	94	0	24.06	8.5	0	0.39	0.2	A	0.319	0.04	0.185	-0.185
	95	0	24.81	8.5	0	0.75	0	G	0.345	0.02	0	0
	96	0	24.81	8.5	0	0	0	W	0.339	0.02	0	0
	97	0	24.98	8.5	0	0.17	0	L	0.384	0.124	0	0
	98	0	25.29	8.7	0	0.31	0.2	L	0.367	0.124	0.368	-0.368
	99	0	25.54	8.7	0	0.25	0	S	0.345	0.104	0	0
	100	0	25.54	8.7	0	0	0	P	0.376	0.104	0	0
	101	0	25.95	8.7	0	0.42	0	R	0.418	0.113	0	0
	102	0	26.41	8.7	0	0.45	0	G	0.376	0.113	0	0
	103	0	26.86	8.7	0	0.45	0	S	0.331	0.113	0	0
	104	0	27.52	8.7	0	0.65	0	R	0.286	0.113	0	0
	105	0	28.21	8.7	0	0.69	0	P	0.282	0.113	0	0
	106	0	28.66	9.74	0	0.45	1.04	N	0.304	0.113	1.286	-1.286
	107	0	28.66	9.74	0	0	0	W	0.311	0.009	0	0
	108	0	28.75	9.74	0	0.09	0	G	0.362	0.009	0	0
	109	0	29.3	9.74	0	0.56	0	P	0.404	0.009	0	0
	110	0	29.72	9.83	0	0.42	0.09	N	0.382	0.009	0.185	-0.185
	111	0	29.72	9.83	0	0	0	D	0.34	0	0	0
	112	0	29.72	9.83	0	0	0	P	0.385	0.009	0	0
	113	0	29.72	9.83	0	0	0	R	0.385	0.009	0	0
	114	0	30.33	9.83	0	0.61	0	R	0.385	0.009	0.185	-0.185
	115	0	31.24	9.83	0	0.91	0	R	0.355	0.009	0	0
	116	0	31.76	9.83	0	0.52	0	S	0.264	0.009	0	0
	117	0	32.27	9.83	0	0.51	0	R	0.287	0.032	0	0
	118	0	32.77	9.83	0	0.51	0	N	0.31	0.032	0	0
	119	0	33.11	9.83	0	0.34	0	L	0.298	0.032	0	0
	120	0	33.11	9.83	0	0	0	G	0.306	0.042	0	0
	121	0	33.56	9.92	0	0.45	0.09	K	0.347	0.099	0.185	-0.185
	122	0	33.56	9.92	0	0	0	V	0.302	0.09	0	0
	123	0	33.56	9.92	0	0	0	I	0.339	0.09	0	0
	124	0	33.88	9.92	0	0.31	0	D	0.339	0.09	0	0
	125	0	33.88	9.92	0	0	0	T	0.308	0.09	0	0
	126	0	34.63	10.15	0	0.75	0.23	L	0.308	0.108	0.305	-0.305
	127	0	35.37	10.15	0	0.74	0	T	0.242	0.085	0	0
	128	0	35.76	10.15	0	0.39	0	C	0.216	0.085	0.185	-0.185
	129	0	36.18	10.25	0	0.42	0.1	D	0.236	0.085	0.185	-0.185
	130	0	36.59	10.82	0	0.41	0.57	L	0.211	0.075	0.819	-0.819
	131	0	36.59	10.82	0	0	0	A	0.23	0.083	0	0
	132	0	36.95	10.82	0	0.37	0	D	0.295	0.083	0	0
	133	0	36.95	10.82	0	0	0	L	0.324	0.128	0	0
	134	0	36.95	10.82	0	0	0	M	0.401	0.128	0	0
	135	0	36.95	11	0	0	0.18	G	0.482	0.171	0.368	-0.368
	136	0	37.05	11	0	0.09	0	Y	0.557	0.153	0	0
	137	0	37.53	11	0	0.48	0	I	0.58	0.153	0	0
	138	0	38.12	11	0	0.59	0	P	0.563	0.153	0	0
	139	0	38.29	11	0	0.17	0	V	0.536	0.153	0	0
	140	0	38.89	11.65	0	0.6	0.65	L	0.574	0.153	0.967	-0.967
	141	0	39.54	11.65	0	0.65	0	G	0.577	0.1	0	0
	142	0	40.21	12.11	0	0.66	0.45	A	0.596	0.119	0.625	-0.625
	143	0	40.98	12.11	0	0.77	0	P	0.586	0.074	0	0
	144	0	41.79	12.54	0	0.81	0.43	L	0.526	0.074	0	0
	145	0	42.54	12.54	0	0.75	0	G	0.506	0.031	0	0
	146	0	42.87	12.54	0	0.32	0	G	0.499	0.031	0	0
	147	0	43.18	12.54	0	0.31	0	V	0.484	0.031	0	0
	148	0	43.5	12.54	0	0.32	0	A	0.508	0.056	0	0
	149	0	44.06	12.54	0	0.55	0	A	0.513	0.11	0	0
	150	0	44.69	12.66	0	0.63	0.12	A	0.495	0.11	0.185	-0.185
	151	0	45.54	12.85	0	0.84	0.19	L	0.441	0.098	0.185	-0.185
	152	0	46.09	12.85	0	0.56	0	A	0.357	0.079	0	0
	153	0	46.27	12.85	0	0.17	0	H	0.366	0.127	0	0
	154	0	46.87	12.85	0	0.61	0	G	0.394	0.127	0	0
	155	0	47.55	12.85	0	0.68	0	V	0.37	0.127	0	0
	156	0	47.73	12.85	0	0.17	0	R	0.302	0.127	0	0
	157	0	48.28	13.1	0	0.55	0.25	A	0.302	0.127	0.398	-0.398
	158	0	48.64	13.64	0	0.37	0.54	I	0.265	0.102	0.843	-0.843
	159	0	49.01	13.64	0	0.37	0	E	0.245	0.048	0	0
	160	0	49.1	13.64	0	0.09	0	D	0.247	0.081	0	0
	161	0	49.1	13.64	0	0	0	G	0.286	0.09	0	0
	162	0	49.75	14.12	0	0.65	0.48	I	0.286	0.09	0.655	-0.655
	163	0	50.21	14.12	0	0.45	0	N	0.221	0.042	0	0
	164	0	50.58	14.12	0	0.37	0	Y	0.228	0.042	0	0
	165	0	50.58	14.12	0	0	0	A	0.243	0.042	0	0
	166	0	50.75	14.12	0	0.17	0	T	0.243	0.051	0	0
	167	0	50.93	14.12	0	0.18	0	G	0.235	0.051	0	0
	168	0	51.1	14.12	0	0.17	0	N	0.226	0.051	0	0
	169	0	51.5	14.46	0	0.39	0.33	L	0.261	0.076	0.185	-0.185
	170	0	51.98	14.55	0	0.48	0.09	P	0.264	0.043	0.185	-0.185
	171	0	51.98	14.55	0	0	0	G	0.216	0.034	0	0
	172	0	51.98	14.55	0	0	0	C	0.288	0.038	0	0
	173	0	52.5	14.55	0	0.52	0	S	0.339	0.076	0	0
	174	0	53.02	14.55	0	0.52	0	F	0.305	0.076	0	0
	175	0	53.02	14.64	0	0	0.09	S	0.253	0.076	0.185	-0.185
	176	0	53.11	14.64	0	0.09	0	I	0.298	0.067	0	0
	177	0	53.2	14.64	0	0.09	0	F	0.363	0.067	0.185	-0.185
	178	0	53.72	14.89	0	0.52	0.25	L	0.424	0.103	0.398	-0.398
	179	0	54.14	14.89	0	0.42	0	L	0.433	0.078	0	0
	180	0	54.14	14.89	0	0	0	A	0.417	0.087	0	0
	181	0	54.86	14.93	0	0.72	0.04	L	0.483	0.087	0	0
	182	0	55.37	15.31	0	0.51	0.38	L	0.482	0.083	0.305	-0.305
	183	0	55.55	15.31	0	0.18	0	S	0.478888889	0.05	0	0
	184	0	55.55	15.31	0	0	0	C	0.51625	0.05625	0	0
	185	0	56	15.31	0	0.45	0	L	0.59	0.064285714	0	0
	186	0	56.74	15.31	0	0.74	0	T	0.613333333	0.075	0	0
	187	0	57.43	15.67	0	0.7	0.36	T	0.588	0.09	0.305	-0.305
	188	0	58.04	15.67	0	0.61	0	P	0.56	0.0225	0	0
	189	0	58.3	15.76	0	0.26	0.09	A	0.543333333	0.03	0.185	-0.185
	190	0	58.96	15.76	0	0.66	0	S	0.685	0	0	0
	191	0	59.67	15.76	0	0.71	0	A	0.71	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov