HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	66	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.017	0.017	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.017	0.017	0	0
	3	0	0.17	0	0	0.17	0	T	0.017	0.017	0	0
	4	0	0.17	0	0	0	0	N	0	0.017	0	0
	5	0	0.17	0	0	0	0	P	0	0.017	0	0
	6	0	0.17	0	0	0	0	K	0	0.017	0	0
	7	0	0.17	0.17	0	0	0.17	P	0	0.017	0.287	-0.287
	8	0	0.17	0.17	0	0	0	Q	0.03	0	0	0
	9	0	0.17	0.17	0	0	0	R	0.03	0	0	0
	10	0	0.17	0.17	0	0	0	K	0.092	0	0	0
	11	0	0.17	0.17	0	0	0	T	0.092	0.017	0	0
	12	0	0.17	0.17	0	0	0	K	0.109	0.017	0	0
	13	0	0.17	0.17	0	0	0	R	0.141	0.017	0	0
	14	0	0.17	0.17	0	0	0	N	0.158	0.017	0	0
	15	0	0.17	0.17	0	0	0	T	0.158	0.017	0	0
	16	0	0.17	0.17	0	0	0	N	0.175	0.017	0	0
	17	0	0.47	0.17	0	0.3	0	R	0.223	0.017	0	0
	18	0	0.47	0.17	0	0	0	R	0.234	0.017	0	0
	19	0	1.09	0.17	0	0.62	0	P	0.275	0.034	0	0
	20	0	1.09	0.33	0	0	0.17	M	0.213	0.034	0.287	-0.287
	21	0	1.26	0.33	0	0.17	0	D	0.213	0.017	0	0
	22	0	1.58	0.33	0	0.32	0	V	0.196	0.017	0	0
	23	0	1.74	0.33	0	0.17	0	K	0.164	0.017	0	0
	24	0	1.74	0.33	0	0	0	F	0.147	0.017	0	0
	25	0	1.91	0.33	0	0.17	0	P	0.147	0.017	0	0
	26	0	2.39	0.33	0	0.48	0	G	0.13	0.017	0	0
	27	0	2.8	0.33	0	0.41	0	G	0.082	0.017	0	0
	28	0	3.21	0.5	0	0.41	0.17	G	0.058	0.017	0.287	-0.287
	29	0	3.21	0.5	0	0	0	Q	0.017	0	0	0
	30	0	3.21	0.5	0	0	0	I	0.034	0	0	0
	31	0	3.21	0.5	0	0	0	V	0.034	0	0	0
	32	0	3.21	0.5	0	0	0	G	0.034	0	0	0
	33	0	3.21	0.5	0	0	0	G	0.087	0	0	0
	34	0	3.21	0.5	0	0	0	V	0.181	0	0	0
	35	0	3.21	0.5	0	0	0	Y	0.181	0	0	0
	36	0	3.21	0.5	0	0	0	L	0.181	0	0	0
	37	0	3.38	0.5	0	0.17	0	L	0.181	0	0	0
	38	0	3.38	0.5	0	0	0	P	0.164	0	0	0
	39	0	3.55	0.5	0	0.17	0	R	0.181	0	0	0
	40	0	3.55	0.5	0	0	0	R	0.164	0.017	0	0
	41	0	3.55	0.5	0	0	0	G	0.229	0.017	0	0
	42	0	4.08	0.5	0	0.53	0	P	0.229	0.017	0	0
	43	0	5.02	0.5	0	0.94	0	R	0.176	0.017	0	0
	44	0	5.02	0.5	0	0	0	L	0.082	0.017	0	0
	45	0	5.02	0.5	0	0	0	G	0.082	0.017	0	0
	46	0	5.02	0.5	0	0	0	V	0.082	0.017	0	0
	47	0	5.02	0.5	0	0	0	R	0.099	0.017	0	0
	48	0	5.18	0.5	0	0.17	0	A	0.099	0.017	0	0
	49	0	5.18	0.67	0	0	0.17	T	0.082	0.017	0.287	-0.287
	50	0	5.83	0.67	0	0.65	0	R	0.082	0	0	0
	51	0	5.83	0.67	0	0	0	K	0.061	0	0	0
	52	0	5.83	0.67	0	0	0	T	0.109	0	0	0
	53	0	5.83	0.67	0	0	0	S	0.139	0	0	0
	54	0	5.83	0.67	0	0	0	E	0.18	0	0	0
	55	0	5.83	0.67	0	0	0	R	0.18	0	0	0
	56	0	6	0.67	0	0.17	0	S	0.18	0	0	0
	57	0	6	0.67	0	0	0	Q	0.163	0	0	0
	58	0	6	0.67	0	0	0	P	0.163	0	0	0
	59	0	6	0.67	0	0	0	R	0.18	0	0	0
	60	0	6.44	0.67	0	0.44	0	G	0.222	0	0	0
	61	0	6.92	0.67	0	0.48	0	R	0.208	0.041	0	0
	62	0	7.23	0.67	0	0.3	0	R	0.177	0.129	0	0
	63	0	7.64	0.67	0	0.41	0	Q	0.147	0.129	0	0
	64	0	7.64	0.67	0	0	0	P	0.165	0.129	0	0
	65	0	7.64	0.67	0	0	0	I	0.206	0.129	0	0
	66	0	7.64	0.67	0	0	0	P	0.206	0.129	0	0
	67	0	7.64	0.67	0	0	0	K	0.206	0.129	0	0
	68	0	7.8	0.67	0	0.17	0	A	0.277	0.129	0	0
	69	0	8.23	0.67	0	0.42	0	R	0.301	0.129	0	0
	70	0	8.53	1.08	0	0.3	0.41	Q	0.327	0.129	0.562	-0.562
	71	0	8.7	1.95	0	0.17	0.88	T	0.338	0.088	1.265	-1.265
	72	0	8.7	1.95	0	0	0	E	0.362	0	0	0
	73	0	9.29	1.95	0	0.59	0	G	0.41	0	0	0
	74	0	9.7	1.95	0	0.41	0	R	0.351	0	0	0
	75	0	9.7	1.95	0	0	0	S	0.355	0	0	0
	76	0	9.7	1.95	0	0	0	W	0.355	0.017	0	0
	77	0	10.41	1.95	0	0.71	0	A	0.372	0.034	0	0
	78	0	10.82	1.95	0	0.41	0	Q	0.337	0.034	0	0
	79	0	11.5	1.95	0	0.68	0	P	0.296	0.034	0	0
	80	0	11.91	1.95	0	0.41	0	G	0.228	0.034	0	0
	81	0	12.32	1.95	0	0.41	0	Y	0.228	0.034	0	0
	82	0	12.8	1.95	0	0.48	0	P	0.235	0.034	0	0
	83	0	12.8	1.95	0	0	0	W	0.187	0.034	0	0
	84	0	13.26	1.95	0	0.45	0	P	0.187	0.034	0.287	-0.287
	85	0	13.26	2.12	0	0	0.17	F	0.19	0.034	0.287	-0.287
	86	0	13.42	2.29	0	0.17	0.17	F	0.245	0.017	0.287	-0.287
	87	0	13.79	2.29	0	0.36	0	G	0.228	0	0.287	-0.287
	88	0	13.79	2.29	0	0	0	N	0.192	0	0	0
	89	0	13.79	2.29	0	0	0	E	0.24	0	0	0
	90	0	14.2	2.29	0	0.41	0	G	0.288	0	0	0
	91	0	14.68	2.29	0	0.48	0	C	0.295	0	0	0
	92	0	14.68	2.29	0	0	0	G	0.3	0	0	0
	93	0	14.68	2.29	0	0	0	W	0.339	0	0	0
	94	0	15.17	2.29	0	0.48	0	A	0.356	0	0	0
	95	0	15.71	2.29	0	0.55	0	G	0.373	0	0	0
	96	0	15.71	2.29	0	0	0	W	0.318	0	0	0
	97	0	15.71	2.29	0	0	0	L	0.335	0	0	0
	98	0	16.2	2.29	0	0.48	0	L	0.335	0	0	0
	99	0	16.68	2.29	0	0.48	0	S	0.304	0	0	0
	100	0	17.17	2.29	0	0.48	0	P	0.332	0	0	0
	101	0	17.7	2.29	0	0.53	0	R	0.301	0	0	0
	102	0	18.09	2.29	0	0.39	0	G	0.248	0	0	0
	103	0	18.26	2.29	0	0.17	0	S	0.209	0	0	0
	104	0	18.91	2.29	0	0.65	0	R	0.209	0	0	0
	105	0	18.91	2.29	0	0	0	P	0.173	0.015	0.451	-0.451
	106	0	19.08	2.29	0	0.17	0	S	0.203	0.015	0	0
	107	0	19.08	2.29	0	0	0	W	0.186	0.015	0	0
	108	0	19.24	2.29	0	0.17	0	G	0.203	0.015	0	0
	109	0	20	2.29	0	0.76	0	P	0.234	0.015	0	0
	110	0	20.17	2.29	0	0.17	0	N	0.199	0.015	0	0
	111	0	20.17	2.29	0	0	0	D	0.182	0.015	0	0
	112	0	20.17	2.29	0	0	0	P	0.212	0.032	0	0
	113	0	20.33	2.29	0	0.17	0	R	0.212	0.049	0	0
	114	0	20.62	2.44	0	0.29	0.15	R	0.195	0.049	0.566	-0.566
	115	0	20.92	2.44	0	0.3	0	R	0.166	0.051	0	0
	116	0	20.92	2.44	0	0	0	S	0.136	0.068	0	0
	117	0	21.09	2.44	0	0.17	0	R	0.168	0.068	0	0
	118	0	21.58	2.44	0	0.48	0	N	0.228	0.068	0	0
	119	0	21.98	2.44	0	0.41	0	L	0.204	0.068	0	0
	120	0	21.98	2.44	0	0	0	G	0.163	0.068	0	0
	121	0	22.29	2.61	0	0.3	0.17	K	0.18	0.068	0.287	-0.287
	122	0	22.29	2.77	0	0	0.17	V	0.15	0.051	0.287	-0.287
	123	0	22.29	2.77	0	0	0	I	0.15	0.034	0	0
	124	0	22.29	2.94	0	0	0.17	D	0.15	0.034	0.287	-0.287
	125	0	22.29	3.11	0	0	0.17	T	0.15	0.017	0.287	-0.287
	126	0	22.61	3.11	0	0.32	0	L	0.15	0	0	0
	127	0	23.38	3.11	0	0.77	0	T	0.118	0.017	0	0
	128	0	23.62	3.11	0	0.24	0	C	0.064	0.042	0.451	-0.451
	129	0	23.62	3.11	0	0	0	G	0.057	0.042	0	0
	130	0	23.79	3.11	0	0.17	0	F	0.098	0.09	0	0
	131	0	23.79	3.11	0	0	0	A	0.098	0.09	0	0
	132	0	23.79	3.11	0	0	0	D	0.128	0.107	0	0
	133	0	23.79	3.11	0	0	0	L	0.128	0.107	0	0
	134	0	23.79	3.11	0	0	0	M	0.172	0.107	0	0
	135	0	23.79	3.11	0	0	0	G	0.217	0.107	0	0
	136	0	23.79	3.27	0	0	0.17	Y	0.217	0.107	0.287	-0.287
	137	0	24.02	3.52	0	0.23	0.25	I	0.217	0.107	0.287	-0.287
	138	0	24.19	3.52	0	0.17	0	P	0.194	0.082	0	0
	139	0	24.6	4.01	0	0.41	0.48	L	0.177	0.082	0.637	-0.637
	140	0	24.77	4.01	0	0.17	0	V	0.191	0.034	0	0
	141	0	25.07	4.17	0	0.3	0.17	G	0.191	0.034	0.287	-0.287
	142	0	25.07	4.17	0	0	0	A	0.191	0.017	0	0
	143	0	25.51	4.17	0	0.44	0	P	0.25	0.034	0	0
	144	0	25.96	4.17	0	0.45	0	V	0.259	0.034	0	0
	145	0	25.96	4.17	0	0	0	G	0.256	0.034	0	0
	146	0	25.96	4.34	0	0	0.17	G	0.304	0.051	0.287	-0.287
	147	0	25.96	4.34	0	0	0	V	0.304	0.034	0	0
	148	0	25.96	4.34	0	0	0	A	0.345	0.123	0	0
	149	0	26.51	4.34	0	0.55	0	R	0.35	0.171	0	0
	150	0	26.67	4.34	0	0.17	0	A	0.35	0.171	0	0
	151	0	26.98	4.34	0	0.3	0	L	0.333	0.171	0	0
	152	0	27.57	4.51	0	0.59	0.17	A	0.32	0.171	0.287	-0.287
	153	0	28.1	4.51	0	0.53	0	H	0.291	0.195	0	0
	154	0	28.52	4.51	0	0.42	0	G	0.279	0.195	0	0
	155	0	29.01	4.67	0	0.48	0.17	V	0.267	0.195	0.287	-0.287
	156	0	29.01	4.67	0	0	0	R	0.236	0.178	0	0
	157	0	29.42	5.57	0	0.41	0.89	V	0.236	0.178	0.824	-0.824
	158	0	29.46	6.05	0	0.05	0.48	V	0.195	0.089	0.637	-0.637
	159	0	30.01	6.05	0	0.55	0	E	0.22	0.041	0	0
	160	0	30.01	6.05	0	0	0	D	0.206	0.058	0	0
	161	0	30.17	6.05	0	0.17	0	G	0.259	0.058	0	0
	162	0	30.48	6.46	0	0.3	0.41	I	0.242	0.058	0.562	-0.562
	163	0	30.89	6.46	0	0.41	0	N	0.212	0.017	0	0
	164	0	31.19	6.46	0	0.3	0	Y	0.219	0.017	0	0
	165	0	31.36	6.46	0	0.17	0	A	0.234	0.017	0	0
	166	0	31.36	6.46	0	0	0	T	0.217	0.017	0	0
	167	0	31.36	6.46	0	0	0	G	0.217	0.017	0	0
	168	0	31.66	6.46	0	0.3	0	N	0.234	0.017	0	0
	169	0	32.07	6.63	0	0.41	0.17	I	0.245	0.034	0.287	-0.287
	170	0	32.6	6.63	0	0.53	0	P	0.236	0.032	0	0
	171	0	32.6	6.63	0	0	0	G	0.2	0.032	0	0
	172	0	32.6	6.63	0	0	0	C	0.229	0.032	0	0
	173	0	33.08	6.63	0	0.48	0	S	0.27	0.032	0	0
	174	0	33.54	6.63	0	0.45	0	F	0.222	0.032	0.287	-0.287
	175	0	33.54	6.63	0	0	0	S	0.177	0.032	0	0
	176	0	33.54	6.63	0	0	0	I	0.207	0.032	0	0
	177	0	33.7	6.63	0	0.17	0	F	0.224	0.032	0	0
	178	0	34.11	6.8	0	0.41	0.17	L	0.266	0.065	0.287	-0.287
	179	0	34.43	6.95	0	0.32	0.15	L	0.254	0.048	0	0
	180	0	34.6	6.95	0	0.17	0	A	0.284	0.069	0	0
	181	0	34.89	6.95	0	0.29	0	L	0.282	0.069	0	0
	182	0	35.3	6.95	0	0.41	0	L	0.268	0.084	0	0
	183	0	35.3	6.95	0	0	0	S	0.252222222	0.093333333	0	0
	184	0	35.3	6.95	0	0	0	C	0.28375	0.105	0	0
	185	0	35.6	6.95	0	0.3	0	L	0.324285714	0.12	0	0
	186	0	35.77	6.95	0	0.17	0	T	0.328333333	0.14	0	0
	187	0	36.36	7.28	0	0.59	0.33	V	0.36	0.168	0.287	-0.287
	188	0.17	36.64	7.28	0.17	0.29	0	P	0.3025	0.1275	0	0
	189	0.33	37.27	7.64	0.17	0.62	0.36	A	0.306666667	0.17	0.824	-0.824
	190	0.5	37.42	7.64	0.17	0.15	0	S	0.15	0.075	0.287	-0.287
	191	0.67	37.57	7.8	0.17	0.15	0.15	A	0.15	0.15	0.566	-0.566



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov