HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	153	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.056	0.092	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.067	0.092	0	0
	3	0	0.06	0.17	0	0.06	0.17	T	0.067	0.092	0.215	-0.215
	4	0	0.06	0.39	0	0	0.22	L	0.061	0.075	0.215	-0.215
	5	0	0.17	0.39	0	0.11	0	P	0.061	0.053	0	0
	6	0	0.17	0.39	0	0	0	K	0.071	0.064	0	0
	7	0	0.56	0.39	0	0.39	0	P	0.071	0.116	0	0
	8	0	0.56	0.5	0	0	0.11	Q	0.074	0.116	0.215	-0.215
	9	0	0.56	0.5	0	0	0	R	0.113	0.105	0	0
	10	0	0.56	0.92	0	0	0.42	I	0.113	0.105	0.684	-0.684
	11	0	0.67	0.92	0	0.11	0	T	0.113	0.074	0	0
	12	0	0.67	0.92	0	0	0	K	0.102	0.103	0	0
	13	0	0.67	0.92	0	0	0	R	0.159	0.124	0	0
	14	0	0.67	0.92	0	0	0	N	0.159	0.124	0	0
	15	0	0.88	1.03	0	0.21	0.11	T	0.159	0.124	0.215	-0.215
	16	0	0.88	1.55	0	0	0.52	N	0.159	0.113	0.761	-0.761
	17	0	1.3	1.55	0	0.42	0	R	0.188	0.072	0	0
	18	0	1.7	1.55	0	0.39	0	R	0.157	0.072	0	0
	19	0	1.7	1.55	0	0	0	P	0.179	0.072	0	0
	20	0	1.7	1.66	0	0	0.11	Q	0.179	0.094	0.215	-0.215
	21	0	1.7	1.95	0	0	0.29	D	0.179	0.083	0.451	-0.451
	22	0	2.26	2.16	0	0.57	0.21	V	0.179	0.076	0.349	-0.349
	23	0	2.26	2.16	0	0	0	K	0.133	0.066	0	0
	24	0	2.26	2.16	0	0	0	F	0.144	0.077	0	0
	25	0	2.47	2.16	0	0.21	0	P	0.173	0.077	0	0
	26	0	2.77	2.27	0	0.29	0.11	G	0.173	0.077	0.215	-0.215
	27	0	2.88	2.27	0	0.11	0	G	0.166	0.066	0	0
	28	0	3.49	2.27	0	0.61	0	G	0.218	0.066	0	0
	29	0	3.49	2.49	0	0	0.22	Q	0.188	0.066	0.215	-0.215
	30	0	3.49	2.49	0	0	0	I	0.199	0.044	0	0
	31	0	3.49	2.72	0	0	0.22	V	0.199	0.044	0.215	-0.215
	32	0	3.6	2.83	0	0.11	0.11	G	0.21	0.022	0.215	-0.215
	33	0	3.71	2.94	0	0.11	0.11	G	0.23	0.011	0.215	-0.215
	34	0	4	2.94	0	0.29	0	V	0.274	0.06	0	0
	35	0	4.21	2.94	0	0.21	0	Y	0.245	0.06	0	0
	36	0	4.43	2.94	0	0.22	0	V	0.224	0.06	0	0
	37	0	5.06	2.94	0	0.63	0	L	0.202	0.06	0	0
	38	0	5.37	2.94	0	0.31	0	P	0.168	0.081	0	0
	39	0	5.48	2.94	0	0.11	0	R	0.174	0.092	0	0
	40	0	5.48	2.94	0	0	0	R	0.191	0.174	0	0
	41	0	5.59	2.94	0	0.11	0	G	0.212	0.174	0	0
	42	0	5.9	2.94	0	0.31	0	P	0.243	0.174	0	0
	43	0	6.45	3.54	0	0.55	0.6	K	0.212	0.174	0.761	-0.761
	44	0	6.45	3.54	0	0	0	L	0.199	0.114	0	0
	45	0	6.45	3.54	0	0	0	G	0.241	0.114	0	0
	46	0	6.45	3.54	0	0	0	V	0.261	0.126	0	0
	47	0	6.74	3.75	0	0.29	0.21	R	0.303	0.126	0.349	-0.349
	48	0	7.11	3.86	0	0.37	0.11	A	0.316	0.105	0.215	-0.215
	49	0	7.39	4.68	0	0.28	0.82	V	0.308	0.094	0.73	-0.73
	50	0	7.6	4.68	0	0.21	0	R	0.302	0.012	0	0
	51	0	8.02	4.68	0	0.42	0	K	0.3	0.052	0	0
	52	0	8.02	4.68	0	0	0	T	0.34	0.052	0	0
	53	0	8.45	4.68	0	0.42	0	S	0.393	0.052	0	0
	54	0	8.87	4.68	0	0.42	0	E	0.38	0.063	0	0
	55	0	9.07	4.8	0	0.2	0.12	R	0.359	0.063	0.215	-0.215
	56	0	9.5	4.8	0	0.42	0	S	0.35	0.062	0	0
	57	0	9.92	4.8	0	0.42	0	Q	0.308	0.062	0	0
	58	0	10.22	4.8	0	0.29	0	P	0.266	0.083	0	0
	59	0	10.43	4.8	0	0.22	0	R	0.258	0.083	0	0
	60	0	10.62	5.2	0	0.19	0.4	S	0.278	0.094	0.557	-0.557
	61	0	11.44	5.2	0	0.82	0	R	0.296	0.085	0	0
	62	0	11.97	5.2	0	0.53	0	R	0.214	0.137	0	0
	63	0	12.27	5.31	0	0.29	0.11	Q	0.201	0.169	0.215	-0.215
	64	0	12.47	5.31	0	0.21	0	P	0.193	0.158	0	0
	65	0	12.59	5.42	0	0.11	0.11	I	0.194	0.158	0.215	-0.215
	66	0	12.59	5.42	0	0	0	P	0.183	0.158	0	0
	67	0	12.59	5.63	0	0	0.21	R	0.183	0.158	0.349	-0.349
	68	0	12.79	5.63	0	0.21	0	A	0.222	0.137	0	0
	69	0	13.22	5.74	0	0.42	0.11	R	0.201	0.137	0.215	-0.215
	70	0	13.59	6.05	0	0.37	0.31	R	0.196	0.126	0.557	-0.557
	71	0	13.59	6.56	0	0	0.52	T	0.159	0.095	0.884	-0.884
	72	0	13.98	6.88	0	0.4	0.32	E	0.159	0.043	0.634	-0.634
	73	0	14.19	6.88	0	0.21	0	G	0.13	0.011	0	0
	74	0	14.41	6.88	0	0.22	0	R	0.109	0.011	0	0
	75	0	14.41	7	0	0	0.11	S	0.087	0.011	0.215	-0.215
	76	0	14.41	7	0	0	0	W	0.118	0	0	0
	77	0	14.79	7	0	0.39	0	A	0.139	0	0	0
	78	0	14.79	7	0	0	0	Q	0.137	0	0	0
	79	0	15.16	7	0	0.37	0	P	0.184	0	0	0
	80	0	15.16	7	0	0	0	G	0.147	0	0	0
	81	0	15.16	7	0	0	0	Y	0.147	0	0	0
	82	0	15.27	7	0	0.11	0	P	0.168	0	0	0
	83	0	15.27	7	0	0	0	W	0.178	0	0	0
	84	0	15.27	7	0	0	0	P	0.178	0	0	0
	85	0	15.58	7	0	0.31	0	L	0.178	0	0	0
	86	0	15.79	7	0	0.21	0	Y	0.189	0	0	0
	87	0	16.15	7	0	0.37	0	G	0.168	0	0	0
	88	0	16.62	7	0	0.47	0	N	0.131	0.011	0	0
	89	0	16.62	7	0	0	0	E	0.095	0.011	0	0
	90	0	16.62	7	0	0	0	G	0.095	0.022	0	0
	91	0	16.83	7	0	0.21	0	C	0.16	0.022	0	0
	92	0	17.04	7	0	0.21	0	G	0.139	0.022	0	0
	93	0	17.04	7	0	0	0	W	0.139	0.022	0	0
	94	0	17.04	7	0	0	0	A	0.186	0.022	0	0
	95	0	17.47	7	0	0.42	0	G	0.232	0.022	0	0
	96	0	17.47	7	0	0	0	W	0.211	0.022	0	0
	97	0	17.47	7.11	0	0	0.11	L	0.261	0.109	0.215	-0.215
	98	0	17.58	7.11	0	0.11	0	L	0.261	0.098	0	0
	99	0	17.58	7.22	0	0	0.11	S	0.25	0.109	0.215	-0.215
	100	0	18.23	7.22	0	0.65	0	P	0.26	0.12	0	0
	101	0	18.23	7.22	0	0	0	R	0.237	0.12	0	0
	102	0	18.44	7.22	0	0.21	0	G	0.237	0.12	0	0
	103	0	18.91	7.22	0	0.47	0	S	0.216	0.12	0	0
	104	0	19.37	7.22	0	0.46	0	R	0.169	0.12	0	0
	105	0	19.58	7.22	0	0.21	0	P	0.191	0.12	0	0
	106	0	20.08	8.09	0	0.5	0.87	S	0.249	0.12	0.634	-0.634
	107	0	20.08	8.09	0	0	0	W	0.21	0.033	0	0
	108	0	20.08	8.2	0	0	0.11	G	0.21	0.033	0.215	-0.215
	109	0	20.18	8.41	0	0.1	0.22	P	0.247	0.022	0.349	-0.349
	110	0	20.61	8.41	0	0.42	0	N	0.237	0	0	0
	111	0	20.61	8.41	0	0	0	D	0.206	0	0	0
	112	0	20.61	8.41	0	0	0	P	0.256	0	0	0
	113	0	20.61	8.41	0	0	0	R	0.256	0.011	0	0
	114	0	21.29	8.41	0	0.68	0	R	0.256	0.011	0	0
	115	0	22.08	8.41	0	0.79	0	R	0.199	0.011	0	0
	116	0	22.19	8.41	0	0.11	0	S	0.12	0.011	0	0
	117	0	22.19	8.41	0	0	0	R	0.171	0.011	0	0
	118	0	22.55	8.41	0	0.37	0	N	0.182	0.011	0	0
	119	0	22.55	8.41	0	0	0	L	0.156	0.011	0	0
	120	0	22.66	8.41	0	0.11	0	G	0.178	0.011	0	0
	121	0	23.17	8.41	0	0.5	0	K	0.178	0.011	0	0
	122	0	23.17	8.53	0	0	0.11	V	0.139	0.011	0.215	-0.215
	123	0	23.17	8.53	0	0	0	I	0.16	0	0	0
	124	0	23.28	8.53	0	0.11	0	D	0.16	0	0	0
	125	0	23.28	8.53	0	0	0	T	0.149	0	0	0
	126	0	23.9	8.53	0	0.62	0	L	0.149	0	0	0
	127	0	24.01	8.53	0	0.11	0	T	0.108	0	0	0
	128	0	24.12	8.53	0	0.11	0	C	0.134	0	0	0
	129	0	24.34	8.53	0	0.22	0	G	0.134	0	0	0
	130	0	24.45	8.53	0	0.11	0	F	0.112	0	0	0
	131	0	24.56	8.53	0	0.11	0	A	0.131	0.011	0	0
	132	0	24.77	8.53	0	0.21	0	D	0.12	0.011	0	0
	133	0	24.77	8.53	0	0	0	L	0.146	0.011	0	0
	134	0	24.77	8.53	0	0	0	M	0.193	0.011	0	0
	135	0	24.77	8.53	0	0	0	G	0.241	0.022	0	0
	136	0	24.98	8.53	0	0.21	0	Y	0.288	0.022	0	0
	137	0	25.34	8.53	0	0.37	0	I	0.267	0.022	0	0
	138	0	25.46	8.53	0	0.11	0	P	0.241	0.033	0	0
	139	0	25.46	8.53	0	0	0	L	0.241	0.033	0	0
	140	0	25.76	8.64	0	0.3	0.11	V	0.27	0.033	0.215	-0.215
	141	0	25.76	8.64	0	0	0	G	0.261	0.022	0	0
	142	0	26.23	8.64	0	0.47	0	A	0.292	0.033	0	0
	143	0	26.7	8.64	0	0.47	0	P	0.298	0.033	0	0
	144	0	27.18	8.75	0	0.48	0.11	V	0.262	0.033	0.215	-0.215
	145	0	27.65	8.75	0	0.47	0	G	0.253	0.022	0	0
	146	0	27.65	8.75	0	0	0	G	0.241	0.038	0	0
	147	0	27.76	8.86	0	0.11	0.11	V	0.299	0.038	0.215	-0.215
	148	0	27.87	8.86	0	0.11	0	A	0.334	0.027	0	0
	149	0	28.16	8.86	0	0.29	0	R	0.334	0.038	0	0
	150	0	28.37	8.86	0	0.21	0	A	0.355	0.038	0	0
	151	0	28.68	8.97	0	0.31	0.11	L	0.334	0.038	0.215	-0.215
	152	0	29.21	8.97	0	0.53	0	A	0.34	0.027	0	0
	153	0	29.32	8.97	0	0.11	0	H	0.324	0.058	0	0
	154	0	29.71	8.97	0	0.39	0	G	0.334	0.058	0	0
	155	0	30.06	9.13	0	0.35	0.16	I	0.332	0.087	0.215	-0.215
	156	0	30.63	9.13	0	0.58	0	R	0.308	0.071	0	0
	157	0	31.1	9.13	0	0.46	0	A	0.25	0.071	0	0
	158	0	31.21	9.24	0	0.11	0.11	L	0.204	0.071	0.215	-0.215
	159	0	31.71	9.24	0	0.5	0	E	0.235	0.06	0	0
	160	0	31.71	9.24	0	0	0	D	0.238	0.089	0	0
	161	0	32.08	9.24	0	0.37	0	G	0.275	0.089	0	0
	162	0	32.45	9.55	0	0.37	0.31	I	0.238	0.089	0.349	-0.349
	163	0	32.66	9.55	0	0.21	0	N	0.201	0.058	0	0
	164	0	33.03	9.85	0	0.37	0.29	F	0.217	0.058	0.451	-0.451
	165	0	33.14	9.85	0	0.11	0	A	0.217	0.029	0	0
	166	0	33.14	9.85	0	0	0	T	0.206	0.029	0	0
	167	0	33.14	9.85	0	0	0	G	0.206	0.029	0	0
	168	0	33.56	9.85	0	0.42	0	N	0.217	0.029	0	0
	169	0	34.09	10.14	0	0.53	0.29	L	0.212	0.029	0	0
	170	0	34.46	10.14	0	0.37	0	P	0.222	0.018	0	0
	171	0	34.46	10.14	0	0	0	G	0.206	0.018	0	0
	172	0	34.46	10.14	0	0	0	C	0.258	0.036	0	0
	173	0	34.82	10.14	0	0.37	0	S	0.269	0.073	0	0
	174	0	35.19	10.14	0	0.37	0	F	0.285	0.073	0	0
	175	0	35.19	10.14	0	0	0	S	0.248	0.073	0	0
	176	0	35.19	10.14	0	0	0	I	0.311	0.073	0	0
	177	0	35.3	10.14	0	0.11	0	F	0.363	0.123	0	0
	178	0	35.67	10.14	0	0.37	0	L	0.386	0.221	0	0
	179	0	36.29	10.33	0	0.63	0.18	L	0.391	0.221	0	0
	180	0	36.5	10.33	0	0.21	0	A	0.355	0.213	0	0
	181	0	37.02	10.51	0	0.52	0.18	L	0.381	0.24	0.215	-0.215
	182	0	37.13	10.88	0	0.11	0.37	L	0.354	0.273	0.53	-0.53
	183	0	37.66	10.88	0	0.53	0	S	0.381111111	0.262222222	0	0
	184	0	37.66	10.88	0	0	0	C	0.3625	0.295	0	0
	185	0	38.29	10.88	0	0.63	0	L	0.414285714	0.337142857	0	0
	186	0	38.82	11.38	0	0.52	0.5	L	0.378333333	0.393333333	0.778	-0.778
	187	0.11	39.16	12.36	0.11	0.34	0.98	T	0.35	0.372	1.08	-1.08
	188	0.22	39.58	12.36	0.11	0.42	0	P	0.3525	0.22	0.215	-0.215
	189	0.33	39.85	12.46	0.11	0.27	0.1	A	0.33	0.293333333	0.426	-0.426
	190	0.44	40.32	12.74	0.11	0.47	0.27	A	0.36	0.39	0.655	-0.655
	191	0.56	40.57	13.25	0.11	0.25	0.51	G	0.25	0.51	0.73	-0.73



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov