HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	595	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.017	0.017	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.023	0.017	0	0
	3	0	0.06	0	0	0.06	0	T	0.023	0.017	0	0
	4	0	0.06	0.06	0	0	0.06	N	0.017	0.017	0.13	-0.13
	5	0	0.17	0.06	0	0.11	0	P	0.028	0.017	0	0
	6	0	0.17	0.06	0	0	0	K	0.081	0.017	0	0
	7	0	0.17	0.06	0	0	0	P	0.081	0.017	0	0
	8	0	0.17	0.06	0	0	0	Q	0.131	0.017	0	0
	9	0	0.17	0.06	0	0	0	R	0.131	0.017	0	0
	10	0	0.17	0.17	0	0	0.11	I	0.131	0.017	0.219	-0.219
	11	0	0.23	0.17	0	0.06	0	T	0.175	0.012	0	0
	12	0	0.23	0.17	0	0	0	K	0.169	0.018	0	0
	13	0	0.23	0.17	0	0	0	R	0.213	0.018	0	0
	14	0	0.34	0.23	0	0.11	0.06	N	0.213	0.018	0.13	-0.13
	15	0	0.97	0.23	0	0.64	0	T	0.246	0.012	0	0
	16	0	0.97	0.23	0	0	0	N	0.182	0.012	0	0
	17	0	1.48	0.23	0	0.5	0	R	0.226	0.012	0	0
	18	0	1.48	0.23	0	0	0	R	0.218	0.012	0	0
	19	0	1.48	0.23	0	0	0	P	0.243	0.012	0	0
	20	0	1.92	0.28	0	0.44	0.06	Q	0.249	0.012	0.13	-0.13
	21	0	1.92	0.34	0	0	0.06	D	0.205	0.006	0.13	-0.13
	22	0	2.36	0.34	0	0.44	0	V	0.205	0	0	0
	23	0	2.36	0.34	0	0	0	K	0.167	0	0	0
	24	0	2.81	0.34	0	0.44	0	F	0.167	0	0	0
	25	0	2.81	0.34	0	0	0	P	0.167	0	0	0
	26	0	3.25	0.34	0	0.44	0	G	0.167	0	0	0
	27	0	3.67	0.34	0	0.42	0	G	0.123	0	0	0
	28	0	3.92	0.34	0	0.25	0	G	0.138	0	0	0
	29	0	3.98	0.34	0	0.06	0	Q	0.113	0	0	0
	30	0	3.98	0.34	0	0	0	I	0.107	0	0	0
	31	0	3.98	0.34	0	0	0	V	0.107	0	0	0
	32	0	4.04	0.34	0	0.06	0	G	0.107	0	0	0
	33	0	4.04	0.34	0	0	0	G	0.136	0	0	0
	34	0	4.48	0.34	0	0.44	0	V	0.181	0	0	0
	35	0	4.48	0.34	0	0	0	Y	0.137	0	0	0
	36	0	4.48	0.34	0	0	0	L	0.137	0	0	0
	37	0	5.05	0.34	0	0.57	0	L	0.137	0	0	0
	38	0	5.05	0.34	0	0	0	P	0.08	0	0	0
	39	0	5.05	0.34	0	0	0	R	0.091	0.016	0	0
	40	0	5.05	0.34	0	0	0	R	0.135	0.048	0	0
	41	0	5.05	0.34	0	0	0	G	0.135	0.048	0	0
	42	0	5.4	0.34	0	0.35	0	P	0.168	0.048	0	0
	43	0	5.85	0.34	0	0.45	0	R	0.139	0.059	0	0
	44	0	5.85	0.34	0	0	0	L	0.15	0.059	0	0
	45	0	5.85	0.34	0	0	0	G	0.196	0.059	0	0
	46	0	5.85	0.34	0	0	0	V	0.24	0.059	0	0
	47	0	5.85	0.34	0	0	0	R	0.24	0.059	0	0
	48	0	5.96	0.5	0	0.11	0.16	A	0.24	0.059	0.293	-0.293
	49	0	6.4	0.82	0	0.44	0.32	T	0.281	0.043	0.546	-0.546
	50	0	6.4	0.82	0	0	0	R	0.243	0.011	0	0
	51	0	6.73	0.82	0	0.33	0	K	0.287	0.022	0	0
	52	0	6.79	0.94	0	0.06	0.11	T	0.304	0.022	0.259	-0.259
	53	0	7.35	0.94	0	0.56	0	S	0.298	0.011	0	0
	54	0	7.82	0.94	0	0.46	0	E	0.242	0.011	0	0
	55	0	8.26	0.94	0	0.44	0	R	0.196	0.017	0	0
	56	0	8.26	0.94	0	0	0	S	0.152	0.017	0	0
	57	0	8.26	0.94	0	0	0	Q	0.222	0.023	0	0
	58	0	8.78	0.94	0	0.52	0	P	0.228	0.029	0	0
	59	0	8.84	0.94	0	0.06	0	R	0.176	0.04	0	0
	60	0	9.28	1.05	0	0.44	0.11	E	0.17	0.04	0.259	-0.259
	61	0	9.78	1.05	0	0.5	0	R	0.132	0.029	0	0
	62	0	9.78	1.05	0	0	0	R	0.088	0.083	0	0
	63	0	9.78	1.05	0	0	0	Q	0.134	0.089	0	0
	64	0	9.78	1.11	0	0	0.06	P	0.134	0.089	0.13	-0.13
	65	0	9.78	1.11	0	0	0	I	0.145	0.089	0	0
	66	0	10.48	1.16	0	0.7	0.06	P	0.145	0.1	0.13	-0.13
	67	0	10.54	1.22	0	0.06	0.06	K	0.075	0.094	0.13	-0.13
	68	0	10.54	1.33	0	0	0.11	D	0.08	0.088	0.219	-0.219
	69	0	10.54	1.33	0	0	0	R	0.133	0.166	0	0
	70	0	10.6	1.33	0	0.06	0	R	0.144	0.166	0	0
	71	0	10.65	1.87	0	0.06	0.54	S	0.144	0.166	0.897	-0.897
	72	0	11.12	1.93	0	0.46	0.06	T	0.187	0.123	0.13	-0.13
	73	0	11.12	1.93	0	0	0	G	0.187	0.117	0	0
	74	0	11.23	1.98	0	0.11	0.06	K	0.187	0.117	0.13	-0.13
	75	0	11.23	2.1	0	0	0.11	S	0.197	0.111	0.259	-0.259
	76	0	11.23	2.1	0	0	0	W	0.241	0.1	0	0
	77	0	11.34	2.1	0	0.11	0	G	0.285	0.1	0	0
	78	0	11.87	2.99	0	0.53	0.89	R	0.318	0.106	0.741	-0.741
	79	0	11.98	2.99	0	0.11	0	P	0.315	0.017	0	0
	80	0	12.03	2.99	0	0.06	0	G	0.304	0.017	0	0
	81	0	12.53	3.1	0	0.49	0.11	Y	0.363	0.017	0.13	-0.13
	82	0	12.99	3.1	0	0.46	0	P	0.325	0.09	0	0
	83	0	12.99	3.1	0	0	0	W	0.318	0.09	0	0
	84	0	13.2	3.1	0	0.21	0	P	0.318	0.09	0	0
	85	0	13.64	3.1	0	0.44	0	L	0.308	0.09	0	0
	86	0	14.08	3.1	0	0.44	0	Y	0.329	0.09	0	0
	87	0	14.52	3.16	0	0.44	0.06	G	0.285	0.09	0.13	-0.13
	88	0	15.03	3.16	0	0.5	0	N	0.247	0.084	0	0
	89	0	15.03	3.16	0	0	0	E	0.197	0.084	0	0
	90	0	15.67	3.16	0	0.65	0	G	0.203	0.084	0	0
	91	0	15.78	4	0	0.11	0.84	L	0.149	0.084	0.598	-0.598
	92	0	16.17	4	0	0.39	0	G	0.192	0	0	0
	93	0	16.17	4	0	0	0	W	0.22	0	0	0
	94	0	16.29	4	0	0.11	0	A	0.264	0	0	0
	95	0	16.93	4	0	0.65	0	G	0.302	0.011	0	0
	96	0	16.93	4	0	0	0	W	0.289	0.011	0	0
	97	0	16.99	4	0	0.06	0	L	0.346	0.076	0	0
	98	0	16.99	4	0	0	0	L	0.34	0.076	0	0
	99	0	17.05	4	0	0.06	0	S	0.34	0.076	0	0
	100	0	17.16	4	0	0.11	0	P	0.355	0.076	0	0
	101	0	17.7	4	0	0.54	0	R	0.387	0.124	0	0
	102	0	18.37	4	0	0.67	0	G	0.339	0.124	0	0
	103	0	18.81	4	0	0.44	0	S	0.272	0.124	0	0
	104	0	19.31	4.11	0	0.49	0.11	R	0.228	0.124	0.219	-0.219
	105	0	19.82	4.11	0	0.52	0	P	0.215	0.113	0	0
	106	0	20.39	4.77	0	0.57	0.65	S	0.214	0.142	0.861	-0.861
	107	0	20.39	4.77	0	0	0	W	0.214	0.077	0	0
	108	0	20.39	4.77	0	0	0	G	0.243	0.077	0	0
	109	0	20.6	4.77	0	0.21	0	P	0.294	0.077	0	0
	110	0	21.02	5.25	0	0.43	0.48	T	0.28	0.123	0.772	-0.772
	111	0	21.08	5.25	0	0.06	0	D	0.281	0.075	0	0
	112	0	21.08	5.25	0	0	0	P	0.319	0.096	0	0
	113	0	21.08	5.25	0	0	0	R	0.319	0.096	0	0
	114	0	21.44	5.25	0	0.36	0	H	0.319	0.096	0	0
	115	0	21.96	5.54	0	0.51	0.29	R	0.322	0.096	0.458	-0.458
	116	0	22.52	5.54	0	0.57	0	S	0.271	0.067	0	0
	117	0	22.82	5.54	0	0.29	0	R	0.279	0.107	0	0
	118	0	23.33	5.54	0	0.51	0	N	0.276	0.107	0	0
	119	0	23.4	6	0	0.07	0.46	L	0.276	0.107	0.643	-0.643
	120	0	23.84	6	0	0.44	0	G	0.32	0.072	0	0
	121	0	24.29	6.21	0	0.44	0.21	K	0.276	0.083	0.355	-0.355
	122	0	24.29	6.21	0	0	0	V	0.232	0.068	0	0
	123	0	24.29	6.21	0	0	0	I	0.243	0.068	0	0
	124	0	24.68	6.21	0	0.39	0	D	0.243	0.068	0	0
	125	0	24.68	6.21	0	0	0	T	0.204	0.074	0	0
	126	0	25.33	6.61	0	0.65	0.4	L	0.21	0.074	0.57	-0.57
	127	0	25.59	6.61	0	0.26	0	T	0.151	0.034	0	0
	128	0	26.1	6.61	0	0.51	0	C	0.174	0.045	0	0
	129	0	26.61	6.73	0	0.51	0.11	G	0.174	0.045	0.219	-0.219
	130	0	26.61	6.84	0	0	0.11	F	0.123	0.034	0.219	-0.219
	131	0	26.61	6.89	0	0	0.06	A	0.196	0.029	0.13	-0.13
	132	0	26.72	6.89	0	0.11	0	D	0.196	0.023	0	0
	133	0	26.72	6.89	0	0	0	L	0.214	0.029	0	0
	134	0	26.72	6.95	0	0	0.06	M	0.267	0.029	0.13	-0.13
	135	0	26.78	6.95	0	0.06	0	G	0.313	0.073	0	0
	136	0	26.84	6.95	0	0.06	0	Y	0.368	0.086	0	0
	137	0	27.33	7.06	0	0.49	0.11	I	0.373	0.086	0.219	-0.219
	138	0	27.84	7.06	0	0.51	0	P	0.368	0.081	0	0
	139	0	27.84	7.06	0	0	0	V	0.317	0.081	0	0
	140	0	28.57	7.12	0	0.73	0.06	V	0.317	0.092	0.13	-0.13
	141	0	28.57	7.12	0	0	0	G	0.27	0.086	0	0
	142	0	28.86	7.18	0	0.29	0.06	A	0.316	0.092	0.13	-0.13
	143	0	29.4	7.18	0	0.53	0	P	0.353	0.086	0	0
	144	0	29.85	7.68	0	0.46	0.5	V	0.351	0.086	0.643	-0.643
	145	0	30.46	7.81	0	0.61	0.13	G	0.369	0.036	0.219	-0.219
	146	0	30.57	7.81	0	0.11	0	G	0.354	0.023	0	0
	147	0	31.02	7.87	0	0.44	0.06	V	0.4	0.023	0.13	-0.13
	148	0	31.02	7.87	0	0	0	A	0.394	0.023	0	0
	149	0	31.02	7.98	0	0	0.11	R	0.394	0.023	0.259	-0.259
	150	0	31.27	7.98	0	0.26	0	A	0.436	0.012	0	0
	151	0	31.74	8.04	0	0.46	0.06	L	0.416	0.012	0.13	-0.13
	152	0	32.39	8.04	0	0.66	0	A	0.386	0.006	0	0
	153	0	32.9	8.04	0	0.51	0	H	0.366	0.054	0	0
	154	0	33.54	8.04	0	0.64	0	G	0.357	0.054	0	0
	155	0	34	8.04	0	0.46	0	V	0.326	0.083	0	0
	156	0	34.57	8.04	0	0.57	0	R	0.28	0.083	0	0
	157	0	34.95	8.09	0	0.38	0.06	V	0.248	0.083	0.13	-0.13
	158	0	34.95	8.09	0	0	0	L	0.216	0.083	0	0
	159	0	35.37	8.09	0	0.42	0	E	0.267	0.083	0	0
	160	0	35.43	8.09	0	0.06	0	D	0.309	0.083	0	0
	161	0	35.59	8.09	0	0.16	0	G	0.353	0.083	0	0
	162	0	36.05	8.58	0	0.46	0.48	I	0.337	0.083	0.66	-0.66
	163	0	36.47	8.58	0	0.42	0	N	0.291	0.041	0	0
	164	0	36.8	8.87	0	0.33	0.29	Y	0.299	0.047	0.458	-0.458
	165	0	36.8	8.87	0	0	0	A	0.287	0.018	0	0
	166	0	37.06	8.87	0	0.25	0	T	0.287	0.018	0	0
	167	0	37.11	8.93	0	0.06	0.06	G	0.283	0.018	0.13	-0.13
	168	0	37.62	8.93	0	0.51	0	N	0.302	0.012	0	0
	169	0	38.46	8.93	0	0.84	0	L	0.327	0.038	0	0
	170	0	38.96	8.93	0	0.5	0	P	0.331	0.059	0	0
	171	0	38.96	8.93	0	0	0	G	0.333	0.065	0	0
	172	0	38.96	8.98	0	0	0.06	C	0.412	0.068	0.13	-0.13
	173	0	39.47	9.04	0	0.5	0.06	S	0.469	0.066	0.13	-0.13
	174	0	39.68	9.04	0	0.21	0	F	0.491	0.06	0	0
	175	0	39.68	9.04	0	0	0	S	0.495	0.06	0	0
	176	0	39.88	9.04	0	0.21	0	I	0.506	0.128	0	0
	177	0	40.14	9.04	0	0.25	0	F	0.555	0.161	0	0
	178	0	40.9	9.3	0	0.76	0.26	L	0.574	0.229	0	0
	179	0	41.78	9.51	0	0.88	0.21	L	0.551	0.203	0.13	-0.13
	180	0	42.29	9.57	0	0.52	0.06	A	0.528	0.205	0.13	-0.13
	181	0	43.08	9.6	0	0.79	0.03	L	0.529	0.199	0	0
	182	0	43.65	9.64	0	0.57	0.04	L	0.52	0.213	0	0
	183	0	44.38	9.64	0	0.72	0	S	0.514444444	0.232222222	0	0
	184	0	44.63	9.64	0	0.25	0	C	0.48875	0.26125	0	0
	185	0	44.74	10.31	0	0.11	0.68	I	0.522857143	0.298571429	1.067	-1.067
	186	0	45.44	10.64	0	0.7	0.33	T	0.591666667	0.235	0.5	-0.5
	187	0	45.88	11.32	0	0.44	0.68	A	0.57	0.216	0.811	-0.811
	188	0	46.41	11.32	0	0.53	0	P	0.6025	0.1	0	0
	189	0	47.06	11.55	0	0.65	0.23	V	0.626666667	0.133333333	0.219	-0.219
	190	0	47.59	11.55	0	0.53	0	S	0.615	0.085	0	0
	191	0	48.29	11.72	0	0.7	0.17	A	0.7	0.17	0.347	-0.347



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov