HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	9045	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.055	0.02	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.055	0.023	0	0
	3	0	0.37	0	0	0.37	0	T	0.055	0.029	0	0
	4	0	0.37	0.06	0	0	0.06	N	0.024	0.032	0.15	-0.15
	5	0	0.42	0.09	0	0.04	0.03	P	0.025	0.026	0.044	-0.044
	6	0	0.42	0.09	0	0	0	K	0.022	0.023	0	0
	7	0	0.56	0.09	0	0.14	0	P	0.023	0.032	0	0
	8	0	0.56	0.09	0	0	0	Q	0.049	0.032	0	0
	9	0	0.56	0.1	0	0	0.01	R	0.052	0.032	0.044	-0.044
	10	0	0.56	0.2	0	0	0.1	K	0.052	0.031	0.225	-0.225
	11	0	0.56	0.23	0	0	0.03	T	0.053	0.021	0.087	-0.087
	12	0	0.56	0.29	0	0	0.06	K	0.056	0.021	0.121	-0.121
	13	0	0.61	0.32	0	0.06	0.03	R	0.089	0.018	0	0
	14	0	0.63	0.32	0	0.01	0	N	0.084	0.015	0	0
	15	0	0.64	0.32	0	0.01	0	T	0.086	0.015	0	0
	16	0	0.66	0.41	0	0.01	0.09	N	0.085	0.015	0.213	-0.213
	17	0	1.06	0.41	0	0.4	0	R	0.123	0.006	0	0
	18	0	1.09	0.41	0	0.03	0	R	0.122	0.007	0	0
	19	0	1.09	0.41	0	0	0	P	0.135	0.007	0	0
	20	0	1.1	0.41	0	0.01	0	Q	0.135	0.008	0	0
	21	0	1.13	0.44	0	0.03	0.03	N	0.134	0.009	0.087	-0.087
	22	0	1.46	0.47	0	0.33	0.03	V	0.142	0.006	0.087	-0.087
	23	0	1.47	0.47	0	0.01	0	K	0.116	0.003	0	0
	24	0	1.5	0.47	0	0.03	0	F	0.116	0.003	0	0
	25	0	1.5	0.47	0	0	0	P	0.117	0.003	0	0
	26	0	1.89	0.47	0	0.39	0	G	0.12	0.004	0	0
	27	0	2.28	0.48	0	0.39	0.01	G	0.124	0.005	0.044	-0.044
	28	0	2.44	0.48	0	0.16	0	G	0.086	0.005	0	0
	29	0	2.44	0.5	0	0	0.01	Q	0.073	0.006	0.044	-0.044
	30	0	2.44	0.51	0	0	0.01	I	0.076	0.005	0.044	-0.044
	31	0	2.55	0.51	0	0.11	0	V	0.076	0.004	0	0
	32	0	2.63	0.51	0	0.07	0	G	0.068	0.004	0	0
	33	0	2.64	0.51	0	0.01	0	G	0.098	0.004	0	0
	34	0	2.69	0.51	0	0.04	0	V	0.132	0.011	0	0
	35	0	2.71	0.53	0	0.03	0.01	C	0.128	0.015	0.044	-0.044
	36	0	3.15	0.54	0	0.43	0.01	L	0.126	0.014	0.044	-0.044
	37	0	3.16	0.56	0	0.01	0.01	L	0.084	0.013	0	0
	38	0	3.19	0.57	0	0.03	0.01	P	0.087	0.012	0.044	-0.044
	39	0	3.22	0.57	0	0.03	0	R	0.087	0.014	0	0
	40	0	3.22	0.57	0	0	0	R	0.13	0.028	0	0
	41	0	3.25	0.57	0	0.03	0	G	0.134	0.028	0	0
	42	0	3.62	0.57	0	0.37	0	P	0.131	0.029	0	0
	43	0	3.97	0.64	0	0.35	0.07	R	0.095	0.033	0.175	-0.175
	44	0	3.97	0.69	0	0	0.04	V	0.064	0.028	0.107	-0.107
	45	0	3.98	0.69	0	0.01	0	G	0.068	0.024	0	0
	46	0	4	0.69	0	0.01	0	V	0.07	0.024	0	0
	47	0	4.04	0.69	0	0.04	0	R	0.086	0.025	0	0
	48	0	4.07	0.72	0	0.03	0.03	A	0.086	0.025	0.121	-0.121
	49	0	4.53	0.86	0	0.46	0.14	T	0.092	0.023	0.299	-0.299
	50	0	4.57	0.86	0	0.04	0	R	0.084	0.009	0	0
	51	0	4.57	0.87	0	0	0.01	K	0.115	0.009	0.044	-0.044
	52	0	4.59	0.92	0	0.01	0.04	T	0.15	0.011	0.121	-0.121
	53	0	4.63	0.94	0	0.04	0.02	S	0.185	0.008	0.044	-0.044
	54	0	4.67	0.94	0	0.04	0	E	0.224	0.006	0	0
	55	0	4.7	0.94	0	0.03	0	R	0.223	0.007	0	0
	56	0	4.86	0.95	0	0.17	0.01	S	0.227	0.007	0.044	-0.044
	57	0	4.91	0.95	0	0.04	0	Q	0.216	0.006	0	0
	58	0	4.99	0.97	0	0.09	0.01	P	0.215	0.007	0.044	-0.044
	59	0	5.38	0.97	0	0.38	0	R	0.239	0.016	0	0
	60	0	5.73	0.97	0	0.35	0	G	0.234	0.017	0	0
	61	0	6.07	1	0	0.35	0.03	R	0.232	0.062	0.087	-0.087
	62	0	6.43	1.02	0	0.36	0.01	R	0.198	0.062	0.044	-0.044
	63	0	6.86	1.02	0	0.43	0	Q	0.163	0.069	0	0
	64	0	6.89	1.03	0	0.03	0.01	P	0.144	0.069	0.044	-0.044
	65	0	6.96	1.03	0	0.07	0	I	0.145	0.071	0	0
	66	0	7.02	1.03	0	0.06	0	P	0.138	0.134	0	0
	67	0	7.05	1.04	0	0.03	0.01	K	0.132	0.135	0.044	-0.044
	68	0	7.38	1.15	0	0.33	0.1	A	0.146	0.137	0.225	-0.225
	69	0	7.71	1.16	0	0.33	0.01	R	0.118	0.129	0.044	-0.044
	70	0.01	8.03	1.61	0.01	0.33	0.45	R	0.103	0.128	0.714	-0.714
	71	0.01	8.05	1.64	0	0.01	0.03	P	0.076	0.085	0.077	-0.077
	72	0.01	8.05	1.72	0	0.01	0.08	E	0.1	0.085	0.121	-0.121
	73	0.01	8.29	1.72	0	0.24	0	G	0.116	0.077	0	0
	74	0.01	8.33	1.75	0	0.04	0.03	R	0.092	0.077	0.087	-0.087
	75	0.01	8.33	2.38	0	0	0.63	S	0.094	0.074	1.037	-1.037
	76	0.01	8.33	2.39	0	0	0.01	W	0.1	0.011	0.044	-0.044
	77	0.01	8.5	2.42	0	0.17	0.03	A	0.115	0.011	0.077	-0.077
	78	0.01	8.55	2.44	0	0.05	0.02	Q	0.108	0.017	0.044	-0.044
	79	0.01	8.73	2.44	0	0.18	0	P	0.14	0.016	0	0
	80	0.01	8.79	2.46	0	0.06	0.02	G	0.123	0.016	0.044	-0.044
	81	0.01	9.04	2.49	0	0.25	0.03	Y	0.151	0.014	0.077	-0.077
	82	0.01	9.21	2.49	0	0.17	0	P	0.147	0.134	0	0
	83	0.01	9.21	2.49	0	0	0	W	0.144	0.134	0	0
	84	0.01	9.27	2.49	0	0.06	0	P	0.144	0.134	0	0
	85	0.01	9.32	2.49	0	0.06	0	L	0.174	0.139	0	0
	86	0.01	9.47	2.5	0	0.15	0.01	Y	0.174	0.14	0.044	-0.044
	87	0.01	9.57	2.59	0	0.1	0.09	G	0.159	0.139	0.182	-0.182
	88	0.01	9.95	2.6	0	0.37	0.01	N	0.152	0.131	0.044	-0.044
	89	0.01	9.96	2.6	0	0.01	0	E	0.118	0.131	0	0
	90	0.01	10.3	2.6	0	0.34	0	G	0.162	0.131	0	0
	91	0.01	10.51	3.83	0	0.21	1.23	C	0.131	0.131	1.146	-1.146
	92	0.01	10.65	3.83	0	0.14	0	G	0.166	0.016	0	0
	93	0.01	10.65	3.83	0	0	0	W	0.158	0.017	0	0
	94	0.01	11.01	3.88	0	0.36	0.05	A	0.206	0.017	0.087	-0.087
	95	0.01	11.06	3.89	0	0.06	0.01	G	0.176	0.012	0.044	-0.044
	96	0.01	11.06	3.89	0	0	0	W	0.173	0.012	0	0
	97	0.01	11.09	3.91	0	0.03	0.01	L	0.2	0.03	0.044	-0.044
	98	0.01	11.12	3.92	0	0.03	0.01	L	0.197	0.03	0.044	-0.044
	99	0.01	11.57	3.92	0	0.45	0	S	0.197	0.029	0	0
	100	0.01	11.6	3.92	0	0.03	0	P	0.168	0.029	0	0
	101	0.01	12.17	4.01	0	0.56	0.08	R	0.219	0.069	0.175	-0.175
	102	0.01	12.22	4.02	0	0.06	0.01	G	0.164	0.061	0.044	-0.044
	103	0.01	12.7	4.02	0	0.48	0	S	0.159	0.061	0	0
	104	0.01	12.76	4.02	0	0.06	0	R	0.115	0.062	0	0
	105	0.01	12.79	4.04	0	0.03	0.01	P	0.122	0.064	0.044	-0.044
	106	0.01	13.06	4.21	0	0.27	0.18	S	0.122	0.069	0.288	-0.288
	107	0.01	13.06	4.23	0	0	0.01	R	0.102	0.051	0.044	-0.044
	108	0.01	13.09	4.23	0	0.03	0	G	0.148	0.051	0	0
	109	0.01	13.25	4.23	0	0.16	0	P	0.163	0.052	0	0
	110	0.01	13.79	4.62	0	0.54	0.4	S	0.162	0.053	0.649	-0.649
	111	0.01	13.81	4.62	0	0.01	0	D	0.108	0.013	0	0
	112	0.01	13.82	4.64	0	0.01	0.01	P	0.114	0.013	0.044	-0.044
	113	0.01	13.87	4.65	0	0.04	0.01	R	0.113	0.013	0.044	-0.044
	114	0.01	14	4.67	0	0.13	0.02	R	0.109	0.012	0.044	-0.044
	115	0.01	14.03	4.73	0	0.03	0.06	R	0.103	0.01	0.15	-0.15
	116	0.01	14.1	4.73	0	0.07	0	S	0.101	0.005	0	0
	117	0.01	14.56	4.74	0	0.46	0.01	R	0.135	0.009	0.044	-0.044
	118	0.01	14.74	4.76	0	0.18	0.01	N	0.135	0.008	0.044	-0.044
	119	0.01	14.88	4.77	0	0.15	0.01	L	0.124	0.007	0.044	-0.044
	120	0.01	14.88	4.77	0	0	0	G	0.113	0.006	0	0
	121	0.01	14.96	4.77	0	0.07	0	K	0.116	0.013	0	0
	122	0.01	14.96	4.78	0	0	0.01	V	0.109	0.016	0.044	-0.044
	123	0.01	14.96	4.78	0	0	0	I	0.123	0.015	0	0
	124	0.01	15.03	4.78	0	0.07	0	D	0.123	0.018	0	0
	125	0.01	15.04	4.8	0	0.01	0.01	T	0.116	0.021	0.044	-0.044
	126	0.01	15.46	4.84	0	0.41	0.04	L	0.116	0.02	0.121	-0.121
	127	0.01	15.91	4.84	0	0.46	0	T	0.079	0.016	0	0
	128	0.01	15.98	4.84	0	0.07	0	C	0.071	0.02	0	0
	129	0.01	16.03	4.84	0	0.04	0	G	0.067	0.02	0	0
	130	0.01	16.06	4.92	0	0.03	0.07	F	0.082	0.023	0.158	-0.158
	131	0.01	16.06	4.95	0	0	0.03	A	0.082	0.016	0.087	-0.087
	132	0.01	16.2	4.95	0	0.14	0	D	0.092	0.013	0	0
	133	0.01	16.2	4.97	0	0	0.03	L	0.089	0.027	0.087	-0.087
	134	0.01	16.2	5	0	0	0.03	M	0.127	0.024	0.087	-0.087
	135	0.01	16.21	5	0	0.01	0	G	0.187	0.032	0	0
	136	0.01	16.25	5	0	0.04	0	Y	0.228	0.038	0	0
	137	0.01	16.64	5.05	0	0.38	0.04	I	0.232	0.038	0.121	-0.121
	138	0.01	16.67	5.05	0	0.03	0	P	0.204	0.063	0	0
	139	0.01	16.85	5.08	0	0.19	0.03	L	0.204	0.067	0.077	-0.077
	140	0.01	16.88	5.08	0	0.03	0	V	0.201	0.064	0	0
	141	0.01	16.98	5.08	0	0.1	0	G	0.213	0.073	0	0
	142	0.01	17.1	5.22	0	0.11	0.14	A	0.23	0.073	0.331	-0.331
	143	0.01	17.48	5.22	0	0.38	0	P	0.269	0.06	0	0
	144	0.01	18.08	5.33	0	0.6	0.11	L	0.245	0.06	0.15	-0.15
	145	0.01	18.5	5.39	0	0.42	0.06	G	0.235	0.049	0.15	-0.15
	146	0.03	18.59	5.39	0.01	0.08	0	G	0.207	0.043	0.044	-0.044
	147	0.04	18.69	5.68	0.01	0.1	0.29	A	0.217	0.043	0.51	-0.51
	148	0.04	18.71	5.72	0	0.03	0.04	A	0.226	0.017	0.121	-0.121
	149	0.04	18.88	5.72	0	0.16	0	R	0.227	0.023	0	0
	150	0.04	19.03	5.81	0	0.15	0.09	A	0.247	0.023	0.202	-0.202
	151	0.04	19.3	5.81	0	0.27	0	L	0.232	0.018	0	0
	152	0.04	19.8	5.83	0	0.5	0.01	-	0.209	0.029	0.087	-0.087
	153	0.04	19.94	5.83	0	0.14	0	H	0.163	0.03	0	0
	154	0.04	20.44	5.83	0	0.5	0	G	0.168	0.03	0	0
	155	0.04	20.58	5.83	0	0.14	0	V	0.141	0.03	0	0
	156	0.04	20.76	5.83	0	0.18	0	R	0.127	0.03	0	0
	157	0.04	20.95	5.86	0	0.19	0.03	V	0.11	0.03	0.077	-0.077
	158	0.04	20.99	5.96	0	0.04	0.1	L	0.095	0.027	0.204	-0.204
	159	0.04	21.35	5.96	0	0.36	0	-	0.136	0.017	0	0
	160	0.04	21.35	6	0	0	0.04	D	0.174	0.04	0.121	-0.121
	161	0.04	21.4	6.11	0	0.04	0.11	G	0.213	0.037	0.225	-0.225
	162	0.04	21.43	6.14	0	0.04	0.02	V	0.21	0.026	0.044	-0.044
	163	0.04	21.62	6.14	0	0.19	0	-	0.206	0.024	0.044	-0.044
	164	0.04	21.85	6.14	0	0.23	0	-	0.203	0.028	0.044	-0.044
	165	0.04	21.85	6.14	0	0	0	-	0.21	0.028	0.044	-0.044
	166	0.04	21.87	6.14	0	0.01	0	-	0.211	0.028	0.044	-0.044
	167	0.04	21.91	6.14	0	0.04	0	-	0.213	0.029	0.044	-0.044
	168	0.04	22.36	6.14	0	0.45	0	N	0.209	0.029	0	0
	169	0.04	23.1	6.37	0	0.74	0.23	L	0.209	0.036	0.077	-0.077
	170	0.04	23.49	6.38	0	0.39	0.01	-	0.196	0.02	0.044	-0.044
	171	0.04	23.5	6.38	0	0.01	0	G	0.194	0.02	0	0
	172	0.04	23.5	6.38	0	0	0	C	0.252	0.024	0	0
	173	0.04	23.67	6.43	0	0.16	0.04	S	0.306	0.028	0.107	-0.107
	174	0.04	23.97	6.43	0	0.3	0	-	0.339	0.024	0.044	-0.044
	175	0.04	23.98	6.43	0	0.01	0	-	0.353	0.024	0.044	-0.044
	176	0.04	24.01	6.44	0	0.03	0.01	I	0.403	0.027	0.044	-0.044
	177	0.04	24.01	6.44	0	0	0	F	0.438	0.027	0	0
	178	0.04	24.46	6.52	0	0.45	0.07	L	0.468	0.101	0.087	-0.087
	179	0.04	25.08	6.59	0	0.61	0.07	L	0.461	0.096	0.044	-0.044
	180	0.04	25.45	6.6	0	0.37	0.01	-	0.427	0.105	0.044	-0.044
	181	0.04	26.04	6.65	0	0.59	0.04	L	0.427	0.104	0	0
	182	0.04	26.58	6.69	0	0.54	0.04	L	0.407	0.101	0.044	-0.044
	183	0.04	27.07	6.69	0	0.49	0	S	0.392222222	0.107777778	0	0
	184	0.04	27.51	6.69	0	0.44	0	C	0.38	0.12125	0	0
	185	0.04	28.02	6.72	0	0.51	0.03	L	0.371428571	0.138571429	0.044	-0.044
	186	0.04	28.39	6.73	0	0.38	0.01	T	0.348333333	0.156666667	0.044	-0.044
	187	0.06	28.7	7.47	0.01	0.3	0.74	V	0.342	0.186	0.961	-0.961
	188	0.07	29.07	7.49	0.01	0.38	0.02	P	0.3525	0.0475	0.087	-0.087
	189	0.09	29.34	7.65	0.01	0.27	0.16	A	0.343333333	0.056666667	0.379	-0.379
	190	0.12	29.71	7.65	0.03	0.37	0	S	0.38	0.005	0.044	-0.044
	191	0.15	30.1	7.66	0.03	0.39	0.01	A	0.39	0.01	0.121	-0.121



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov