HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	78	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.037	0.054	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.037	0.054	0	0
	3	0	0.08	0.23	0	0.08	0.23	T	0.037	0.054	0.287	-0.287
	4	0	0.08	0.54	0	0	0.31	L	0.029	0.031	0.287	-0.287
	5	0	0.08	0.54	0	0	0	P	0.029	0	0	0
	6	0	0.08	0.54	0	0	0	K	0.029	0	0	0
	7	0	0.37	0.54	0	0.29	0	P	0.029	0	0	0
	8	0	0.37	0.54	0	0	0	Q	0.015	0	0	0
	9	0	0.37	0.54	0	0	0	R	0.03	0	0	0
	10	0	0.37	0.54	0	0	0	K	0.03	0	0	0
	11	0	0.37	0.54	0	0	0	T	0.03	0	0	0
	12	0	0.37	0.54	0	0	0	K	0.03	0	0	0
	13	0	0.37	0.54	0	0	0	R	0.076	0.028	0	0
	14	0	0.37	0.54	0	0	0	N	0.076	0.028	0	0
	15	0	0.37	0.54	0	0	0	T	0.076	0.028	0	0
	16	0	0.37	0.54	0	0	0	I	0.076	0.028	0	0
	17	0	0.53	0.54	0	0.15	0	R	0.076	0.028	0	0
	18	0	0.68	0.54	0	0.15	0	R	0.061	0.028	0	0
	19	0	0.68	0.54	0	0	0	P	0.087	0.028	0	0
	20	0	0.68	0.54	0	0	0	Q	0.087	0.059	0	0
	21	0	0.68	0.54	0	0	0	D	0.087	0.059	0	0
	22	0	1.14	0.82	0	0.46	0.28	I	0.087	0.09	0.451	-0.451
	23	0	1.14	0.82	0	0	0	K	0.056	0.077	0	0
	24	0	1.14	0.82	0	0	0	F	0.056	0.077	0	0
	25	0	1.14	0.82	0	0	0	P	0.056	0.077	0	0
	26	0	1.14	0.82	0	0	0	G	0.056	0.077	0	0
	27	0	1.14	0.82	0	0	0	G	0.056	0.077	0	0
	28	0	1.55	0.82	0	0.41	0	G	0.056	0.077	0	0
	29	0	1.55	1.13	0	0	0.31	Q	0.015	0.077	0.287	-0.287
	30	0	1.55	1.13	0	0	0	I	0.015	0.046	0	0
	31	0	1.55	1.44	0	0	0.31	V	0.015	0.046	0.287	-0.287
	32	0	1.71	1.59	0	0.15	0.15	G	0.03	0.015	0.287	-0.287
	33	0	1.71	1.59	0	0	0	G	0.03	0	0	0
	34	0	1.71	1.59	0	0	0	V	0.059	0.001	0	0
	35	0	1.71	1.59	0	0	0	Y	0.059	0.001	0	0
	36	0	1.71	1.59	0	0	0	V	0.059	0.001	0	0
	37	0	1.71	1.59	0	0	0	L	0.059	0.001	0	0
	38	0	1.71	1.59	0	0	0	P	0.059	0.029	0	0
	39	0	1.71	1.59	0	0	0	R	0.059	0.029	0	0
	40	0	1.71	1.59	0	0	0	R	0.074	0.029	0	0
	41	0	1.86	1.59	0	0.15	0	G	0.074	0.029	0	0
	42	0	2.01	1.59	0	0.15	0	P	0.059	0.029	0	0
	43	0	2.31	1.6	0	0.29	0.01	R	0.044	0.029	0	0
	44	0	2.31	1.6	0	0	0	L	0.015	0.028	0	0
	45	0	2.31	1.6	0	0	0	G	0.015	0.028	0	0
	46	0	2.31	1.6	0	0	0	V	0.03	0.044	0	0
	47	0	2.31	1.88	0	0	0.28	R	0.058	0.044	0.451	-0.451
	48	0	2.31	1.88	0	0	0	A	0.058	0.016	0	0
	49	0	2.46	1.88	0	0.15	0	T	0.086	0.016	0	0
	50	0	2.46	1.88	0	0	0	R	0.071	0.016	0	0
	51	0	2.46	1.88	0	0	0	K	0.071	0.031	0	0
	52	0	2.46	1.88	0	0	0	T	0.117	0.031	0	0
	53	0	2.46	1.88	0	0	0	S	0.132	0.031	0	0
	54	0	2.46	1.88	0	0	0	E	0.132	0.046	0	0
	55	0	2.61	2.04	0	0.15	0.16	R	0.132	0.046	0.287	-0.287
	56	0	2.89	2.04	0	0.28	0	S	0.117	0.03	0	0
	57	0	2.89	2.04	0	0	0	Q	0.089	0.03	0	0
	58	0	3.17	2.04	0	0.28	0	P	0.089	0.03	0	0
	59	0	3.17	2.04	0	0	0	R	0.076	0.03	0	0
	60	0	3.17	2.2	0	0	0.15	G	0.076	0.045	0.287	-0.287
	61	0	3.63	2.2	0	0.46	0	R	0.076	0.045	0	0
	62	0	3.79	2.2	0	0.15	0	R	0.03	0.045	0	0
	63	0	3.79	2.35	0	0	0.15	Q	0.016	0.089	0.287	-0.287
	64	0	3.79	2.35	0	0	0	P	0.031	0.074	0	0
	65	0	3.79	2.35	0	0	0	I	0.046	0.074	0	0
	66	0	3.79	2.35	0	0	0	P	0.046	0.074	0	0
	67	0	3.79	2.35	0	0	0	K	0.046	0.074	0	0
	68	0	3.94	2.35	0	0.15	0	A	0.074	0.074	0	0
	69	0	3.94	2.51	0	0	0.15	R	0.059	0.074	0.287	-0.287
	70	0	3.94	2.66	0	0	0.15	R	0.097	0.059	0.287	-0.287
	71	0	3.94	2.66	0	0	0	S	0.097	0.044	0	0
	72	0	3.96	3.1	0	0.01	0.44	E	0.097	0.044	0.837	-0.837
	73	0	4.11	3.1	0	0.15	0	G	0.096	0	0	0
	74	0	4.26	3.1	0	0.15	0	R	0.081	0	0	0
	75	0	4.26	3.1	0	0	0	S	0.066	0	0	0
	76	0	4.26	3.1	0	0	0	W	0.066	0	0	0
	77	0	4.54	3.1	0	0.28	0	A	0.081	0	0	0
	78	0	4.54	3.1	0	0	0	Q	0.053	0	0	0
	79	0	4.93	3.1	0	0.38	0	P	0.081	0	0	0
	80	0	4.93	3.1	0	0	0	G	0.043	0	0	0
	81	0	4.93	3.1	0	0	0	Y	0.043	0	0	0
	82	0	4.93	3.1	0	0	0	P	0.043	0	0	0
	83	0	4.93	3.1	0	0	0	W	0.043	0	0	0
	84	0	4.93	3.1	0	0	0	P	0.043	0	0	0
	85	0	4.93	3.1	0	0	0	L	0.043	0	0	0
	86	0	5.08	3.1	0	0.15	0	Y	0.081	0	0	0
	87	0	5.08	3.1	0	0	0	G	0.066	0	0	0
	88	0	5.37	3.1	0	0.28	0	N	0.066	0	0	0
	89	0	5.37	3.1	0	0	0	E	0.038	0	0	0
	90	0	5.37	3.1	0	0	0	G	0.038	0	0	0
	91	0	5.37	3.1	0	0	0	C	0.084	0	0	0
	92	0	5.37	3.1	0	0	0	G	0.084	0	0	0
	93	0	5.37	3.1	0	0	0	W	0.084	0	0	0
	94	0	5.37	3.1	0	0	0	A	0.112	0	0	0
	95	0	5.75	3.1	0	0.38	0	G	0.112	0	0	0
	96	0	5.75	3.1	0	0	0	W	0.074	0	0	0
	97	0	5.75	3.1	0	0	0	L	0.089	0.044	0	0
	98	0	5.75	3.1	0	0	0	L	0.089	0.044	0	0
	99	0	5.75	3.1	0	0	0	S	0.089	0.059	0	0
	100	0	6.21	3.1	0	0.46	0	P	0.089	0.074	0	0
	101	0	6.21	3.1	0	0	0	R	0.094	0.074	0	0
	102	0	6.21	3.1	0	0	0	G	0.094	0.074	0	0
	103	0	6.49	3.1	0	0.28	0	S	0.094	0.074	0	0
	104	0	6.49	3.1	0	0	0	R	0.066	0.074	0	0
	105	0	6.49	3.1	0	0	0	P	0.112	0.074	0	0
	106	0	6.65	3.53	0	0.15	0.44	S	0.158	0.074	0.566	-0.566
	107	0	6.65	3.53	0	0	0	W	0.143	0.03	0	0
	108	0	6.65	3.69	0	0	0.15	G	0.143	0.03	0.287	-0.287
	109	0	6.65	3.84	0	0	0.15	P	0.158	0.015	0.287	-0.287
	110	0	7.16	3.84	0	0.51	0	N	0.158	0	0	0
	111	0	7.16	3.84	0	0	0	D	0.122	0	0	0
	112	0	7.16	3.84	0	0	0	P	0.15	0	0	0
	113	0	7.16	3.84	0	0	0	R	0.15	0	0	0
	114	0	7.62	3.84	0	0.46	0	R	0.15	0	0	0
	115	0	8.08	3.84	0	0.46	0	R	0.119	0	0	0
	116	0	8.08	3.84	0	0	0	S	0.073	0	0	0
	117	0	8.08	3.84	0	0	0	R	0.114	0	0	0
	118	0	8.24	3.84	0	0.15	0	N	0.114	0	0	0
	119	0	8.24	3.84	0	0	0	L	0.114	0	0	0
	120	0	8.39	3.84	0	0.15	0	G	0.143	0	0	0
	121	0	8.67	3.84	0	0.28	0	K	0.128	0	0	0
	122	0	8.67	3.84	0	0	0	V	0.1	0	0	0
	123	0	8.67	3.84	0	0	0	I	0.115	0	0	0
	124	0	8.83	3.84	0	0.15	0	D	0.115	0	0	0
	125	0	8.83	3.84	0	0	0	T	0.1	0	0	0
	126	0	9.24	3.84	0	0.41	0	L	0.1	0	0	0
	127	0	9.24	3.84	0	0	0	T	0.059	0	0	0
	128	0	9.39	3.84	0	0.15	0	C	0.059	0	0	0
	129	0	9.69	3.84	0	0.29	0	G	0.059	0	0	0
	130	0	9.69	3.84	0	0	0	F	0.03	0	0	0
	131	0	9.69	3.84	0	0	0	A	0.03	0	0	0
	132	0	9.84	3.84	0	0.15	0	D	0.03	0	0	0
	133	0	9.84	3.84	0	0	0	L	0.043	0	0	0
	134	0	9.84	3.84	0	0	0	M	0.081	0	0	0
	135	0	9.84	3.84	0	0	0	G	0.109	0.015	0	0
	136	0	9.84	3.84	0	0	0	Y	0.124	0.015	0	0
	137	0	9.84	3.84	0	0	0	I	0.124	0.015	0	0
	138	0	9.99	3.84	0	0.15	0	P	0.139	0.03	0	0
	139	0	9.99	3.84	0	0	0	L	0.124	0.03	0	0
	140	0	9.99	3.84	0	0	0	V	0.139	0.03	0	0
	141	0	9.99	3.84	0	0	0	G	0.139	0.03	0	0
	142	0	10.28	3.84	0	0.28	0	A	0.139	0.045	0	0
	143	0	10.66	3.84	0	0.38	0	P	0.126	0.045	0	0
	144	0	10.94	3.99	0	0.28	0.15	V	0.088	0.045	0.287	-0.287
	145	0	11.1	3.99	0	0.15	0	G	0.075	0.03	0	0
	146	0	11.1	3.99	0	0	0	G	0.06	0.03	0	0
	147	0	11.25	4.15	0	0.15	0.15	V	0.075	0.03	0.287	-0.287
	148	0	11.25	4.15	0	0	0	A	0.06	0.015	0	0
	149	0	11.4	4.15	0	0.15	0	R	0.06	0.015	0	0
	150	0	11.4	4.15	0	0	0	A	0.073	0.015	0	0
	151	0	11.4	4.3	0	0	0.15	L	0.073	0.015	0.287	-0.287
	152	0	11.56	4.3	0	0.15	0	A	0.073	0	0	0
	153	0	11.56	4.3	0	0	0	H	0.073	0	0	0
	154	0	11.71	4.3	0	0.15	0	G	0.073	0	0	0
	155	0	11.71	4.3	0	0	0	V	0.096	0	0	0
	156	0	11.87	4.3	0	0.15	0	R	0.111	0	0	0
	157	0	11.87	4.3	0	0	0	A	0.096	0	0	0
	158	0	11.87	4.3	0	0	0	L	0.096	0	0	0
	159	0	12.15	4.3	0	0.28	0	E	0.111	0	0	0
	160	0	12.15	4.3	0	0	0	D	0.098	0	0	0
	161	0	12.15	4.3	0	0	0	G	0.098	0	0	0
	162	0	12.3	4.3	0	0.15	0	I	0.098	0	0	0
	163	0	12.3	4.3	0	0	0	N	0.083	0	0	0
	164	0	12.69	4.3	0	0.38	0	F	0.098	0	0	0
	165	0	12.84	4.3	0	0.15	0	A	0.06	0	0	0
	166	0	12.84	4.3	0	0	0	T	0.045	0	0	0
	167	0	12.84	4.3	0	0	0	G	0.045	0	0	0
	168	0	12.99	4.3	0	0.15	0	N	0.06	0	0	0
	169	0	13.15	4.3	0	0.15	0	L	0.045	0	0	0
	170	0	13.15	4.3	0	0	0	P	0.059	0	0	0
	171	0	13.15	4.3	0	0	0	G	0.074	0	0	0
	172	0	13.15	4.3	0	0	0	C	0.089	0	0	0
	173	0	13.3	4.3	0	0.15	0	S	0.089	0.015	0	0
	174	0	13.3	4.3	0	0	0	F	0.089	0.015	0	0
	175	0	13.3	4.3	0	0	0	S	0.089	0.015	0	0
	176	0	13.3	4.3	0	0	0	I	0.12	0.015	0	0
	177	0	13.46	4.3	0	0.15	0	F	0.174	0.015	0	0
	178	0	13.46	4.3	0	0	0	L	0.159	0.015	0	0
	179	0	13.75	4.3	0	0.29	0	L	0.159	0.015	0	0
	180	0	13.9	4.3	0	0.15	0	A	0.13	0.015	0	0
	181	0	14.06	4.3	0	0.15	0	L	0.156	0.015	0	0
	182	0	14.06	4.46	0	0	0.15	F	0.155	0.015	0.287	-0.287
	183	0	14.21	4.46	0	0.15	0	S	0.172222222	0	0	0
	184	0	14.21	4.46	0	0	0	C	0.175	0	0	0
	185	0	14.52	4.46	0	0.31	0	L	0.2	0	0	0
	186	0	15.06	4.46	0	0.54	0	I	0.181666667	0	0	0
	187	0.15	15.06	4.46	0.15	0	0	H	0.11	0	0.287	-0.287
	188	0.31	15.06	4.46	0.15	0	0	P	0.1375	0	0.287	-0.287
	189	0.46	15.06	4.46	0.15	0	0	A	0.183333333	0	0.287	-0.287
	190	0.62	15.47	4.46	0.15	0.41	0	A	0.275	0	0.287	-0.287
	191	0.77	15.61	4.46	0.15	0.14	0	S	0.14	0	0.287	-0.287



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov