HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	66	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hb
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.03	0.0415	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.03	0.0455	0	0
	3	0	0	0	0	0	0	T	0.03	0.0495	0	0
	4	0	0	0.17	0	0	0.17	N	0.03	0.0535	0.287	-0.287
	5	0	0.3	0.17	0	0.3	0	P	0.03	0.0575	0	0
	6	0	0.3	0.17	0	0	0	K	0.053	0.0645	0	0
	7	0	0.3	0.17	0	0	0	P	0.053	0.0639	0	0
	8	0	0.3	0.17	0	0	0	Q	0.053	0.0633	0	0
	9	0	0.3	0.17	0	0	0	R	0.053	0.0627	0	0
	10	0	0.3	0.17	0	0	0	K	0.053	0.0621	0	0
	11	0	0.3	0.17	0	0	0	T	0.07	0.0632	0	0
	12	0	0.3	0.17	0	0	0	K	0.07	0.0609	0	0
	13	0	0.3	0.17	0	0	0	R	0.07	0.0586	0	0
	14	0	0.3	0.17	0	0	0	N	0.07	0.0563	0	0
	15	0	0.83	0.17	0	0.53	0	T	0.1	0.054	0	0
	16	0	0.83	0.17	0	0	0	N	0.047	0.0457	0	0
	17	0	0.83	0.17	0	0	0	R	0.047	0.0427	0	0
	18	0	0.83	0.17	0	0	0	R	0.047	0.0397	0	0
	19	0	0.83	0.17	0	0	0	P	0.047	0.0384	0	0
	20	0	1	0.33	0	0.17	0.17	Q	0.064	0.0371	0.287	-0.287
	21	0	1	0.5	0	0	0.17	D	0.047	0.0324	0.287	-0.287
	22	0	1	0.5	0	0	0	V	0.047	0.0294	0	0
	23	0	1	0.5	0	0	0	K	0.047	0.0264	0	0
	24	0	1.3	0.5	0	0.3	0	F	0.047	0.0234	0	0
	25	0	1.3	0.5	0	0	0	P	0.017	0.0204	0	0
	26	0	1.3	0.5	0	0	0	G	0.017	0.0204	0	0
	27	0	1.3	0.5	0	0	0	G	0.017	0.0204	0	0
	28	0	1.3	0.5	0	0	0	G	0.034	0.0204	0	0
	29	0	1.47	0.5	0	0.17	0	Q	0.034	0.017	0	0
	30	0	1.47	0.5	0	0	0	I	0.017	0.0136	0	0
	31	0	1.47	0.5	0	0	0	V	0.017	0.0119	0	0
	32	0	1.47	0.5	0	0	0	G	0.017	0.0102	0	0
	33	0	1.47	0.5	0	0	0	G	0.017	0.0102	0	0
	34	0	1.47	0.5	0	0	0	V	0.017	0.0102	0	0
	35	0	1.47	0.5	0	0	0	Y	0.017	0.0102	0	0
	36	0	1.47	0.5	0	0	0	L	0.017	0.0102	0	0
	37	0	1.64	0.5	0	0.17	0	L	0.017	0.0119	0	0
	38	0	1.64	0.5	0	0	0	P	0	0.0136	0	0
	39	0	1.64	0.5	0	0	0	R	0	0.017	0	0
	40	0	1.64	0.5	0	0	0	R	0	0.0221	0	0
	41	0	1.64	0.5	0	0	0	G	0	0.0272	0	0
	42	0	1.64	0.5	0	0	0	P	0.017	0.0371	0	0
	43	0	1.64	0.5	0	0	0	R	0.017	0.0453	0	0
	44	0	1.64	0.5	0	0	0	L	0.017	0.0535	0	0
	45	0	1.64	0.5	0	0	0	G	0.017	0.0617	0	0
	46	0	1.64	0.5	0	0	0	V	0.034	0.0699	0	0
	47	0	1.64	0.5	0	0	0	R	0.034	0.0747	0	0
	48	0	1.64	0.8	0	0	0.3	A	0.034	0.0848	0.451	-0.451
	49	0	1.64	0.8	0	0	0	T	0.051	0.0966	0	0
	50	0	1.64	0.8	0	0	0	R	0.051	0.105	0	0
	51	0	1.8	0.8	0	0.17	0	K	0.099	0.1134	0	0
	52	0	1.8	0.97	0	0	0.17	T	0.099	0.1122	0.287	-0.287
	53	0	1.8	0.97	0	0	0	S	0.099	0.1093	0	0
	54	0	1.8	0.97	0	0	0	E	0.099	0.1064	0	0
	55	0	1.97	0.97	0	0.17	0	R	0.099	0.1035	0	0
	56	0	1.97	0.97	0	0	0	S	0.082	0.1036	0	0
	57	0	1.97	0.97	0	0	0	Q	0.135	0.1054	0	0
	58	0	2.14	0.97	0	0.17	0	P	0.152	0.0966	0	0
	59	0	2.14	0.97	0	0	0	R	0.135	0.0861	0	0
	60	0	2.62	1.14	0	0.48	0.17	G	0.135	0.0803	0.287	-0.287
	61	0	2.79	1.14	0	0.17	0	R	0.087	0.0745	0	0
	62	0	2.79	1.14	0	0	0	R	0.07	0.0752	0	0
	63	0	2.79	1.14	0	0	0	Q	0.07	0.0806	0	0
	64	0	2.79	1.14	0	0	0	P	0.07	0.0901	0	0
	65	0	2.79	1.14	0	0	0	I	0.1	0.0996	0	0
	66	0	3.32	1.14	0	0.53	0	P	0.1	0.1031	0	0
	67	0	3.48	1.14	0	0.17	0	K	0.047	0.1107	0	0
	68	0	3.48	1.44	0	0	0.3	D	0.047	0.1277	0.451	-0.451
	69	0	3.48	1.44	0	0	0	R	0.077	0.143	0	0
	70	0	3.48	1.44	0	0	0	R	0.077	0.154	0	0
	71	0	3.48	1.61	0	0	0.17	S	0.094	0.165	0.287	-0.287
	72	0	3.48	1.61	0	0	0	T	0.124	0.1774	0	0
	73	0	3.48	1.61	0	0	0	G	0.165	0.1838	0	0
	74	0	3.79	1.77	0	0.3	0.17	K	0.165	0.1837	0.287	-0.287
	75	0	3.79	1.94	0	0	0.17	S	0.135	0.1836	0.287	-0.287
	76	0	3.79	1.94	0	0	0	W	0.176	0.1865	0	0
	77	0	3.95	1.94	0	0.17	0	G	0.217	0.1812	0	0
	78	0	4.26	2.11	0	0.3	0.17	K	0.2	0.1677	0.287	-0.287
	79	0	4.26	2.11	0	0	0	P	0.187	0.1576	0	0
	80	0	4.42	2.11	0	0.17	0	G	0.187	0.1471	0	0
	81	0	4.73	2.44	0	0.3	0.33	Y	0.218	0.1366	0.287	-0.287
	82	0	5.14	2.44	0	0.41	0	P	0.188	0.1199	0	0
	83	0	5.14	2.44	0	0	0	W	0.164	0.1062	0	0
	84	0	5.14	2.44	0	0	0	P	0.164	0.0949	0	0
	85	0	5.55	2.44	0	0.41	0	L	0.164	0.0866	0	0
	86	0	5.95	2.44	0	0.41	0	Y	0.123	0.08	0	0
	87	0	5.95	2.44	0	0	0	G	0.082	0.0775	0	0
	88	0	6.12	2.44	0	0.17	0	N	0.099	0.0835	0	0
	89	0	6.12	2.44	0	0	0	E	0.082	0.0861	0	0
	90	0	6.61	2.44	0	0.48	0	G	0.082	0.0904	0	0
	91	0	6.61	2.44	0	0	0	L	0.051	0.0947	0	0
	92	0	6.77	2.44	0	0.17	0	G	0.051	0.1004	0	0
	93	0	6.77	2.44	0	0	0	W	0.051	0.1078	0	0
	94	0	6.77	2.44	0	0	0	A	0.081	0.1135	0	0
	95	0	6.77	2.44	0	0	0	G	0.098	0.1132	0	0
	96	0	6.77	2.44	0	0	0	W	0.098	0.1095	0	0
	97	0	6.94	2.44	0	0.17	0	L	0.142	0.1058	0	0
	98	0	6.94	2.44	0	0	0	L	0.125	0.095	0	0
	99	0	6.94	2.44	0	0	0	S	0.125	0.0859	0	0
	100	0	7.11	2.44	0	0.17	0	P	0.125	0.0821	0	0
	101	0	7.11	2.44	0	0	0	R	0.108	0.0783	0	0
	102	0	7.27	2.44	0	0.17	0	G	0.125	0.0762	0	0
	103	0	7.58	2.44	0	0.3	0	S	0.108	0.0748	0	0
	104	0	7.74	2.44	0	0.17	0	R	0.078	0.0751	0	0
	105	0	7.74	2.44	0	0	0	P	0.061	0.0784	0	0
	106	0	8.18	2.61	0	0.44	0.17	S	0.061	0.0864	0.287	-0.287
	107	0	8.18	2.61	0	0	0	W	0.034	0.0944	0	0
	108	0	8.18	2.61	0	0	0	G	0.034	0.1034	0	0
	109	0	8.18	2.61	0	0	0	P	0.087	0.1124	0	0
	110	0	8.18	3.09	0	0	0.48	N	0.087	0.1125	0.637	-0.637
	111	0	8.35	3.09	0	0.17	0	D	0.087	0.1126	0	0
	112	0	8.35	3.09	0	0	0	P	0.111	0.1127	0	0
	113	0	8.35	3.09	0	0	0	R	0.111	0.1063	0	0
	114	0	8.35	3.09	0	0	0	H	0.111	0.0999	0	0
	115	0	8.35	3.09	0	0	0	R	0.141	0.0935	0	0
	116	0	8.52	3.09	0	0.17	0	S	0.141	0.0811	0	0
	117	0	8.52	3.09	0	0	0	R	0.124	0.0704	0	0
	118	0	9.05	3.09	0	0.53	0	N	0.124	0.0614	0	0
	119	0	9.05	3.09	0	0	0	V	0.088	0.0524	0	0
	120	0	9.05	3.09	0	0	0	G	0.088	0.0483	0	0
	121	0	9.45	3.09	0	0.41	0	K	0.088	0.0442	0	0
	122	0	9.45	3.09	0	0	0	V	0.047	0.0442	0	0
	123	0	9.45	3.09	0	0	0	I	0.047	0.0483	0	0
	124	0	9.76	3.09	0	0.3	0	D	0.047	0.0541	0	0
	125	0	9.76	3.09	0	0	0	T	0.017	0.0599	0	0
	126	0	9.76	3.09	0	0	0	L	0.034	0.074	0	0
	127	0	9.76	3.09	0	0	0	T	0.034	0.0883	0	0
	128	0	9.92	3.09	0	0.17	0	C	0.034	0.1043	0	0
	129	0	9.92	3.26	0	0	0.17	S	0.047	0.122	0.287	-0.287
	130	0	9.92	3.42	0	0	0.17	L	0.047	0.1354	0.287	-0.287
	131	0	9.92	3.59	0	0	0.17	A	0.088	0.1489	0.287	-0.287
	132	0	9.92	3.59	0	0	0	D	0.088	0.1542	0	0
	133	0	9.92	3.59	0	0	0	L	0.105	0.1612	0	0
	134	0	9.92	3.76	0	0	0.17	M	0.105	0.1665	0.287	-0.287
	135	0	10.09	3.76	0	0.17	0	G	0.158	0.1771	0	0
	136	0	10.09	3.76	0	0	0	Y	0.177	0.1771	0	0
	137	0	10.09	4.06	0	0	0.3	V	0.194	0.1733	0.451	-0.451
	138	0	10.39	4.06	0	0.3	0	P	0.211	0.1678	0	0
	139	0	10.39	4.06	0	0	0	V	0.181	0.1606	0	0
	140	0	10.8	4.06	0	0.41	0	V	0.182	0.1564	0	0
	141	0	10.8	4.06	0	0	0	G	0.141	0.152	0	0
	142	0	10.97	4.23	0	0.17	0.17	G	0.158	0.1517	0.287	-0.287
	143	0	10.97	4.23	0	0	0	P	0.158	0.151	0	0
	144	0	11.5	4.39	0	0.53	0.17	L	0.211	0.1486	0	0
	145	0	11.86	4.67	0	0.36	0.27	G	0.158	0.1373	0.451	-0.451
	146	0	12.03	4.67	0	0.17	0	G	0.139	0.133	0	0
	147	0	12.2	4.83	0	0.17	0.17	V	0.139	0.1289	0.287	-0.287
	148	0	12.2	4.83	0	0	0	A	0.139	0.1231	0	0
	149	0	12.2	5.16	0	0.01	0.33	R	0.139	0.1173	0.566	-0.566
	150	0	12.2	5.16	0	0	0	A	0.138	0.1115	0	0
	151	0	12.37	5.33	0	0.17	0.17	L	0.138	0.1073	0.287	-0.287
	152	0	12.54	5.33	0	0.17	0	A	0.151	0.1086	0	0
	153	0	13.07	5.33	0	0.53	0	H	0.134	0.1056	0	0
	154	0	13.07	5.33	0	0	0	G	0.098	0.1043	0	0
	155	0	13.23	5.33	0	0.17	0	V	0.115	0.1066	0	0
	156	0	13.4	5.33	0	0.17	0	R	0.098	0.1055	0	0
	157	0	13.57	5.49	0	0.17	0.17	V	0.081	0.1061	0.287	-0.287
	158	0	13.57	5.49	0	0	0	L	0.081	0.1125	0	0
	159	0	13.57	5.49	0	0	0	E	0.081	0.1172	0	0
	160	0	13.57	5.49	0	0	0	D	0.096	0.1219	0	0
	161	0	13.87	5.49	0	0.3	0	G	0.151	0.1253	0	0
	162	0	13.87	5.66	0	0	0.17	V	0.121	0.1194	0.287	-0.287
	163	0	14.04	5.66	0	0.17	0	N	0.121	0.1235	0	0
	164	0	14.2	6.19	0	0.17	0.53	Y	0.121	0.1306	0.679	-0.679
	165	0	14.2	6.19	0	0	0	A	0.104	0.1377	0	0
	166	0	14.2	6.19	0	0	0	T	0.104	0.1465	0	0
	167	0	14.37	6.19	0	0.17	0	G	0.145	0.1553	0	0
	168	0	14.37	6.19	0	0	0	N	0.128	0.1612	0	0
	169	0	14.52	6.19	0	0.15	0	L	0.128	0.1729	0	0
	170	0	15.07	6.19	0	0.55	0	P	0.13	0.1876	0	0
	171	0	15.07	6.19	0	0	0	G	0.092	0.2021	0	0
	172	0	15.07	6.36	0	0	0.17	C	0.162	0.2246	0.287	-0.287
	173	0	15.23	6.52	0	0.17	0.17	S	0.192	0.2331	0.287	-0.287
	174	0	15.23	6.52	0	0	0	F	0.192	0.238011111	0	0
	175	0	15.23	6.52	0	0	0	S	0.192	0.243811111	0	0
	176	0	15.64	6.52	0	0.41	0	I	0.192	0.25318254	0	0
	177	0	15.64	6.52	0	0	0	F	0.204	0.267315873	0	0
	178	0	15.64	6.52	0	0	0	L	0.245	0.276315873	0	0
	179	0	15.81	6.52	0	0.17	0	L	0.275	0.278315873	0	0
	180	0	15.98	6.52	0	0.17	0	A	0.275	0.276149206	0	0
	181	0	16.67	6.52	0	0.7	0	L	0.317	0.278149206	0	0
	182	0	16.98	6.52	0	0.3	0	L	0.247	0.246449206	0	0
	183	0	17.14	6.52	0	0.17	0	S	0.241111111	0.246388007	0	0
	184	0	17.14	6.52	0	0	0	C	0.25	0.247047619	0	0
	185	0	17.14	6.52	0	0	0	I	0.285714286	0.24662585	0	0
	186	0	17.67	6.52	0	0.53	0	T	0.333333333	0.240111111	0	0
	187	0	18.08	7.42	0	0.41	0.89	I	0.294	0.221466667	1.078	-1.078
	188	0	18.39	7.42	0	0.3	0	P	0.265	0.203333333	0	0
	189	0	18.55	7.42	0	0.17	0	V	0.253333333	0.182777778	0	0
	190	0	19.14	7.42	0	0.59	0	S	0.295	0.1475	0	0
	191	0	19.14	7.42	0	0	0	A	0	0	0	0



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov