HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally								
#k	The	number	of	codons	is:	191						
#k	The	average	behavior	for	5356	comparisons:						
#k	Cumulative	Per	Codon									
#k	__________________	__________________										
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	syn	nonsyn	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	Hq
	1	0	0	0	0	0	0	M	0.065	0.017	0	0
	2	0	0	0	0	0	0	S	0.065	0.019	0	0
	3	0	0.43	0	0	0.43	0	T	0.065	0.027	0	0
	4	0	0.43	0.04	0	0	0.04	N	0.024	0.027	0.108	-0.108
	5	0	0.49	0.08	0	0.06	0.04	P	0.024	0.023	0.054	-0.054
	6	0	0.49	0.08	0	0	0	K	0.018	0.019	0	0
	7	0	0.65	0.08	0	0.16	0	P	0.018	0.028	0	0
	8	0	0.65	0.08	0	0	0	Q	0.02	0.028	0	0
	9	0	0.65	0.08	0	0	0	R	0.022	0.028	0	0
	10	0	0.65	0.17	0	0	0.09	K	0.022	0.028	0.193	-0.193
	11	0	0.65	0.19	0	0	0.02	T	0.022	0.019	0.054	-0.054
	12	0	0.65	0.26	0	0	0.08	K	0.024	0.019	0.149	-0.149
	13	0	0.67	0.26	0	0.02	0	R	0.052	0.015	0	0
	14	0	0.67	0.26	0	0	0	N	0.05	0.015	0	0
	15	0	0.67	0.26	0	0	0	T	0.052	0.015	0	0
	16	0	0.67	0.36	0	0	0.09	N	0.052	0.015	0.225	-0.225
	17	0	0.84	0.36	0	0.18	0	R	0.061	0.006	0	0
	18	0	0.86	0.36	0	0.02	0	R	0.051	0.006	0	0
	19	0	0.86	0.36	0	0	0	P	0.06	0.006	0	0
	20	0	0.86	0.36	0	0	0	Q	0.06	0.008	0	0
	21	0	0.88	0.38	0	0.02	0.02	D	0.06	0.01	0.054	-0.054
	22	0	1.16	0.42	0	0.28	0.04	V	0.071	0.008	0.108	-0.108
	23	0	1.16	0.42	0	0	0	K	0.045	0.004	0	0
	24	0	1.18	0.42	0	0.02	0	F	0.047	0.004	0	0
	25	0	1.18	0.42	0	0	0	P	0.047	0.004	0	0
	26	0	1.27	0.42	0	0.09	0	G	0.049	0.004	0	0
	27	0	1.34	0.42	0	0.08	0	G	0.059	0.006	0	0
	28	0	1.45	0.42	0	0.11	0	G	0.051	0.006	0	0
	29	0	1.45	0.44	0	0	0.02	Q	0.042	0.008	0.054	-0.054
	30	0	1.45	0.45	0	0	0.02	I	0.044	0.006	0.054	-0.054
	31	0	1.58	0.45	0	0.13	0	V	0.044	0.004	0	0
	32	0	1.6	0.45	0	0.02	0	G	0.031	0.004	0	0
	33	0	1.62	0.45	0	0.02	0	G	0.038	0.004	0	0
	34	0	1.64	0.45	0	0.02	0	V	0.04	0.014	0	0
	35	0	1.66	0.45	0	0.02	0	Y	0.038	0.014	0	0
	36	0	1.85	0.47	0	0.19	0.02	L	0.038	0.014	0.054	-0.054
	37	0	1.85	0.47	0	0	0	L	0.021	0.012	0	0
	38	0	1.86	0.49	0	0.02	0.02	P	0.027	0.012	0.054	-0.054
	39	0	1.88	0.49	0	0.02	0	R	0.029	0.012	0	0
	40	0	1.88	0.49	0	0	0	R	0.046	0.028	0	0
	41	0	1.88	0.49	0	0	0	G	0.046	0.028	0	0
	42	0	1.98	0.49	0	0.09	0	P	0.046	0.03	0	0
	43	0	2.01	0.59	0	0.04	0.1	R	0.039	0.036	0.216	-0.216
	44	0	2.01	0.59	0	0	0	L	0.038	0.029	0	0
	45	0	2.03	0.59	0	0.02	0	G	0.04	0.029	0	0
	46	0	2.05	0.59	0	0.02	0	V	0.04	0.029	0	0
	47	0	2.11	0.59	0	0.06	0	R	0.054	0.031	0	0
	48	0	2.15	0.61	0	0.04	0.02	A	0.05	0.031	0.108	-0.108
	49	0	2.33	0.77	0	0.19	0.16	T	0.052	0.031	0.333	-0.333
	50	0	2.33	0.77	0	0	0	R	0.037	0.015	0	0
	51	0	2.33	0.79	0	0	0.02	K	0.039	0.015	0.054	-0.054
	52	0	2.35	0.84	0	0.02	0.06	T	0.041	0.017	0.149	-0.149
	53	0	2.38	0.87	0	0.03	0.03	S	0.039	0.013	0.054	-0.054
	54	0	2.4	0.87	0	0.02	0	E	0.052	0.01	0	0
	55	0	2.42	0.87	0	0.02	0	R	0.05	0.012	0	0
	56	0	2.58	0.89	0	0.16	0.02	S	0.052	0.012	0.054	-0.054
	57	0	2.6	0.89	0	0.02	0	Q	0.04	0.01	0	0
	58	0	2.66	0.91	0	0.06	0.02	P	0.038	0.012	0.054	-0.054
	59	0	2.7	0.91	0	0.04	0	R	0.032	0.017	0	0
	60	0	2.71	0.91	0	0.02	0	G	0.028	0.017	0	0
	61	0	2.73	0.95	0	0.02	0.04	R	0.057	0.068	0.108	-0.108
	62	0	2.73	0.97	0	0	0.02	R	0.055	0.066	0.054	-0.054
	63	0	2.89	0.97	0	0.16	0	Q	0.055	0.064	0	0
	64	0	2.89	0.99	0	0	0.02	P	0.064	0.064	0.054	-0.054
	65	0	2.93	0.99	0	0.04	0	I	0.066	0.064	0	0
	66	0	2.97	0.99	0	0.04	0	P	0.062	0.121	0	0
	67	0	2.97	1.01	0	0	0.02	K	0.058	0.123	0.054	-0.054
	68	0	2.97	1.08	0	0	0.07	A	0.071	0.121	0.163	-0.163
	69	0	2.97	1.08	0	0	0	R	0.073	0.114	0	0
	70	0.02	3.28	1.59	0.02	0.31	0.51	R	0.092	0.114	0.797	-0.797
	71	0.02	3.28	1.61	0	0	0.02	P	0.065	0.065	0.054	-0.054
	72	0.02	3.28	1.61	0	0	0	E	0.091	0.067	0	0
	73	0.02	3.53	1.61	0	0.25	0	G	0.107	0.067	0	0
	74	0.02	3.55	1.63	0	0.02	0.02	R	0.082	0.067	0.054	-0.054
	75	0.02	3.55	2.2	0	0	0.57	A	0.086	0.065	0.926	-0.926
	76	0.02	3.55	2.22	0	0	0.02	W	0.088	0.008	0.054	-0.054
	77	0.02	3.68	2.22	0	0.13	0	A	0.104	0.008	0	0
	78	0.02	3.7	2.22	0	0.02	0	Q	0.098	0.015	0	0
	79	0.02	3.89	2.22	0	0.19	0	P	0.136	0.017	0	0
	80	0.02	3.93	2.24	0	0.04	0.02	G	0.119	0.017	0.054	-0.054
	81	0.02	4.19	2.28	0	0.26	0.04	Y	0.15	0.015	0.095	-0.095
	82	0.02	4.35	2.28	0	0.16	0	P	0.144	0.069	0	0
	83	0.02	4.35	2.28	0	0	0	W	0.137	0.069	0	0
	84	0.02	4.41	2.28	0	0.06	0	P	0.137	0.069	0	0
	85	0.02	4.43	2.28	0	0.02	0	L	0.135	0.071	0	0
	86	0.02	4.59	2.29	0	0.16	0.02	Y	0.139	0.073	0.054	-0.054
	87	0.02	4.66	2.37	0	0.07	0.07	G	0.123	0.071	0.163	-0.163
	88	0.02	5.06	2.39	0	0.4	0.02	N	0.118	0.066	0.054	-0.054
	89	0.02	5.08	2.39	0	0.02	0	E	0.078	0.066	0	0
	90	0.02	5.43	2.39	0	0.35	0	G	0.087	0.066	0	0
	91	0.02	5.63	2.97	0	0.2	0.58	M	0.054	0.066	0.835	-0.835
	92	0.02	5.72	2.97	0	0.09	0	G	0.09	0.017	0	0
	93	0.02	5.72	2.97	0	0	0	W	0.087	0.019	0	0
	94	0.02	5.76	2.99	0	0.04	0.02	A	0.138	0.019	0.054	-0.054
	95	0.02	5.81	3.01	0	0.06	0.02	G	0.136	0.017	0.054	-0.054
	96	0.02	5.81	3.01	0	0	0	W	0.132	0.017	0	0
	97	0.02	5.83	3.03	0	0.02	0.02	L	0.136	0.03	0.054	-0.054
	98	0.02	5.83	3.05	0	0	0.02	L	0.134	0.028	0.054	-0.054
	99	0.02	5.94	3.05	0	0.11	0	S	0.136	0.026	0	0
	100	0.02	5.96	3.05	0	0.02	0	P	0.134	0.026	0	0
	101	0.02	6.52	3.13	0	0.56	0.09	R	0.178	0.066	0.162	-0.162
	102	0.02	6.58	3.15	0	0.06	0.02	G	0.122	0.057	0.054	-0.054
	103	0.02	7.09	3.15	0	0.51	0	S	0.116	0.055	0	0
	104	0.02	7.11	3.15	0	0.02	0	R	0.065	0.055	0	0
	105	0.02	7.13	3.17	0	0.02	0.02	P	0.067	0.055	0.054	-0.054
	106	0.02	7.17	3.3	0	0.04	0.13	S	0.065	0.059	0.274	-0.274
	107	0.02	7.17	3.3	0	0	0	W	0.061	0.046	0	0
	108	0.02	7.19	3.3	0	0.02	0	G	0.087	0.048	0	0
	109	0.02	7.28	3.3	0	0.09	0	P	0.106	0.05	0	0
	110	0.02	7.74	3.71	0	0.46	0.4	T	0.116	0.052	0.67	-0.67
	111	0.02	7.74	3.71	0	0	0	D	0.07	0.012	0	0
	112	0.02	7.74	3.71	0	0	0	P	0.077	0.012	0	0
	113	0.02	7.74	3.71	0	0	0	R	0.077	0.014	0	0
	114	0.02	7.78	3.71	0	0.04	0	R	0.077	0.014	0	0
	115	0.02	7.78	3.76	0	0	0.06	R	0.08	0.014	0.149	-0.149
	116	0.02	7.78	3.76	0	0	0	S	0.08	0.01	0	0
	117	0.02	8.05	3.78	0	0.26	0.02	R	0.113	0.014	0.054	-0.054
	118	0.02	8.25	3.8	0	0.21	0.02	N	0.109	0.012	0.054	-0.054
	119	0.02	8.44	3.82	0	0.19	0.02	L	0.088	0.01	0.054	-0.054
	120	0.02	8.44	3.82	0	0	0	G	0.071	0.008	0	0
	121	0.02	8.52	3.82	0	0.07	0	K	0.073	0.017	0	0
	122	0.02	8.52	3.84	0	0	0.02	V	0.066	0.019	0.054	-0.054
	123	0.02	8.52	3.84	0	0	0	I	0.082	0.017	0	0
	124	0.02	8.59	3.84	0	0.07	0	D	0.082	0.019	0	0
	125	0.02	8.59	3.86	0	0	0.02	T	0.075	0.021	0.054	-0.054
	126	0.02	8.92	3.9	0	0.33	0.04	L	0.077	0.019	0.108	-0.108
	127	0.02	9.14	3.9	0	0.22	0	T	0.05	0.015	0	0
	128	0.02	9.14	3.9	0	0	0	C	0.041	0.021	0	0
	129	0.02	9.16	3.9	0	0.02	0	G	0.043	0.021	0	0
	130	0.02	9.18	3.99	0	0.02	0.09	F	0.065	0.023	0.193	-0.193
	131	0.02	9.18	4.01	0	0	0.02	A	0.063	0.014	0.054	-0.054
	132	0.02	9.34	4.01	0	0.16	0	D	0.072	0.012	0	0
	133	0.02	9.34	4.03	0	0	0.02	L	0.063	0.025	0.054	-0.054
	134	0.02	9.34	4.05	0	0	0.02	M	0.074	0.023	0.054	-0.054
	135	0.02	9.36	4.05	0	0.02	0	G	0.119	0.026	0	0
	136	0.02	9.42	4.05	0	0.06	0	Y	0.144	0.032	0	0
	137	0.02	9.54	4.1	0	0.13	0.06	I	0.145	0.032	0.149	-0.149
	138	0.02	9.56	4.1	0	0.02	0	P	0.141	0.059	0	0
	139	0.02	9.8	4.12	0	0.24	0.02	L	0.139	0.063	0.054	-0.054
	140	0.02	9.8	4.12	0	0	0	V	0.126	0.061	0	0
	141	0.02	9.89	4.12	0	0.09	0	G	0.135	0.07	0	0
	142	0.02	9.97	4.25	0	0.07	0.13	A	0.157	0.07	0.287	-0.287
	143	0.02	10.08	4.25	0	0.11	0	P	0.2	0.057	0	0
	144	0.02	10.52	4.3	0	0.45	0.05	L	0.202	0.057	0.108	-0.108
	145	0.02	10.79	4.36	0	0.27	0.06	G	0.207	0.052	0.149	-0.149
	146	0.04	10.86	4.36	0.02	0.07	0	G	0.187	0.046	0.054	-0.054
	147	0.06	10.96	4.69	0.02	0.09	0.33	A	0.186	0.046	0.568	-0.568
	148	0.06	10.96	4.73	0	0	0.04	A	0.196	0.017	0.108	-0.108
	149	0.06	11.07	4.73	0	0.11	0	R	0.196	0.026	0	0
	150	0.06	11.16	4.82	0	0.09	0.09	A	0.192	0.026	0.193	-0.193
	151	0.06	11.47	4.82	0	0.31	0	L	0.183	0.021	0	0
	152	0.06	11.97	4.82	0	0.5	0	A	0.152	0.034	0	0
	153	0.06	12.1	4.82	0	0.13	0	H	0.102	0.034	0	0
	154	0.06	12.6	4.82	0	0.5	0	G	0.105	0.034	0	0
	155	0.06	12.68	4.82	0	0.07	0	V	0.08	0.034	0	0
	156	0.06	12.74	4.82	0	0.06	0	R	0.073	0.034	0	0
	157	0.06	12.93	4.86	0	0.19	0.04	V	0.069	0.034	0.095	-0.095
	158	0.06	12.93	4.99	0	0	0.13	L	0.052	0.03	0.247	-0.247
	159	0.06	13	4.99	0	0.07	0	E	0.081	0.017	0	0
	160	0.06	13	5.03	0	0	0.04	D	0.14	0.025	0.108	-0.108
	161	0.06	13	5.15	0	0	0.13	G	0.154	0.023	0.247	-0.247
	162	0.06	13	5.15	0	0	0	V	0.156	0.01	0	0
	163	0.06	13.16	5.15	0	0.16	0	N	0.156	0.01	0	0
	164	0.06	13.41	5.15	0	0.25	0	Y	0.159	0.016	0	0
	165	0.06	13.41	5.15	0	0	0	A	0.166	0.016	0	0
	166	0.06	13.43	5.15	0	0.02	0	T	0.166	0.016	0	0
	167	0.06	13.45	5.15	0	0.02	0	G	0.166	0.018	0	0
	168	0.06	13.74	5.15	0	0.29	0	N	0.164	0.018	0	0
	169	0.06	14.39	5.23	0	0.66	0.08	L	0.155	0.02	0.095	-0.095
	170	0.06	14.54	5.25	0	0.14	0.02	P	0.123	0.014	0.054	-0.054
	171	0.08	14.56	5.25	0.02	0.02	0	G	0.122	0.014	0.054	-0.054
	172	0.1	14.56	5.25	0.02	0	0	C	0.174	0.015	0.054	-0.054
	173	0.12	14.75	5.31	0.02	0.19	0.06	S	0.201	0.017	0.185	-0.185
	174	0.13	15.07	5.31	0.02	0.32	0	F	0.217	0.011	0.054	-0.054
	175	0.15	15.07	5.31	0.02	0	0	S	0.207	0.011	0.054	-0.054
	176	0.17	15.09	5.33	0.02	0.02	0.02	I	0.246	0.011	0.108	-0.108
	177	0.19	15.09	5.33	0.02	0	0	F	0.255	0.009	0.054	-0.054
	178	0.21	15.29	5.35	0.02	0.2	0.02	L	0.269	0.049	0.108	-0.108
	179	0.23	15.63	5.37	0.02	0.34	0.02	L	0.251	0.049	0.108	-0.108
	180	0.25	15.76	5.39	0.02	0.13	0.02	A	0.233	0.063	0.108	-0.108
	181	0.27	16.3	5.4	0.02	0.54	0.01	L	0.22	0.061	0.054	-0.054
	182	0.29	16.56	5.42	0.02	0.27	0.02	L	0.18	0.062	0.108	-0.108
	183	0.31	16.91	5.42	0.02	0.35	0	S	0.17	0.066666667	0.054	-0.054
	184	0.33	17.13	5.42	0.02	0.22	0	C	0.1475	0.075	0.054	-0.054
	185	0.35	17.52	5.42	0.02	0.39	0	L	0.137142857	0.085714286	0.054	-0.054
	186	0.37	17.63	5.42	0.02	0.11	0	T	0.095	0.1	0.054	-0.054
	187	0.4	17.77	5.81	0.04	0.14	0.4	I	0.092	0.12	0.768	-0.768
	188	0.44	17.79	5.83	0.04	0.02	0.02	P	0.08	0.05	0.149	-0.149
	189	0.48	17.95	5.99	0.04	0.16	0.16	A	0.1	0.06	0.443	-0.443
	190	0.52	17.95	5.99	0.04	0	0	S	0.07	0.01	0.095	-0.095
	191	0.56	18.09	6.01	0.04	0.14	0.02	A	0.14	0.02	0.149	-0.149



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov