HCV Database
HCV sequence database
 



To our users Please note that the HCV database site is no longer funded. We try to keep the database updated and the tools running, but unfortunately, we cannot guarantee we can provide help for using this site. Data won't be manually curated either.


#k	codon	indel-tally	syn-tally	nonsyn-tally									
#k	The	number	of	codons	is:					191			
#k	The	average	behavior	for	300					comparisons:			
#k	Cumulative	Per	Codon										
#k	__________________	__________________											
#k	codon	indel	syn	nonsyn	indel	aa	avg syn 10	avg nonsyn 10	entropy	syn	nonsyn	entropy	Hb
	1	0	0	0	0	M	0.024	0.039	0	0	0	0	0
	2	0	0	0	0	S	0.024	0.047	0	0	0	0	0
	3	0	0	0	0	T	0.024	0.047	0	0	0	0	0
	4	0	0	0.15	0	N	0.032	0.047	0.264	0	0.15	0.264	-0.264
	5	0	0.08	0.15	0	P	0.024	0.032	0	0.08	0	0	0
	6	0	0.08	0.15	0	K	0.032	0.032	0	0	0	0	0
	7	0	0.24	0.15	0	P	0.024	0.04	0	0.16	0	0	0
	8	0	0.24	0.15	0	Q	0.032	0.04	0	0	0	0	0
	9	0	0.24	0.23	0	R	0.032	0.04	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	10	0	0.24	0.39	0	K	0.04	0.032	0.315	0	0.16	0.315	-0.315
	11	0	0.24	0.47	0	T	0.048	0.016	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	12	0	0.24	0.47	0	K	0.083	0.008	0	0	0	0	0
	13	0	0.24	0.47	0	R	0.083	0.008	0	0	0	0	0
	14	0	0.32	0.47	0	N	0.083	0.008	0	0.08	0	0	0
	15	0	0.32	0.47	0	T	0.083	0.008	0	0	0	0	0
	16	0	0.4	0.55	0	N	0.083	0.008	0.158	0.08	0.08	0.158	-0.158
	17	0	0.48	0.55	0	R	0.075	0	0	0.08	0	0	0
	18	0	0.56	0.55	0	R	0.075	0	0	0.08	0	0	0
	19	0	0.56	0.55	0	P	0.075	0	0	0	0	0	0
	20	0	0.64	0.55	0	Q	0.067	0	0	0.08	0	0	0
	21	0	0.72	0.55	0	D	0.059	0	0	0.08	0	0	0
	22	0	1.06	0.55	0	V	0.024	0	0	0.35	0	0	0
	23	0	1.06	0.55	0	K	0.024	0	0	0	0	0	0
	24	0	1.15	0.55	0	F	0.024	0	0	0.08	0	0	0
	25	0	1.15	0.55	0	P	0.032	0	0	0	0	0	0
	26	0	1.23	0.55	0	G	0.024	0	0	0.08	0	0	0
	27	0	1.23	0.55	0	G	0.032	0	0.158	0	0	0.158	-0.158
	28	0	1.3	0.55	0	G	0.032	0.008	0	0.08	0	0	0
	29	0	1.3	0.55	0	Q	0.04	0.008	0	0	0	0	0
	30	0	1.3	0.55	0	I	0.04	0.008	0	0	0	0	0
	31	0	1.3	0.55	0	V	0.048	0.008	0	0	0	0	0
	32	0	1.3	0.55	0	G	0.048	0.008	0	0	0	0	0
	33	0	1.3	0.55	0	G	0.056	0.008	0	0	0	0	0
	34	0	1.39	0.55	0	V	0.048	0.008	0	0.08	0	0	0
	35	0	1.47	0.55	0	Y	0.04	0.008	0	0.08	0	0	0
	36	0	1.47	0.55	0	L	0.04	0.008	0	0	0	0	0
	37	0	1.54	0.63	0	L	0.032	0.008	0	0.08	0.08	0	0
	38	0	1.62	0.63	0	P	0.024	0	0	0.08	0	0	0
	39	0	1.71	0.63	0	R	0.024	0.008	0	0.08	0	0	0
	40	0	1.71	0.63	0	R	0.039	0.016	0	0	0	0	0
	41	0	1.78	0.63	0	G	0.031	0.016	0	0.08	0	0	0
	42	0	1.78	0.63	0	P	0.031	0.016	0	0	0	0	0
	43	0	1.86	0.63	0	R	0.023	0.016	0	0.08	0	0	0
	44	0	1.86	0.63	0	L	0.023	0.016	0	0	0	0	0
	45	0	1.86	0.63	0	G	0.031	0.016	0	0	0	0	0
	46	0	1.86	0.63	0	V	0.039	0.016	0	0	0	0	0
	47	0	1.86	0.63	0	R	0.047	0.016	0	0	0	0	0
	48	0	1.86	0.71	0	A	0.055	0.016	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	49	0	1.95	0.79	0	T	0.055	0.008	0.158	0.08	0.08	0.158	-0.158
	50	0	2.1	0.79	0	R	0.04	0	0	0.15	0	0	0
	51	0	2.1	0.79	0	K	0.04	0	0	0	0	0	0
	52	0	2.1	0.79	0	T	0.056	0	0	0	0	0	0
	53	0	2.1	0.79	0	S	0.056	0	0	0	0	0	0
	54	0	2.1	0.79	0	E	0.064	0	0	0	0	0	0
	55	0	2.18	0.79	0	R	0.056	0	0	0.08	0	0	0
	56	0	2.26	0.79	0	S	0.063	0	0	0.08	0	0	0
	57	0	2.34	0.79	0	Q	0.063	0	0	0.08	0	0	0
	58	0	2.42	0.79	0	P	0.12	0	0	0.08	0	0	0
	59	0	2.5	0.79	0	R	0.112	0.015	0	0.08	0	0	0
	60	0	2.5	0.79	0	G	0.12	0.023	0	0	0	0	0
	61	0	2.5	0.79	0	R	0.128	0.023	0	0	0	0	0
	62	0	2.65	0.79	0	R	0.112	0.023	0	0.16	0	0	0
	63	0	2.65	0.79	0	Q	0.12	0.031	0	0	0	0	0
	64	0	2.73	0.79	0	P	0.12	0.031	0	0.08	0	0	0
	65	0	2.73	0.79	0	I	0.12	0.031	0	0	0	0	0
	66	0	2.89	0.79	0	P	0.105	0.039	0	0.15	0	0	0
	67	0	2.97	0.79	0	K	0.105	0.039	0	0.08	0	0	0
	68	0	3.62	0.94	0	A	0.048	0.039	0.264	0.65	0.15	0.264	-0.264
	69	0	3.62	1.02	0	R	0.048	0.024	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	70	0	3.69	1.02	0	R	0.048	0.016	0.158	0.08	0	0.158	-0.158
	71	0	3.77	1.02	0	P	0.068	0.016	0	0.08	0	0	0
	72	0	3.77	1.1	0	E	0.083	0.016	0.315	0	0.08	0.315	-0.315
	73	0	3.85	1.1	0	G	0.075	0.008	0	0.08	0	0	0
	74	0	3.94	1.1	0	R	0.075	0.008	0	0.08	0	0	0
	75	0	3.94	1.19	0	T	0.083	0.008	0.315	0	0.08	0.315	-0.315
	76	0	3.94	1.19	0	W	0.091	0	0	0	0	0	0
	77	0	4.01	1.19	0	A	0.091	0	0.158	0.08	0	0.158	-0.158
	78	0	4.09	1.19	0	Q	0.091	0	0	0.08	0	0	0
	79	0	4.09	1.19	0	P	0.091	0	0	0	0	0	0
	80	0	4.17	1.19	0	G	0.121	0	0	0.08	0	0	0
	81	0	4.46	1.19	0	Y	0.093	0	0	0.28	0	0	0
	82	0	4.61	1.19	0	P	0.107	0	0	0.15	0	0	0
	83	0	4.61	1.19	0	W	0.107	0	0	0	0	0	0
	84	0	4.69	1.19	0	P	0.099	0	0	0.08	0	0	0
	85	0	4.77	1.19	0	L	0.091	0.016	0	0.08	0	0	0
	86	0	4.85	1.19	0	Y	0.083	0.016	0	0.08	0	0	0
	87	0	4.93	1.19	0	G	0.075	0.016	0.158	0.08	0	0.158	-0.158
	88	0	5.01	1.19	0	N	0.067	0.016	0	0.08	0	0	0
	89	0	5.01	1.19	0	E	0.115	0.016	0	0	0	0	0
	90	0	5.39	1.19	0	G	0.077	0.016	0	0.38	0	0	0
	91	0	5.39	1.19	0	C	0.099	0.016	0.158	0	0	0.158	-0.158
	92	0	5.68	1.19	0	G	0.07	0.024	0	0.29	0	0	0
	93	0	5.68	1.19	0	W	0.07	0.024	0	0	0	0	0
	94	0	5.68	1.34	0	A	0.078	0.024	0.158	0	0.16	0.158	-0.158
	95	0	5.68	1.34	0	G	0.086	0.008	0	0	0	0	0
	96	0	5.68	1.34	0	W	0.128	0.008	0	0	0	0	0
	97	0	5.68	1.34	0	L	0.128	0.023	0	0	0	0	0
	98	0	5.68	1.34	0	L	0.136	0.023	0	0	0	0	0
	99	0	6.16	1.34	0	S	0.121	0.023	0	0.48	0	0	0
	100	0	6.16	1.34	0	P	0.153	0.023	0	0	0	0	0
	101	0	6.38	1.43	0	R	0.139	0.035	0.158	0.22	0.08	0.158	-0.158
	102	0	6.38	1.43	0	G	0.147	0.027	0	0	0	0	0
	103	0	6.38	1.43	0	S	0.162	0.035	0	0	0	0	0
	104	0	6.46	1.43	0	R	0.169	0.043	0	0.08	0	0	0
	105	0	6.54	1.43	0	P	0.161	0.043	0	0.08	0	0	0
	106	0	6.96	1.58	0	S	0.119	0.043	0.349	0.42	0.15	0.349	-0.349
	107	0	6.96	1.58	0	W	0.127	0.028	0	0	0	0	0
	108	0	7.04	1.58	0	G	0.127	0.028	0	0.08	0	0	0
	109	0	7.38	1.58	0	P	0.094	0.028	0	0.33	0	0	0
	110	0	7.69	1.7	0	T	0.062	0.028	0.264	0.32	0.12	0.264	-0.264
	111	0	7.77	1.7	0	D	0.062	0.016	0	0.08	0	0	0
	112	0	7.85	1.78	0	P	0.054	0.016	0.158	0.08	0.08	0.158	-0.158
	113	0	8.01	1.86	0	R	0.039	0.008	0.158	0.15	0.08	0.158	-0.158
	114	0	8.16	1.86	0	R	0.032	0	0	0.15	0	0	0
	115	0	8.16	1.86	0	R	0.032	0	0.158	0	0	0.158	-0.158
	116	0	8.16	1.86	0	S	0.083	0	0	0	0	0	0
	117	0	8.24	1.86	0	R	0.075	0.008	0	0.08	0	0	0
	118	0	8.32	1.86	0	N	0.067	0.008	0	0.08	0	0	0
	119	0	8.32	1.86	0	L	0.067	0.008	0	0	0	0	0
	120	0	8.32	1.86	0	G	0.067	0.008	0	0	0	0	0
	121	0	8.4	1.86	0	K	0.059	0.008	0	0.08	0	0	0
	122	0	8.4	1.86	0	V	0.067	0.016	0	0	0	0	0
	123	0	8.4	1.86	0	I	0.067	0.016	0	0	0	0	0
	124	0	8.48	1.86	0	D	0.059	0.024	0	0.08	0	0	0
	125	0	8.48	1.86	0	T	0.059	0.032	0	0	0	0	0
	126	0	8.99	1.94	0	L	0.008	0.032	0.158	0.51	0.08	0.158	-0.158
	127	0	8.99	1.94	0	T	0.057	0.024	0	0	0	0	0
	128	0	8.99	1.94	0	C	0.057	0.024	0	0	0	0	0
	129	0	8.99	1.94	0	G	0.057	0.024	0	0	0	0	0
	130	0	8.99	1.94	0	F	0.065	0.024	0	0	0	0	0
	131	0	8.99	2.02	0	A	0.065	0.024	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	132	0	9.07	2.02	0	D	0.065	0.016	0	0.08	0	0	0
	133	0	9.07	2.1	0	H	0.08	0.032	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	134	0	9.07	2.18	0	M	0.102	0.024	0.158	0	0.08	0.158	-0.158
	135	0	9.07	2.18	0	G	0.13	0.016	0	0	0	0	0
	136	0	9.07	2.18	0	Y	0.145	0.024	0	0	0	0	0
	137	0	9.57	2.18	0	I	0.104	0.024	0	0.49	0	0	0
	138	0	9.57	2.18	0	P	0.104	0.024	0	0	0	0	0
	139	0	9.57	2.18	0	L	0.119	0.024	0	0	0	0	0
	140	0	9.65	2.18	0	V	0.126	0.024	0	0.08	0	0	0
	141	0	9.65	2.18	0	G	0.134	0.024	0	0	0	0	0
	142	0	9.73	2.34	0	A	0.141	0.024	0.471	0.08	0.16	0.471	-0.471
	143	0	9.88	2.34	0	P	0.134	0.016	0	0.15	0	0	0
	144	0	10.1	2.34	0	L	0.12	0.016	0.158	0.22	0	0.158	-0.158
	145	0	10.38	2.42	0	G	0.1	0.016	0.158	0.28	0.08	0.158	-0.158
	146	0	10.53	2.42	0	G	0.101	0.008	0	0.15	0	0	0
	147	0	10.61	2.42	0	A	0.093	0.008	0.158	0.08	0	0.158	-0.158
	148	0	10.61	2.42	0	A	0.101	0.008	0	0	0	0	0
	149	0	10.77	2.42	0	R	0.094	0.008	0	0.15	0	0	0
	150	0	10.92	2.42	0	A	0.079	0.008	0	0.15	0	0	0
	151	0	11	2.42	0	L	0.079	0.008	0	0.08	0	0	0
	152	0	11.15	2.5	0	A	0.072	0.016	0.158	0.15	0.08	0.158	-0.158
	153	0	11.23	2.5	0	H	0.079	0.008	0	0.08	0	0	0
	154	0	11.31	2.5	0	G	0.071	0.008	0	0.08	0	0	0
	155	0	11.39	2.5	0	V	0.063	0.008	0	0.08	0	0	0
	156	0	11.55	2.5	0	R	0.047	0.008	0	0.16	0	0	0
	157	0	11.55	2.5	0	V	0.063	0.008	0	0	0	0	0
	158	0	11.63	2.5	0	L	0.077	0.008	0	0.08	0	0	0
	159	0	11.71	2.5	0	E	0.069	0.008	0	0.08	0	0	0
	160	0	11.71	2.5	0	D	0.077	0.008	0	0	0	0	0
	161	0	11.79	2.58	0	G	0.069	0.008	0.158	0.08	0.08	0.158	-0.158
	162	0	11.87	2.58	0	V	0.061	0	0	0.08	0	0	0
	163	0	12.02	2.58	0	N	0.046	0	0	0.15	0	0	0
	164	0	12.02	2.58	0	Y	0.054	0	0	0	0	0	0
	165	0	12.02	2.58	0	A	0.062	0	0	0	0	0	0
	166	0	12.02	2.58	0	T	0.07	0	0	0	0	0	0
	167	0	12.18	2.58	0	G	0.054	0	0	0.16	0	0	0
	168	0	12.4	2.58	0	N	0.04	0	0	0.22	0	0	0
	169	0	12.4	2.58	0	L	0.089	0	0	0	0	0	0
	170	0	12.48	2.58	0	P	0.089	0.001	0	0.08	0	0	0
	171	0	12.48	2.58	0	G	0.105	0.001	0	0	0	0	0
	172	0	12.48	2.58	0	C	0.134	0.001	0	0	0	0	0
	173	0	12.48	2.58	0	S	0.142	0.001	0	0	0	0	0
	174	0	12.56	2.58	0	F	0.149	0.001	0	0.08	0	0	0
	175	0	12.64	2.58	0	S	0.174	0.001	0	0.08	0	0	0
	176	0	12.72	2.58	0	I	0.21	0.001	0	0.08	0	0	0
	177	0	12.72	2.58	0	F	0.225	0.001	0	0	0	0	0
	178	0	12.8	2.58	0	L	0.225	0.001	0.158	0.08	0	0.158	-0.158
	179	0	13.29	2.59	0	L	0.226	0.001	0	0.49	0.01	0	0
	180	0	13.37	2.59	0	A	0.266	0	0	0.08	0	0	0
	181	0	13.53	2.59	0	L	0.265	0	0	0.16	0	0	0
	182	0	13.82	2.59	0	L	0.262222222	0	0	0.29	0	0	0
	183	0	13.9	2.59	0	S	0.285	0	0	0.08	0	0	0
	184	0	14.05	2.59	0	C	0.304285714	0	0	0.15	0	0	0
	185	0	14.39	2.59	0	L	0.3	0	0	0.33	0	0	0
	186	0	14.83	2.59	0	T	0.272	0	0	0.44	0	0	0
	187	0	14.98	2.59	0	V	0.3025	0	0	0.15	0	0	0
	188	0	15.06	2.59	0	P	0.376666667	0	0	0.08	0	0	0
	189	0	15.56	2.59	0	A	0.315	0	0	0.5	0	0	0
	190	0	16.04	2.59	0	S	0.15	0	0	0.48	0	0	0
	191	0	16.2	2.59	0	A	0	0	0.158	0.15	0	0.158	-0.158



Questions or comments? Contact us at hcv-info@lanl.gov